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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jpd | ||||||
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タイトル | The structure of CyaY from Burkholderia cenocepacia | ||||||
![]() | Protein CyaY | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / CyaY / Frataxin / iron binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of CyaY from Burkholderia cenocepacia 著者: Clifton, M.C. / Davies, D. / Sankaran, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ew4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12236.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: cyaY, BceJ2315_02750, BCAL0273 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 50% PEG400, 200mM LiSO4, 100mM Na acetate, 9.46mg/ml BuceA.18084.a.PW33863, direct cryoprotection, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→42.98 Å / Num. obs: 11700 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.707 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 21.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1EW4 解像度: 1.9→42.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.1688 / WRfactor Rwork: 0.1405 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8886 / SU B: 3.889 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / SU Rfree: 0.1108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.81 Å2 / Biso mean: 18.3399 Å2 / Biso min: 4.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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