PDB-4jm0: Structure of Human Cytomegalovirus Immune Modulator UL141

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jm0

タイトル

Structure of Human Cytomegalovirus Immune Modulator UL141

要素

Protein UL141

キーワード

CELL ADHESION / viral protein in complex with human receptor / Immunoglobulin-like V-set folg of N-terminal domain / Ig-like beta sandwich domain / viral immunomodulator / host-virus interaction / TRAIL-R2 / CD155 / glycosylation / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host natural killer cell mediated immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The structure of cytomegalovirus immune modulator UL141 highlights structural Ig-fold versatility for receptor binding.
著者: Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M.

履歴

登録	2013年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.3	2016年10月19日	Group: Derived calculations
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jm0.cif.gz	161.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jm0.ent.gz	126.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i9x
類似構造データ	3nho-d 5o7i-d 1xe8-1 1y42-d 1xe7-1 5f84-d 2vak-7 1d6h-d 5mgy-8 1uby-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein UL141

B: Protein UL141

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.060, 96.060, 136.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.9725, 0.232284, -0.01695), (0.232301, 0.972643, 0.00103), (0.016726, -0.002936, -0.999856)	-18.33501, 2.12478, 40.82166

#1: タンパク質

Protein UL141

分子量: 29419.320 Da / 分子数: 2 / 断片: UL141 ECTODOMAIN, UNP residues 30-279 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6RJQ3

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化	温度: 295.15 K / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole pH 8, 10% (w/v) polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→11.98 Å / Num. obs: 10665 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.25→3.33 Å / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0104	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.25→11.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.849 / SU B: 41.504 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.488 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	930	8 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.201	10665	97.5 %	-
all	-	20356	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→11.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2723	0	140	0	2863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.352	1.988	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.283	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.127	22.92	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.172	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.049	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.25→3.33 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	59	-
R_work	0.253	674	-
obs	-	-	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8556	0.2955	1.5562	1.7521	0.2601	5.8145	0.3059	0.244	-0.5696	-0.1313	-0.1547	-0.0341	0.9918	0.2269	-0.1513	0.2331	-0.022	-0.0047	0.5073	-0.0308	0.3027	-1.6638	34.8499	12.6762
2	11.7571	-1.9274	11.4512	1.7148	-6.7637	29.3196	0.9128	1.0609	-0.7729	-0.3756	0.136	0.1581	1.1243	0.4749	-1.0488	0.4198	-0.0944	0.0931	0.4726	-0.0551	0.1485	7.4045	36.132	8.3823
3	4.3479	-0.5934	1.3049	2.5125	-0.5525	5.0441	0.0368	0.2423	-0.3043	-0.1586	-0.0425	-0.1299	0.1665	-0.1843	0.0057	0.042	0.0074	0.0535	0.2725	-0.0192	0.1019	2.6933	39.9146	10.443
4	8.1992	-2.6675	-1.323	5.8663	-1.6098	23.3737	0.3864	0.5738	-0.3272	-1.0889	0.0703	0.0572	0.1412	-0.7368	-0.4567	0.2846	-0.1258	-0.095	0.4807	-0.0968	0.3035	-15.4024	37.3477	-2.4413
5	2.4094	-6.0917	-3.2473	15.4661	8.2574	4.4153	0.4113	0.4353	-0.5424	-0.8756	-0.9657	1.0943	-0.41	-0.5561	0.5544	0.8951	0.0088	-0.2882	0.8252	-0.1871	1.5088	-7.0422	26.581	-0.0743
6	22.0057	-12.2938	-6.3301	12.8633	-0.7411	4.8967	-0.542	-0.189	-0.3622	0.4905	0.3836	0.1594	0.072	-0.0751	0.1584	0.2395	-0.0679	-0.0198	0.3429	-0.0161	0.2105	-19.3237	32.2712	28.6405
7	4.5089	-0.4708	2.0229	3.6224	0.0937	4.7444	-0.0766	-0.1442	0.1751	0.3247	-0.044	-0.1062	-0.0641	-0.1586	0.1206	0.0566	-0.0684	0.0121	0.2025	-0.0371	0.0622	-13.9763	42.1241	29.6526
8	0.7162	0.6074	1.4189	3.4559	5.2486	22.9269	-0.1849	0.1426	0.4894	-0.3277	-0.6578	0.1917	-0.6598	-0.6027	0.8427	0.0649	-0.0159	-0.0889	0.3063	0.0965	0.4073	-11.9387	48.1268	25.6291
9	6.7654	0.6292	2.4885	2.1743	-0.3876	5.1759	0.0727	0.0159	-0.5869	0.2133	-0.1432	-0.3179	0.4641	0.4205	0.0706	0.1174	-0.0273	0.0479	0.1904	-0.0341	0.1848	-9.0412	36.2963	33.3144
10	7.4371	-0.3137	0.1369	2.2196	-1.6374	2.8621	0.4807	-0.6443	-0.2722	0.6781	-0.3363	-0.2896	0.2105	0.5281	-0.1444	0.6346	-0.0036	-0.0805	0.5077	0.0635	0.6433	-1.1549	32.1622	43.6015

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	185 - 231
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	232 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	52 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	109 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	127 - 185
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	186 - 243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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