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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jon | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a centrosomal protein 170kDa, transcript variant beta (CEP170) from Homo sapiens at 2.15 A resolution (PSI Community Target, Sundstrom) | ||||||
![]() | Centrosomal protein of 170 kDa | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / FHA domain / PF00498 / putative protein-protein recognition / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() centriolar subdistal appendage / centriole / mitotic spindle / microtubule / centrosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a centrosomal protein 170kDa, transcript variant beta (CEP170) from Homo sapiens at 2.15 A resolution (PSI Community Target, Sundstrom) 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14583.515 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG CONTAINING 6HIS-HA-FLAG- ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 59% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Bicine pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月23日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97862 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→48.634 Å / Num. obs: 46447 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. GOL MODELED IS PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 3. NCS ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. GOL MODELED IS PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 3. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS)
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原子変位パラメータ | Biso max: 151.27 Å2 / Biso mean: 50.5313 Å2 / Biso min: 21.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.286 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.634 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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