PDB-4jq9: Dihydrolipoyl dehydrogenase of Escherichia coli pyruvate dehydrog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jq9

タイトル

Dihydrolipoyl dehydrogenase of Escherichia coli pyruvate dehydrogenase complex

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dihydrolipoyl dehydrogenase / E3 / FAD / NAD / pyruvate dehydrogenase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Tietzel, M. / Neumann, P. / Meyer, D. / Ficner, R. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Dihydrolipoyl dehydrogenase of Escherichia coli pyruvate dehydrogenase complex
著者: Tietzel, M. / Meyer, D. / Schroeder-Tittmann, K. / Neumann, P. / Ficner, R. / Tittmann, K.

履歴

登録	2013年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月4日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jq9.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jq9.ent.gz	938.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/4jq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/4jq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ojtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6i4z-1 1dxl-1 5tr3-d 4jdr-d 1grf-1 6cmz-2 5u25-1 6bz0-2 6kgy-1 1v59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (11)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (10)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

E: Dihydrolipoyl dehydrogenase

F: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

314 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

E: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

F: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.680, 129.320, 258.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase 分子量: 50755.352 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lpdA, lpd, BN17_45381, ECs0120, LF82_1218 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TQA2, dihydrolipoyl dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1812分子

#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.84 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8-2 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月19日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.17→50 Å / Num. all: 198344 / Num. obs: 198344 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.356 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 19.33

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.17-2.27	0.618	2.67	1	99.9
2.27-2.37	0.453	3.59	1	99.9
2.37-2.57	0.3	5.25	1	99.9
2.57-3.37	0.092	14.37	1	99.9
3.37-3.77	0.033	34.26	1	99.7
3.77-4.17	0.026	41.87	1	99.7
4.17-4.57	0.021	49.56	1	99.6
4.57-14	0.016	59.05	1	99.6
14-17	0.01	80.45	1	99.2
17-50	0.014	65.91	1	92.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.2 Å	47.65 Å
Translation	2.2 Å	47.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.0	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OJT

1ojt

解像度: 2.17→42.519 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	9911	5 %
R_work	0.1773	-	-
obs	0.1789	198214	99.82 %
all	-	198344	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.5106 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→42.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21180	0	554	1752	23486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	22379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	30396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.902	8182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	3457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3873

