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- PDB-4xxx: Structure of PE-PPE domains of ESX-1 secreted protein EspB, C2221 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xxx
タイトルStructure of PE-PPE domains of ESX-1 secreted protein EspB, C2221
要素ESX-1 secretion-associated protein EspB
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ESX-1 / type VII secretion system / secreted protein / PE domain / PPE domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VII secretion system / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / : / ESX-1 secreted protein B PE domain / ESX-1 secretion-associated protein EspB, PPE domain / PPE superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-1 secretion-associated protein EspB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Piton, J. / Pojer, F. / Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103486 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of EspB, a secreted substrate of the ESX-1 secretion system of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Korotkova, N. / Piton, J. / Wagner, J.M. / Boy-Rottger, S. / Japaridze, A. / Evans, T.J. / Cole, S.T. / Pojer, F. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2015年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion-associated protein EspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2094
ポリマ－29,9891
非ポリマー2203
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.336, 69.579, 119.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion-associated protein EspB / Antigen MTB48


分子量: 29989.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-278 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: espB, mtb48, Rv3881c, MTV027.16c / プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P9WJD9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.2 M potassium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月4日
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→59.797 Å / Num. all: 44932 / Num. obs: 44932 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.047 / Net I/av σ(I): 12.675 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 241572
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.585.10.74723263863690.3650.747298.3
1.58-1.685.30.5311.53280761810.2550.5312.999.9
1.68-1.85.20.3672.13000958090.1790.3674.299.9
1.8-1.945.70.223.53100454090.1010.227.1100
1.94-2.125.70.1266.22820249800.0580.12612.3100
2.12-2.385.30.07112383445260.0340.0720.399.9
2.38-2.745.50.04317.32194940140.020.04331.699.9
2.74-3.365.60.02824.51928634280.0130.02848.499.9
3.36-4.755.10.01931.51343026590.0090.0196999.2
4.75-44.8555.40.01634841315570.0070.01671.199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0103位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4XWP

4xwp


解像度: 1.5→59.797 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1927 / WRfactor Rwork: 0.1699 / FOM work R set: 0.7773 / SU B: 4.022 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.0765 / SU Rfree: 0.0765 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2191 4.9 %RANDOM
Rwork0.1937 42701 --
obs0.1949 42701 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.83 Å2 / Biso mean: 27.775 Å2 / Biso min: 16.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→59.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 13 263 2220
Biso mean--35.98 36.58 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9562749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94234350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0595253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96325106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88815331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.951516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8531.5071009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.851.5061008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.362.2511263
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 165 -
Rwork0.404 3010 -
all-3175 -
obs--96.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17820.1430.04054.11071.38110.7170.0186-0.0127-0.0092-0.00550.00010.0622-0.11870.003-0.01870.18480.0213-0.02310.0122-0.00980.021719.81540.48242.233
20.01360.25790.348613.874810.759311.1466-0.0147-0.02260.01370.0177-0.50910.8481-0.3642-0.52860.52390.21520.02890.01420.0795-0.07090.107314.46362.20251.735
30.51.6330.606119.31895.20071.6398-0.1124-0.13780.12480.4521-0.151.1771-0.0336-0.04340.26240.23220.00560.0460.0644-0.03920.100410.73744.648.977
41.59340.1709-0.45156.02231.14212.2494-0.0328-0.0105-0.19920.3753-0.01580.25690.139-0.19130.04860.11790.0234-0.03270.0303-0.01480.089621.8928.16731.513
50.29620.1443-0.12885.72122.22651.58380.0795-0.0002-0.01630.52540.0783-0.29820.0720.1258-0.15780.23190.0144-0.07120.0189-0.01830.03525.45443.15550.127
60.6145-0.0760.14065.30451.20961.0552-0.07980.0212-0.065-0.00730.0441-0.1335-0.0117-0.00190.03570.09870.0067-0.01660.0548-0.01510.111929.363-1.3130.429
71.3544-3.472-1.081812.10982.81610.8875-0.2082-0.0931-0.07320.35470.14480.15340.10480.06660.06340.20420.0272-0.01630.0428-0.00220.044822.6647.5341.012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3A84 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4A125 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5A151 - 209
6X-RAY DIFFRACTION6A210 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7A246 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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