PDB-4jo6: Streptavidin complex with SBP-Tag

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jo6

タイトル

Streptavidin complex with SBP-Tag

要素

SBP-Tag
Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Homotetramer bound to peptides / Biotechnological targeting / Biotin and peptide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Barrette-Ng, I.H. / Wu, S.C. / Tjia, W.M. / Wong, S.L. / Ng, K.K.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structure of the SBP-Tag-streptavidin complex reveals a novel helical scaffold bridging binding pockets on separate subunits
著者: Barrette-Ng, I.H. / Wu, S.C. / Tjia, W.M. / Wong, S.L. / Ng, K.K.

履歴

登録	2013年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jo6.cif.gz	211.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jo6.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jo6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jo6_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jo6_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	4jo6_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	4jo6_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jo6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sweS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5n89-2 6sok-d 1vwn-1 5n8j-d 6dam-d 5vcq-d 1kl5-d 3lbe-d 4exj-d 2zyr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

Y: SBP-Tag

Z: SBP-Tag

74.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.523, 57.523, 177.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16504.852 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-183 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド	SBP-Tag 分子量: 4313.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The synthetic peptide was originally isolated from an in vitro selection and evolution experiment.
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 56% Tacsimate, 12%(w/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→60 Å / Num. obs: 52299 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 14270 / R_sym value: 0.424 / % possible all: 72.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SWE

1swe

解像度: 1.75→57.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.386 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24201	2777	5 %	RANDOM
R_work	0.20618	-	-	-
all	0.20798	52299	-	-
obs	0.20798	52299	95.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→57.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3979	0	0	273	4252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.188	1.893	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.612	5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.033	23.75	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.968	15	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.509	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.641	2	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.673	2.5	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.397	3.5	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.85	4.5	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	159	-
R_work	0.199	2943	-
obs	-	-	72.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7631	-0.0082	0.1293	0.7221	0.0178	0.9945	0.0328	-0.0401	0.0278	-0.016	0.0644	0.0877	-0.18	-0.0268	-0.0972	0.1347	0.0152	0.0098	0.1028	0.012	0.0295	14.648	4.715	24.833
2	0.8851	-0.0255	0.2234	0.8998	0.1578	0.624	0.0156	0.0581	-0.0889	-0.0694	0.1057	-0.039	0.0022	0.1764	-0.1213	0.1086	0.004	0.0022	0.1531	-0.0223	0.0366	25.471	-6.324	18.972
3	0.8596	-0.0421	0.1483	0.8719	0.3287	0.8883	0.1007	-0.0808	-0.0374	0.0722	0.0252	-0.0951	0.21	0.004	-0.1259	0.1453	0.0039	-0.0304	0.0994	0.0073	0.0263	6.429	-25.53	24.239
4	0.7664	0.0092	0.128	0.8218	0.1911	1.1265	0.06	-0.0203	0.0818	-0.0403	0.0351	0.0186	-0.0321	-0.2014	-0.0951	0.1075	0.0156	0.0103	0.1362	0.0152	0.0326	-4.709	-14.653	18.335
5	0.4605	0.4875	-0.3486	18.5105	2.3996	8.4135	0.3217	-0.2797	0.0589	1.0149	-0.278	-0.0946	0.1273	-0.4054	-0.0438	0.2836	-0.1399	0.0228	0.3283	-0.0489	0.0174	10.191	-9.882	38.663
6	11.5958	0.6433	-1.1873	0.5569	0.5883	6.4891	-0.4153	0.2902	-0.2455	-0.2738	0.3484	-0.0953	-0.1732	0.0581	0.067	0.3139	-0.1003	0.0124	0.2559	-0.0617	0.0665	11.641	-10.185	4.699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	15 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Y	11 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Z	11 - 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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