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.1906	0.3396	331	0.2823	6255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1906-2.2164	0.3057	324	0.2704	6160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2164-2.2434	0.3165	328	0.2662	6231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2434-2.2718	0.3068	330	0.2542	6257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2718-2.3017	0.2958	325	0.2504	6185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3017-2.3332	0.2906	328	0.2489	6225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3332-2.3666	0.2971	329	0.2416	6249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3666-2.4019	0.2736	328	0.2341	6232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4019-2.4394	0.2819	329	0.2344	6249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4394-2.4794	0.2816	328	0.2327	6226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4794-2.5222	0.2708	326	0.2279	6203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5222-2.568	0.2596	328	0.214	6229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.568-2.6174	0.2533	330	0.2116	6261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6174-2.6708	0.2703	330	0.2161	6275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6708-2.7289	0.2422	329	0.2122	6249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7289-2.7924	0.2201	329	0.1989	6247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7924-2.8622	0.2239	329	0.1965	6256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8622-2.9395	0.2478	332	0.2041	6291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9395-3.026	0.2327	328	0.1968	6232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.1237	0.2377	330	0.1905	6266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1237-3.2353	0.2184	332	0.1837	6304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2353-3.3648	0.1978	329	0.1743	6257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3648-3.5178	0.1847	331	0.1612	6293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5178-3.7032	0.1624	331	0.146	6305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7032-3.9351	0.1701	330	0.1451	6280	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9351-4.2386	0.1753	333	0.1325	6324	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2386-4.6647	0.1476	335	0.1227	6348	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6647-5.3386	0.1592	336	0.1372	6373	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3386-6.7217	0.1881	337	0.1734	6426	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7217-42.527	0.1726	346	0.1599	6615	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9041	-0.6065	0.1676	1.294	-0.2692	3.0894	0.0828	0.1007	0.4486	-0.0337	0.0249	0.2015	-0.1476	-0.2287	-0.081	0.1169	-0.0225	-0.03	0.16	0.0194	0.354	15.7794	149.8782	261.2183
2	5.4577	-2.3183	0.6232	2.5901	0.4181	0.6924	-0.288	-0.4991	-0.0467	0.3888	0.1944	-0.0951	0.1638	0.0549	0.1194	0.1611	0.0207	0.0111	0.2155	0.0239	0.1724	36.971	128.2408	281.7944
3	1.1949	-1.9822	1.9341	5.0221	-5.8392	7.9921	-0.3147	-0.1927	0.3569	0.4471	0.1404	-0.1581	-0.4169	-0.2145	0.2108	0.161	-0.0015	-0.042	0.2037	-0.0972	0.3332	27.0736	146.2282	275.4587
4	1.125	-0.244	0.4132	1.2829	-0.1104	0.706	-0.0399	-0.075	0.1779	0.2553	0.0286	0.4944	-0.1026	-0.3319	0.0367	0.1422	-0.0236	0.0256	0.2804	-0.0075	0.4155	6.8939	143.662	267.4755
5	3.5121	0.2115	0.8075	2.2249	-0.2745	3.4885	0.0302	-0.4229	-0.3216	0.4163	-0.0033	0.4464	0.2379	-0.1873	-0.0329	0.2603	-0.0379	0.0736	0.2116	0.0264	0.2284	21.0501	126.5309	280.6225
6	1.852	-0.1805	-1.0074	1.0188	-0.1522	2.8315	-0.131	-0.2541	-0.5258	0.2946	-0.0364	0.4071	0.6739	-0.1602	0.1563	0.4235	-0.0977	0.0542	0.2587	0.0466	0.4113	18.4467	114.4008	276.9975
7	1.6743	-0.1437	0.1285	0.7744	-0.0963	1.1986	-0.0477	0.2292	0.036	-0.1542	-0.0186	0.3527	0.2124	-0.2683	0.0128	0.1316	-0.0556	-0.0273	0.2006	-0.0215	0.2923	11.1274	135.5672	258.8571
8	1.6176	-1.1197	-0.2536	3.7064	-1.05	0.9711	0.0564	0.1619	-0.0095	-0.2852	-0.0219	0.1136	0.0945	-0.1469	0.0201	0.1517	-0.0264	-0.0302	0.2048	0.0021	0.2012	25.8363	129.9049	255.0786
9	1.7925	0.014	0.1165	1.3132	-0.2393	1.1764	0.0228	0.109	-0.0884	-0.2749	-0.0597	0.0662	0.3899	0.0126	0.0217	0.2511	-0.001	-0.0001	0.1093	-0.0242	0.1701	39.2766	118.2826	254.2286
10	1.8229	-0.5658	-0.0342	1.2937	-0.2899	1.1036	-0.0183	-0.0583	-0.0743	-0.0834	-0.0768	-0.2013	0.3925	0.1586	0.041	0.2657	0.0945	0.0447	0.161	0.029	0.2202	60.0602	114.3264	264.5324
11	1.1701	-0.117	-0.5476	2.147	0.5744	1.7377	0.0912	-0.3098	0.0588	0.14	-0.0638	-0.7682	0.1318	0.5922	-0.2736	0.1707	0.0617	-0.0376	0.3283	0.0277	0.3367	70.2537	127.4291	270.2261
12	0.9457	0.2954	1.2621	2.0184	-0.7023	2.7162	0.0331	-0.0668	0.1613	0.2238	-0.0405	-0.0173	-0.2657	0.1991	0.0018	0.1454	-0.0011	0.0009	0.2429	-0.0478	0.2493	61.0461	141.5451	271.6358
13	1.3083	-0.1392	-0.1802	1.6018	-0.0799	1.9609	-0.063	0.1497	0.0467	-0.2714	-0.1069	-0.3379	0.0473	0.4423	0.0424	0.2102	0.0706	0.0864	0.2426	0.0806	0.2504	67.198	127.4792	255.5865
14	1.9555	0.0556	-0.204	1.1364	0.0971	1.7853	0.0277	0.0631	0.2515	-0.1278	-0.0166	0.0577	0.0096	-0.0174	-0.0102	0.1088	-0.0062	-0.0022	0.0944	0.0064	0.2182	41.0515	140.966	255.6346
15	3.0057	0.3351	-0.7036	1.151	0.5154	2.9319	-0.029	-0.0039	-0.4675	0.0574	-0.0932	-0.0693	0.5119	0.2473	0.0034	0.3295	-0.0251	-0.028	0.1511	0.0214	0.3163	25.0963	83.4285	237.9028
16	3.026	-1.7361	1.5457	2.1355	-1.391	3.539	0.0153	-0.0223	-0.193	0.0524	0.0157	0.1422	-0.3191	-0.4869	-0.0255	0.2401	-0.0415	-0.0173	0.2104	-0.0411	0.1852	-5.1376	103.5756	233.7676
17	2.3171	-0.5157	-0.0752	0.9108	-0.0143	0.9903	0.1048	-0.1163	-0.5494	0.0538	-0.0202	0.0555	0.373	0.0199	-0.0751	0.3527	-0.0581	-0.0504	0.1641	0.019	0.3216	20.4432	83.1246	241.972
