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- PDB-4jnt: Crystal structure of the ectodomain of Bovine viral diarrhea viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jnt
タイトルCrystal structure of the ectodomain of Bovine viral diarrhea virus 1 E2 envelope protein
要素Envelope glycoprotein E2
キーワードVIRAL PROTEIN / BVDV1 / E2 / viral envelope protein / E2 envelope protein / viral membrane fusion / viral surface membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine receptor binding / pestivirus NS3 polyprotein peptidase / ribonuclease T2 / RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / viral genome packaging / RNA strand annealing activity / host cell cytoplasmic vesicle ...dopamine receptor binding / pestivirus NS3 polyprotein peptidase / ribonuclease T2 / RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / viral genome packaging / RNA strand annealing activity / host cell cytoplasmic vesicle / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / GTP binding / virion attachment to host cell / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cleavage inducing molecular chaperone, Jiv / : / Cleavage inducing molecular chaperone / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase ...Cleavage inducing molecular chaperone, Jiv / : / Cleavage inducing molecular chaperone / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain D / Pestivirus NS3 polyprotein peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Peptidase C53, pestivirus Npro, interaction domain / Peptidase C53, pestivirus Npro / Pestivirus Npro endopeptidase C53 / Pestivirus N-terminal protease Npro domain profile. / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine viral diarrhea virus 1 (ウシウイルス性下痢ウイルス 1)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.09 Å
データ登録者Li, Y. / Wang, J. / Modis, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2013
タイトル: Crystal structure of glycoprotein E2 from bovine viral diarrhea virus.
著者: Li, Y. / Wang, J. / Kanai, R. / Modis, Y.
履歴
登録2013年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein E2
B: Envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,45710
ポリマ-77,0622
非ポリマー3,3958
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area39220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.632, 67.885, 139.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 694 - 1023 / Label seq-ID: 2 - 331

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein E2 / gp55


分子量: 38531.094 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain (UNP residues 693-1030) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal 8XHis-tag
由来: (組換発現) Bovine viral diarrhea virus 1 (ウシウイルス性下痢ウイルス 1)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19711
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 %
結晶化温度: 294 K / pH: 5.5
詳細: 10% polyethylene glycol 3350, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 0.05 M cesium chloride, 0.04 M calcium acetate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 195 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.09→50 Å / Num. obs: 18935 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.34 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 4.78
反射 シェル解像度: 4.09→4.34 Å / 冗長度: 2.12 % / Rmerge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Rsym value: 1.37 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ILD
解像度: 4.09→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.809 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.725 / SU B: 124.886 / SU ML: 0.811 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.816
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.376 780 5 %RANDOM
Rwork0.321 ---
obs0.323 14725 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 112.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4 Å2-0 Å20.88 Å2
2---14.35 Å20 Å2
3---5.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.09→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5156 0 224 0 5380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.025534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8942.0127510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9183.00511808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9745644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.26223.966232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.37815934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8281530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 1598 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.23 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.524 51 -
Rwork0.5 886 -
obs--80.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0086-0.7534-2.74934.0320.03913.35550.37160.43260.11470.2902-0.19640.1397-0.3532-0.1808-0.17530.08820.04580.11630.98220.04150.3591-75.82710.9599.176
24.4756-1.61551.21692.9264-3.27893.77460.21810.2682-0.07970.00760.01190.2162-0.0328-0.0306-0.230.08530.05870.12341.0735-0.03590.2308-61.7711.76772.601
31.93550.0818-1.7270.9147-1.89055.18850.08230.1583-0.12140.34910.06290.091-0.7705-0.2719-0.14510.15530.17860.04321.1924-0.00820.212-48.51219.01144.832
41.9016-0.7832-1.16941.1454-0.51893.45960.3469-0.0901-0.12020.2958-0.30310.0208-0.5467-0.1526-0.04380.3991-0.09-0.03651.21360.05410.0468-27.99525.88318.353
51.0642-0.5294-1.88762.03991.00834.89790.0573-0.22050.0962-0.1347-0.1217-0.40070.59530.11650.06450.3672-0.08480.02270.86620.1070.4302-26.10335.302-107.658
60.4716-0.2748-0.91820.18380.52185.89240.05610.0086-0.0162-0.0159-0.06080.09580.42510.05540.00460.1072-0.1280.05951.0819-0.04180.369-34.09826.796-76.812
70.5876-0.58930.75421.6539-3.972810.7354-0.00680.03040.0254-0.0582-0.0857-0.03720.12480.06950.09240.38340.09320.04240.74720.040.4107-23.24623.649-42.982
81.5909-0.80630.99366.53432.56022.3265-0.38780.1422-0.07440.03690.1670.2355-0.23450.39320.22080.1911-0.05740.10861.27090.21250.1752-23.43531.085-9.51
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A694 - 780
2X-RAY DIFFRACTION2A781 - 856
3X-RAY DIFFRACTION2A2401 - 2402
4X-RAY DIFFRACTION3A857 - 936
5X-RAY DIFFRACTION3A2403 - 2406
6X-RAY DIFFRACTION4A937 - 1023
7X-RAY DIFFRACTION4A2407 - 2408
8X-RAY DIFFRACTION5B694 - 780
9X-RAY DIFFRACTION6B781 - 856
10X-RAY DIFFRACTION6B2401 - 2402
11X-RAY DIFFRACTION7B857 - 936
12X-RAY DIFFRACTION7B2403 - 2406
13X-RAY DIFFRACTION8B937 - 1023
14X-RAY DIFFRACTION8B2407 - 2408

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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