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万見
- PDB-4jpg: 2-((1H-benzo[d]imidazol-1-yl)methyl)-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jpg
タイトル2-((1H-benzo[d]imidazol-1-yl)methyl)-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-4-ones as Novel PKM2 Activators
要素Pyruvate kinase isozymes M1/M2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE ACTIVATOR / pyruvate kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1OX / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Hickey, M. / Phonephaly, H. / Cronin, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of 2-((1H-benzo[d]imidazol-1-yl)methyl)-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-4-ones as novel PKM2 activators.
著者: Guo, C. / Linton, A. / Jalaie, M. / Kephart, S. / Ornelas, M. / Pairish, M. / Greasley, S. / Richardson, P. / Maegley, K. / Hickey, M. / Li, J. / Wu, X. / Ji, X. / Xie, Z.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,72510
ポリマ－243,8124
非ポリマー1,9136
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19770 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area69710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.971, 153.613, 93.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58


分子量: 60953.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / プラスミド: pCCEC-N1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-1OX / 2-(1H-benzimidazol-1-ylmethyl)-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-4-one


分子量: 276.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: Well: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0; 0.1 M Ammonium acetate; 30% (w/v) PEG-3350. Compound soaked in to apo crystals, VAPOR DIFFUSION, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月11日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. all: 94445 / Num. obs: 94445 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 51.32 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique all: 35784 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
ARPモデル構築
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.33→45.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9407 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9213 / SU R Cruickshank DPI: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 4734 5.02 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
all0.1796 94305 --
obs0.1796 94305 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1453 Å20 Å213.7273 Å2
2--4.2816 Å20 Å2
3----5.427 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.269 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15423 0 122 694 16239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115927HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.121628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5546SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes366HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2388HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15927HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.86
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2188SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19389SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 318 4.74 %
Rwork0.2098 6395 -
all0.2119 6713 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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