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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i9x | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human cytomegalovirus glycoprotein UL141 targeting the death receptor TRAIL-R2 | |||||||||
要素 |
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キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / Ig-like domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 evasion by virus of host natural killer cell activity / TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity ...evasion by virus of host natural killer cell activity / TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / host cell endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / 細胞膜 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013 タイトル: Structure of Human Cytomegalovirus UL141 Binding to TRAIL-R2 Reveals Novel, Non-canonical Death Receptor Interactions. 著者: Nemcovicova, I. / Benedict, C.A. / Zajonc, D.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i9x.cif.gz | 135.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i9x.ent.gz | 108.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25106.365 Da / 分子数: 2 / 断片: UL141, UNP residues 32-246 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 株: Merlinマーリン 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6RJQ3 #2: タンパク質 | 分子量: 14330.667 Da / 分子数: 2 / 断片: TRAIL-R2, UNP residues 58-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14763 |
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-糖 , 2種, 3分子
#3: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 3種, 244分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 20% PEG 8K, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→60 Å / Num. obs: 55337 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.153 Å / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.62 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.796 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
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