PDB-4jpr: Structure of the ASLV fusion subunit core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jpr

タイトル

Structure of the ASLV fusion subunit core

要素

ASLV fusion TM

キーワード

VIRAL PROTEIN / alpha-helix six-helix bundle / membrane fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Aydin, H. / Smrke, B.M. / Lee, J.E.

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of a fusion glycoprotein from a retrovirus that undergoes a hybrid 2-step entry mechanism.
著者: Aydin, H. / Smrke, B.M. / Lee, J.E.

履歴

登録	2013年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jpr.cif.gz	53.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jpr.ent.gz	39.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h9cC 1mofS 4jf3 4jgs S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5h9c-1 5h6w-1 1eym-d 2ebo-d 4g0s-2 5ltv-5 1xwb-5 5ltv-3 4p29-1 6kl2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ASLV fusion TM

ヘテロ分子

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ASLV fusion TM

ヘテロ分子

A: ASLV fusion TM

ヘテロ分子

A: ASLV fusion TM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.544, 42.544, 119.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-601- CL

#1: タンパク質	ASLV fusion TM / Transmembrane protein / TM / Glycoprotein 37 / gp37 分子量: 10710.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A) (ラウス肉腫ウイルス) 株: Schmidt-Ruppin A / 遺伝子: env / プラスミド: pET46-Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle(DE3) / 参照: UniProt: P03397
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% (w/v) MPD, 5% (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月16日

放射

モノクロメーター: VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→35.22 Å / Num. all: 5486 / Num. obs: 5371 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.28 % / R_merge(I) obs: 0.026 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 28.6 / Scaling rejects: 580

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	2.54	0.308	2.7	1130	444	1.24	81.8
2.07-2.15	3.01	0.276	3.8	1652	544	1.11	97.3
2.15-2.25	4.55	0.213	5.2	2544	554	1.08	100
2.25-2.37	5.89	0.149	8.8	3266	546	0.99	99.8
2.37-2.52	6.02	0.107	12	3297	538	0.97	100
2.52-2.71	6.1	0.079	16	3406	552	0.89	100
2.71-2.99	6.17	0.057	23.3	3388	542	0.88	100
2.99-3.42	6.06	0.033	39.1	3392	545	0.86	99.8
3.42-4.31	6.14	0.025	56.6	3484	555	0.82	100
4.31-35.22	5.83	0.019	83.1	3401	551	1.11	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.9.1D	データ削減
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MOF

1mof

解像度: 2.001→35.22 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7412 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	531	10.03 %	Random
R_work	0.2069	-	-	-
all	0.2103	5486	-	-
obs	0.2103	5371	97.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.11 Å² / B_iso mean: 40.9966 Å² / B_iso min: 12.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→35.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	556	0	1	7	564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.363	762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	92
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	99
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.135	191

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0014-2.2028	0.3193	119	0.2394	1091	1210	88
2.2028-2.5215	0.2703	135	0.2229	1222	1357	99
2.5215-3.1765	0.2446	140	0.2316	1221	1361	100
3.1765-35.2261	0.2208	137	0.1927	1228	1365	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5929	0.217	0.4838	0.7091	-1.2107	4.3706	0.1144	0.2457	-0.1809	-0.067	-0.1644	-0.0563	0.7311	0.3065	-0.026	0.2396	0.0398	-0.0227	0.1273	-0.025	0.1831	23.2425	31.8662	56.4089
2	5.2618	-0.1716	-5.0305	5.1083	1.9911	8.4251	0.4226	0.6255	0.6999	-0.2462	0.0662	0.448	0.2765	-2.0137	-0.4132	0.2661	-0.1524	0.0042	0.4185	0.0436	0.4405	11.0357	32.4306	71.5928
3	4.8896	1.0589	-1.496	3.8889	-1.1006	6.8885	0.2789	-0.6835	-0.9336	-0.3176	-0.0822	-0.0957	0.8083	0.4399	-0.0494	0.3397	0.0384	-0.1549	0.4064	0.0741	0.5457	19.879	25.4998	41.1308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 450 through 490 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 491 through 508 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 509 through 525 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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