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- PDB-4jn2: An Antidote for Dabigatran -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jn2
タイトルAn Antidote for Dabigatran
要素(anti dabigatran Fab) x 2
キーワードimmune system/inhibitor / IgG fragment binding dabigatran / dabigatran / immune system-inhibitor complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-4CC
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Schiele, F. / Nar, H.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2013
タイトル: A specific antidote for dabigatran: functional and structural characterization.
著者: Schiele, F. / van Ryn, J. / Canada, K. / Newsome, C. / Sepulveda, E. / Park, J. / Nar, H. / Litzenburger, T.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Non-polymer description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti dabigatran Fab
B: anti dabigatran Fab
H: anti dabigatran Fab
L: anti dabigatran Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,35314
ポリマ－95,6734
非ポリマー1,68010
水23,5281306
1
A: anti dabigatran Fab
B: anti dabigatran Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6767
ポリマ－47,8372
非ポリマー8405
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
2
H: anti dabigatran Fab
L: anti dabigatran Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6767
ポリマ－47,8372
非ポリマー8405
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.161, 223.816, 157.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 anti dabigatran Fab


分子量: 24068.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 anti dabigatran Fab


分子量: 23767.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-4CC / N-[(2-{[(4-carbamimidoylphenyl)amino]methyl}-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)carbonyl]-N-pyridin-2-yl-beta-alanine / ダビガトラン


分子量: 471.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N7O3 / コメント: 抗凝固剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.71→24.939 Å / Num. obs: 141489 / Biso Wilson estimate: 25.54 Å2

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→25.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9619 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9566 / SU R Cruickshank DPI: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1816 7050 5.01 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.168 140590 99.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6344 Å20 Å20 Å2
2---2.2361 Å20 Å2
3----0.3983 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→25.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6652 0 118 1306 8076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.049729HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2334SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes129HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1066HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7115HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion931SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies28HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8969SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 494 4.79 %
Rwork0.1979 9818 -
all0.1982 10312 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07570.05370.22380.19530.06970.20980.0681-0.0643-0.13580.0345-0.03070.02290.00770.0289-0.0374-0.05280.0038-0.002-0.0655-0.0435-0.038-21.454227.1296-8.5337
21.8433-0.7304-0.26231.10020.58410.38-0.04-0.19160.46760.05840.0558-0.1339-0.0250.0007-0.0158-0.0866-0.0072-0.0279-0.0883-0.0930.0325-12.980541.3361-2.1545
30.5032-0.28070.30070.3119-0.27240.3691-0.0133-0.0583-0.00610.05380.0260.07480.1177-0.2011-0.01270.0126-0.01790.00630.0241-0.0027-0.0628-52.0883-2.2121-29.6958
40.4321-0.03550.04610.6083-0.33840.8017-0.00760.029-0.01790.058-0.0132-0.01390.10730.0180.0209-0.01610.00340.0002-0.018-0.0134-0.0825-39.76256.8743-21.1122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|220 }A2 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|226 }B3 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|2 - H|226 }H2 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|2 - L|220 }L2 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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