PDB-4jm7: 1.82 Angstrom resolution crystal structure of holo-(acyl-carrier-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jm7

タイトル

1.82 Angstrom resolution crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase (acpS) from Staphylococcus aureus

要素

Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

キーワード

TRANSFERASE / holo-(acyl-carrier-protein) synthase / Structural Genomics / Infectious Deseases / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Magnesium / Metal-binding / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.824 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria.
著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / ...

履歴

登録	2013年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年3月27日	ID: 3F09
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jm7.cif.gz	180.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jm7.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jm7_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jm7_full_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示
XML形式データ	4jm7_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	4jm7_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hykC 3qmnC 1f7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cxd-d 3pav-d 2xx6-1 7kv1-1 3pau-d 5bz2-d 3mbq-d 2otm-d 1v9a-d 2qg8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00816

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.394, 77.398, 81.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS 分子量: 16371.500 Da / 分子数: 3 / 断片: acyl-carrier-protein synthase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: acpS, SACOL2061 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS

分子量: 16371.500 Da / 分子数: 3 / 断片: acyl-carrier-protein synthase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: acpS, SACOL2061 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: The Classics II Suite, condition 22, mixed 1:1 v/v with protein sample (7.3 mg/mL, 0.25M NaCl, 5mM BME, 10mM Tris/HCl pH 8.3), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月2日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: single diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→30 Å / Num. all: 37963 / Num. obs: 37963 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 24.97
反射シェル	解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7L

1f7l

解像度: 1.824→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.849 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22479	1901	5 %	RANDOM
R_work	0.18431	-	-	-
obs	0.18635	36019	98.16 %	-
all	-	36019	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.486 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.824→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2906	0	0	272	3178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.933	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.779	3	5268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.844	5	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.68	24.881	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.925	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.126	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.087	1.5	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.343	1.5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.908	2	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.949	3	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.687	4.5	1204

LS精密化シェル

解像度: 1.824→1.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	129	-
R_work	0.242	2424	-
obs	-	2432	90.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2566	0.2639	0.2275	2.7076	0.9747	0.5014	-0.0185	0.147	-0.0729	-0.0714	0.0183	0.2631	-0.0939	-0.1673	0.0002	0.1401	0.0743	-0.0022	0.2958	0.0804	0.1849	50.9746	-7.2312	1.9314
2	9.6074	0.2466	-4.061	7.7126	-1.6548	4.4771	0.5129	0.6595	0.7711	0.199	0.3048	0.9346	-0.995	-0.7879	-0.8177	0.3295	0.2239	0.1031	0.2768	0.1481	0.2889	43.0997	12.1798	6.7092
3	2.8976	0.156	-0.2312	4.6607	-1.1852	4.5196	0.039	-0.1053	0.0366	0.3427	0.2281	0.7104	-0.3428	-0.5621	-0.2671	0.0611	0.0756	0.0465	0.1512	0.0357	0.1986	48.1229	0.277	9.541
4	2.1125	-0.4604	-0.1834	3.6545	-1.1539	4.2301	-0.031	-0.1066	0.1637	0.0432	0.0583	0.157	-0.1289	-0.0882	-0.0273	0.0603	0.0431	-0.0011	0.0364	0.0002	0.0474	56.8194	-0.3452	8.6731
5	3.1156	2.3253	-0.9271	3.9362	-1.3279	3.0897	0.1489	-0.3159	0.3591	0.4069	-0.043	0.1417	-0.6206	0.3163	-0.1058	0.2308	-0.005	-0.0053	0.0986	-0.0714	0.0896	68.5089	6.2065	13.4731
6	5.9943	-1.4824	1.3926	4.2093	-2.0817	8.1715	0.0599	0.0814	0.483	0.2991	-0.1792	-0.8039	-0.3656	1.5016	0.1194	0.2215	-0.1575	-0.1235	0.4465	-0.0199	0.3216	83.019	6.2177	14.29
7	2.6452	0.558	0.5411	3.8709	-0.3021	3.2907	0.0454	-0.3271	0.0163	0.4996	0.0247	-0.2079	-0.0904	0.3592	-0.0701	0.1583	0.0229	-0.0866	0.1706	-0.0543	0.0604	72.0465	-1.8444	17.7937
8	2.8504	1.173	-1.0204	5.1689	-2.1258	5.6946	-0.1209	-0.2267	0.0669	0.273	0.2178	-0.1844	-0.0844	0.1912	-0.0969	0.0534	0.044	-0.0387	0.0569	-0.0363	0.0365	67.7599	-4.0801	11.5219
9	1.9583	0.0294	-1.2154	3.4487	-2.0764	8.3498	-0.0343	0.1948	0.093	-0.2629	-0.1325	-0.5376	-0.0623	0.5686	0.1668	0.0328	-0.0013	0.0448	0.1524	0.0185	0.1508	71.134	-6.477	-5.3261
10	2.1432	-0.4759	-0.1927	4.0891	0.3169	4.7547	-0.0154	0.4282	-0.0454	-0.4984	-0.0206	0.0639	-0.0303	-0.072	0.036	0.071	-0.0034	0.0151	0.1329	-0.014	0.0908	66.3215	-11.0374	-10.7345
11	11.069	0.4726	2.6252	1.4728	0.0111	2.3836	-0.0997	0.1682	-0.1809	0.0418	0.0974	0.0324	0.3651	0.026	0.0022	0.0911	0.0057	0.0234	0.1052	-0.0159	0.1555	66.4381	-17.4007	-3.4691
12	2.2853	0.67	-0.8915	4.5302	-1.1044	4.2715	-0.0575	0.0457	-0.1888	0.0626	-0.0301	-0.0518	0.2373	0.0232	0.0875	0.018	0.0041	0.0014	0.0241	-0.0115	0.0539	62.5993	-13.6371	2.5984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-12 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-3 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	25 - 47
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	48 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	98 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-2 - 26
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	27 - 67
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	68 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	88 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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