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- PDB-4jpd: The structure of CyaY from Burkholderia cenocepacia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jpd
タイトルThe structure of CyaY from Burkholderia cenocepacia
要素Protein CyaY
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / CyaY / Frataxin / iron binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Frataxin/CyaY / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of CyaY from Burkholderia cenocepacia
著者: Clifton, M.C. / Davies, D. / Sankaran, B.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CyaY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4745
ポリマ－12,2371
非ポリマー2374
水2,072115
1
A: Protein CyaY
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,84230
ポリマ－73,4196
非ポリマー1,42324
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_666-y+5/4,-x+5/4,-z+5/41
crystal symmetry operation19_666-x+5/4,-z+5/4,-y+5/41
crystal symmetry operation24_666-z+5/4,-y+5/4,-x+5/41
Buried area16970 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.020, 96.020, 96.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

NA

21A-204-

SO4

31A-204-

SO4

41A-302-

HOH

51A-311-

HOH

61A-328-

HOH

71A-343-

HOH

81A-412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein CyaY


分子量: 12236.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: cyaY, BceJ2315_02750, BCAL0273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E5Z6
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 50% PEG400, 200mM LiSO4, 100mM Na acetate, 9.46mg/ml BuceA.18084.a.PW33863, direct cryoprotection, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.98 Å / Num. obs: 11700 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.707 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 21.42
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.9-20.4376.75118458361100
2-2.060.3747.89114258001100
2.06-2.120.3069.74112247871100
2.12-2.180.27410.86109317701100
2.18-2.250.22912.84104327381100
2.25-2.330.21113.74104967391100
2.33-2.420.18814.9897856941100
2.42-2.520.16517.3594456711100
2.52-2.630.14718.9791686501100
2.63-2.760.13619.8787906291100
2.76-2.910.10625.184386031100
2.91-3.080.09227.578225661100
3.08-3.30.08130.7974185391100
3.3-3.560.06337.7768145041100
3.56-3.90.05839.3462084621100
3.9-4.360.0543.3757014401100
4.36-5.040.04647.9150293801100
5.04-6.170.0637.2943493371100
6.17-8.720.0540.8433802731100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.95 Å48.01 Å
Translation1.95 Å48.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EW4

1ew4


解像度: 1.9→42.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.1688 / WRfactor Rwork: 0.1405 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8886 / SU B: 3.889 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / SU Rfree: 0.1108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 584 4.8 %RANDOM
Rwork0.1624 ---
obs0.164 11700 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.81 Å2 / Biso mean: 18.3399 Å2 / Biso min: 4.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数832 0 14 115 961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.019898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9481234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77531882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7855122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00824.18643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.24315135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.889156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8950.893451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8690.883448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5481.314563
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 36 -
Rwork0.186 805 -
all-841 -
obs--93.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4269-1.59422.31370.7888-0.67381.4161-0.02280.19790.04-0.0179-0.0117-0.033-0.00820.14390.03440.05740.00690.00630.08540.00160.058568.659655.781849.4496
21.1871-0.2859-0.35910.8720.23671.4734-0.02080.0665-0.0483-0.02060.0472-0.05210.13560.0908-0.02630.05190.02570.00690.0554-0.01110.034969.524746.760645.2067
35.03520.1103-2.39420.85262.21237.188-0.267-0.2424-0.13940.12640.09560.03810.50040.48160.17140.13320.1120.02470.13070.05520.043474.459540.559752.8845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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