18	2.0717	0.9366	-0.2661	1.6525	1.4468	2.0261	0.3827	-0.5039	-0.0334	0.5802	-0.4144	0.1949	0.4176	-0.2294	-0.0193	0.4195	-0.1758	0.0367	0.3125	-0.0044	0.3162	7.1631	100.6617	254.6004
19	1.0727	0.3358	0.0749	2.0376	-0.1205	2.1348	-0.0153	-0.2941	0.1477	-0.0306	-0.1149	0.1066	-0.0094	-0.0963	0.1264	0.198	-0.0916	0.0157	0.2202	-0.0523	0.2394	7.2972	111.122	244.9764
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22	1.2806	-0.3255	-0.0239	1.9809	0.2307	1.8086	0.0127	0.0665	0.1731	-0.3179	-0.0639	-0.2234	-0.4893	0.2209	0.0839	0.3702	-0.1094	0.021	0.2047	0.002	0.2183	16.0824	116.4545	221.0865
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31	0.8405	-0.2826	0.6183	1.743	-1.021	1.7922	0.2077	0.3364	0.0353	-0.3626	-0.213	-0.1584	-0.4129	0.1642	-0.0035	0.566	0.0355	0.0642	0.3656	-0.0145	0.2093	7.9083	113.7398	195.9027
32	1.32	0.3206	0.1661	2.0382	-0.0151	2.0454	0.0981	0.0923	-0.111	-0.0671	-0.0295	-0.1337	0.2234	0.116	-0.0654	0.2858	-0.0323	0.0023	0.2053	-0.0553	0.206	17.2798	94.4308	215.7671
33	2.7749	0.5493	0.554	2.7993	2.2804	2.6116	0.0114	0.1755	-0.5015	-0.3027	-0.0735	-0.0319	0.7014	-0.0042	0.1296	0.7987	-0.0231	0.0845	0.2925	0.0107	0.3066	83.9782	127.2792	196.5769
34	1.8462	-1.3306	-1.211	2.4959	2.2423	3.531	0.1206	-0.3895	0.3418	-0.0515	0.2231	-0.3325	0.047	0.4365	-0.2601	0.2263	-0.0176	0.0859	0.3478	0.063	0.2805	93.3868	150.4248	223.1037
35	5.1593	3.3633	3.013	3.9353	3.6779	3.8445	0.0703	-0.3204	-0.5365	-0.1014	0.0037	-0.2926	0.7975	0.1045	0.0098	0.5788	0.0718	0.1113	0.3082	0.131	0.2677	91.071	131.6603	213.9479
36	0.7739	0.29	-0.3769	0.8407	0.0266	1.5785	0.0502	0.0565	-0.433	-0.4153	-0.2854	-0.4037	0.7835	0.2644	0.0939	0.7912	0.1437	0.1108	0.3608	0.06	0.3227	94.7419	131.0423	192.4059
37	1.5288	0.3365	-0.2701	1.4882	-0.3374	2.5155	-0.0035	-0.0774	0.0255	-0.0422	-0.2373	-0.2087	0.0767	0.8192	-0.0176	0.3377	0.0345	0.0995	0.4793	0.141	0.2001	101.1269	149.1177	209.5871
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39	1.017	0.2694	-0.676	1.6831	-0.1214	1.74	0.1185	0.1024	-0.0551	-0.7877	-0.4427	0.2559	0.1866	0.0995	-0.0984	0.5353	0.0794	0.1288	0.3981	0.1952	0.0146	90.8702	145.562	193.0104
40	5.7279	-1.3192	1.4399	3.3528	-2.7069	3.4121	0.179	0.716	0.2002	-0.7489	-0.0857	0.2206	-0.4089	0.2356	0.104	0.5709	0.0186	-0.0296	0.3286	0.1016	0.2398	80.615	159.0099	200.4105
41	2.0973	0.5242	-1.5678	3.3789	0.1677	1.9844	0.0546	0.3068	0.2882	-0.2695	0.0285	0.3918	-0.6977	-0.0199	-0.1085	0.3704	0.0384	0.0515	0.2333	0.0939	0.3002	74.7119	163.5018	209.3467
42	1.6267	-0.5891	0.0347	2.1263	-0.1337	0.8483	0.1233	0.3982	0.1509	-0.351	-0.0922	0.4287	-0.4053	-0.4929	-0.0337	0.3198	0.0866	-0.0254	0.3625	0.1061	0.3244	66.9291	161.3802	210.8758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2:49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 50:82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 83:108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 109:164 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 165:196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 197:261 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 262:335 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 336:363 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 364:472 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 2:137 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 138:184 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 185:244 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 245:348 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 349:472 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 2:49 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 50:82 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 83:149 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESID 150:176 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESID 177:215 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESID 216:275 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESID 276:348 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND (RESID 349:470 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESID 2:49 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESID 50:82 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESID 83:215 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESID 216:269 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN D AND (RESID 270:348 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESID 349:470 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN E AND (RESID 2:215 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN E AND (RESID 216:269 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN E AND (RESID 270:363 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN E AND (RESID 364:472 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESID 2:49 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN F AND (RESID 50:82 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN F AND (RESID 83:107 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN F AND (RESID 108:164 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN F AND (RESID 165:196 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN F AND (RESID 197:233 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN F AND (RESID 234:348 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN F AND (RESID 349:373 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN F AND (RESID 374:417 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN F AND (RESID 418:470 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)