PDB-4jno: Crystal structure of Plasmodium falciparum Erythrocyte Binding An...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jno

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum Erythrocyte Binding Antigen 140 (PfEBA-140/BAEBL) Region II in complex with sialyllactose

要素

BAEBL protein

キーワード

CELL ADHESION / DBL domain / Glycophorin C / Extracellular / sialic acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Tolia, N.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular Basis for Sialic Acid-dependent Receptor Recognition by the Plasmodium falciparum Invasion Protein Erythrocyte-binding Antigen-140/BAEBL.
著者: Malpede, B.M. / Lin, D.H. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2013年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jno.cif.gz	365.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jno.ent.gz	306.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fin-3 6fz6-d 5hzv-d 2hij-d 4fin-2 3r2x-d 2z6g-d 4gf2-d 5ci2-1 2nud-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BAEBL protein

ヘテロ分子

74.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.950, 76.030, 81.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

BAEBL protein / Erythrocyte binding antigen region II / Erythrocyte binding protein-2

分子量: 73451.867 Da / 分子数: 1 / 変異: S303A, T469A, S727A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: EBP2, eba-140 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T9N3, UniProt: Q8WS31*PLUS

#2: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→29.724 Å / Num. obs: 15336 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3→3.09 Å / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→20 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2548	769	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2182	-	-	-
obs	0.2201	15336	96.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4895	0	42	22	4959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	5046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.437	6736
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.284	1967
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.2314	0.3702	141	0.3124	2952	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2314-3.5561	0.2979	169	0.2672	2901	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5561-4.0696	0.2561	145	0.2119	2916	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0696-5.123	0.2342	151	0.1919	2911	X-RAY DIFFRACTION	96
5.123-29.7255	0.2214	163	0.1962	2887	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4144	-0.0078	1.683	5.908	0.6284	7.0396	-0.3719	0.1564	0.9553	-0.4145	0.0232	-0.0849	-1.0327	-0.1574	0.2451	0.4388	0.0007	0.0078	0.262	0.1791	0.865	-2.8197	8.8325	7.9308
2	5.718	0.9729	-0.6876	5.0425	-1.06	3.3388	0.0169	-0.0799	0.3922	-0.0037	-0.0239	-0.7458	0.0333	0.3828	0.0003	0.376	0.0476	0.0122	0.3218	0.0777	0.6809	3.1136	-1.1179	13.3323
3	6.0207	-2.9754	2.5387	4.0197	-0.912	1.6825	0.2242	0.4101	-0.1125	-0.5189	-0.1411	0.3064	0.5858	-0.0257	-0.0732	0.5349	-0.0177	0.0107	0.4236	0.0626	0.4691	-19.2864	-2.7519	-8.2873
4	5.469	-1.2335	0.9763	7.2747	-3.5055	4.7409	0.2358	-0.3035	-0.5508	-0.3107	0.1709	0.5648	0.2765	-0.1904	-0.2835	0.3465	-0.0219	-0.0993	0.4348	-0.1299	0.6277	-45.3535	15.4841	-27.8231
5	5.0865	0.1259	0.6277	6.3752	1.6232	5.9797	0.2891	0.1997	-0.0576	-0.6726	-0.1156	-0.5468	0.0892	0.4953	-0.1752	0.326	0.0844	0.1041	0.4215	-0.0189	0.5261	-37.0233	19.3723	-29.8217
6	8.3469	0.361	3.3777	1.1285	-0.3689	4.0633	-0.0875	0.8986	-0.1127	-0.9044	0.0085	0.5505	-0.2051	0.1527	0.1551	0.8898	0.1238	-0.1062	0.6134	-0.0215	0.7862	-55.4135	27.9474	-49.1395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESSEQ 148:193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESSEQ 194:312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESSEQ 313:422
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESSEQ 423:500
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESSEQ 501:606
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND RESSEQ 607:740

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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