[日本語] English
万見
- PDB-4jol: Complex structure of AML1-ETO NHR2 domain with HEB fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jol
タイトルComplex structure of AML1-ETO NHR2 domain with HEB fragment
要素
  • Protein CBFA2T1
  • Transcription factor 12
キーワードDNA BINDING PROTEIN / leukemia / AML1-ETO / HEB / NHR2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to gonadotropin-releasing hormone / cAMP response element binding / HMG box domain binding / bHLH transcription factor binding / NGF-stimulated transcription / muscle organ development / negative regulation of fat cell differentiation / Myogenesis / E-box binding / SMAD binding ...response to gonadotropin-releasing hormone / cAMP response element binding / HMG box domain binding / bHLH transcription factor binding / NGF-stimulated transcription / muscle organ development / negative regulation of fat cell differentiation / Myogenesis / E-box binding / SMAD binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of neuron differentiation / nuclear matrix / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / immune response / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein CBFA2T1 / Transcription factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.906 Å
データ登録者Wang, Z. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: A stable transcription factor complex nucleated by oligomeric AML1-ETO controls leukaemogenesis.
著者: Sun, X.J. / Wang, Z. / Wang, L. / Jiang, Y. / Kost, N. / Soong, T.D. / Chen, W.Y. / Tang, Z. / Nakadai, T. / Elemento, O. / Fischle, W. / Melnick, A. / Patel, D.J. / Nimer, S.D. / Roeder, R.G.
履歴
登録2013年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年8月28日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein CBFA2T1
B: Protein CBFA2T1
C: Protein CBFA2T1
D: Protein CBFA2T1
E: Transcription factor 12
F: Transcription factor 12
G: Transcription factor 12
H: Transcription factor 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6328
ポリマ－42,6328
非ポリマー00
水00
1
A: Protein CBFA2T1
C: Protein CBFA2T1
E: Transcription factor 12
G: Transcription factor 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3164
ポリマ－21,3164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
2
B: Protein CBFA2T1
D: Protein CBFA2T1
F: Transcription factor 12
H: Transcription factor 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3164
ポリマ－21,3164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.485, 139.485, 43.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Protein CBFA2T1 / Cyclin-D-related protein / Eight twenty one protein / Protein ETO / Protein MTG8 / Zinc finger MYND ...Cyclin-D-related protein / Eight twenty one protein / Protein ETO / Protein MTG8 / Zinc finger MYND domain-containing protein 2


分子量: 8036.026 Da / 分子数: 4 / 断片: NHR2 domain of AML1-ETO (unp residues 338-400) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUNX1T1, AML1T1, CBFA2T1, CDR, ETO, MTG8, ZMYND2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06455
#2: タンパク質・ペプチド
Transcription factor 12 / TCF-12 / Class B basic helix-loop-helix protein 20 / bHLHb20 / DNA-binding protein HTF4 / E-box- ...TCF-12 / Class B basic helix-loop-helix protein 20 / bHLHb20 / DNA-binding protein HTF4 / E-box-binding protein / Transcription factor HTF-4


分子量: 2622.069 Da / 分子数: 4 / 断片: A fragment of HEB (unp residues 177-200) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF12, BHLHB20, HEB, HTF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99081

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 mM Tris, 20% ETHANOL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 197 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月1日
放射モノクロメーター: SI mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 20470 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 47.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2035 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WQ6

1wq6


解像度: 2.906→27.127 Å / SU ML: 1 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 2007 9.83 %Random
Rwork0.2071 ---
obs0.2115 20410 98.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.752 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4025 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.4025 Å2-0 Å2
3----12.8049 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.906→27.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 0 0 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3533347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.399949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9062-2.97880.42181480.37891317X-RAY DIFFRACTION99
2.9788-3.05920.31791500.30471337X-RAY DIFFRACTION100
3.0592-3.14910.41271450.30741292X-RAY DIFFRACTION99
3.1491-3.25060.34321400.29571319X-RAY DIFFRACTION100
3.2506-3.36650.36461500.26151349X-RAY DIFFRACTION100
3.3665-3.50110.25341430.20261326X-RAY DIFFRACTION100
3.5011-3.66010.27261450.20341355X-RAY DIFFRACTION100
3.6601-3.85250.23611440.19791313X-RAY DIFFRACTION100
3.8525-4.09310.23321520.18391322X-RAY DIFFRACTION100
4.0931-4.40790.18041390.16361325X-RAY DIFFRACTION100
4.4079-4.84920.21121460.15611347X-RAY DIFFRACTION100
4.8492-5.54570.19381440.19421310X-RAY DIFFRACTION99
5.5457-6.96740.28911350.21141335X-RAY DIFFRACTION100
6.9674-27.12770.26181260.21851156X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.23655.4526-0.13724.5265-0.47310.33861.2942-1.0248-1.40410.9984-0.9974-0.91070.2066-0.0034-0.34880.671-0.0825-0.02710.5870.05120.567229.6811-67.3878.7768
28.21993.362-0.0442.336-0.00870.7023-0.14321.8542-1.76050.16370.5196-0.8190.04870.0753-0.32430.55110.00890.03960.7349-0.09530.623843.5484-59.328-0.7316
38.78513.74120.86053.02070.82670.57341.497-0.64960.98121.1519-0.87420.539-0.64260.1249-0.33220.637-0.01090.05220.59290.01030.362440.2923-52.07826.7541
46.90963.50481.29833.25471.05530.42010.58570.92331.10340.64220.0340.6247-0.2242-0.3579-0.35250.51420.0382-0.01780.58850.08470.404625.0205-60.97051.3308
56.3666-1.2998-4.27564.6859-4.04198.32671.5718-0.15110.02571.1369-0.15650.6985-0.14290.4881-0.95650.596-0.1645-0.32681.080.28260.990626.0962-70.717617.5629
64.621-0.95812.45172.88670.762.1123-0.56261.1782-0.1107-0.24750.07920.1644-0.7382-0.0070.1590.79120.11410.02870.87910.34940.936118.7476-63.0527-6.2007
73.04260.50060.62437.62370.03243.17470.7813-0.4834-0.6890.5656-1.17910.6012-0.5794-0.84710.3780.75170.04630.42560.7307-0.04091.160345.4589-47.715714.3169
80.09-0.55330.72533.1631-3.60265.1462-0.73462.1621-2.70970.63210.2079-0.2791-1.3173-0.93280.08780.5563-0.28950.26821.3765-0.69921.210649.2337-57.8201-9.7461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H'

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る