PDB-4jli: Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Pore Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jli

タイトル

Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Pore Mutant

要素

Protein hfq

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Riboregulator / Post-transcriptional regulator

機能・相同性

SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Robinson, K.E. / Orans, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Mapping Hfq-RNA interaction surfaces using tryptophan fluorescence quenching.
著者: Robinson, K.E. / Orans, J. / Kovach, A.R. / Link, T.M. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2013年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jli.cif.gz	39.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jli.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jli_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jli_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	4jli_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	4jli_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jriC 4jrkC 4juvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jri-2 4juv-d 4jri-1 4mmk-1 2ylb-d 2ylc-1 1u1s-d 4y91-2 2yht-2 3inz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein hfq

B: Protein hfq

15.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein hfq

B: Protein hfq

A: Protein hfq

B: Protein hfq

A: Protein hfq

B: Protein hfq

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.003, 104.003, 28.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-102- HOH

#1: タンパク質	Protein hfq / HF-1 / Host factor-I protein 分子量: 7673.911 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-69 / 変異: F42W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hfq, O3O_02600 / 参照: UniProt: K0BDC5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.65 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.79→21.71 Å / Num. obs: 10698 / R_sym value: 0.059

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→21.71 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	513	4.8 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.182	10698	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→21.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1034	0	0	89	1123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	1465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.55	410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7904-1.9705	0.2648	125	0.2139	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9705-2.2554	0.2825	128	0.2043	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2554-2.8406	0.2776	125	0.2054	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8406-21.7115	0.1904	135	0.1551	2536	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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