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- PDB-4jkv: Structure of the human smoothened 7TM receptor in complex with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkv
タイトルStructure of the human smoothened 7TM receptor in complex with an antitumor agent
要素Soluble cytochrome b562, Smoothened homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human smoothened receptor / antitumor agent / novel protein engineering / GPCR network / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / midgut development / left/right axis specification / negative regulation of DNA binding / Activation of SMO / patched binding / ciliary tip / forebrain morphogenesis / somite development / type B pancreatic cell development / positive regulation of organ growth / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / smooth muscle tissue development / dorsal/ventral neural tube patterning / cerebellar cortex morphogenesis / cellular response to cholesterol / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / pattern specification process / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / thalamus development / dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / central nervous system neuron differentiation / neural crest cell migration / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / hair follicle morphogenesis / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / negative regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein kinase A catalytic subunit binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of protein phosphorylation / neuroblast proliferation / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / centriole / astrocyte activation / homeostasis of number of cells within a tissue / protein sequestering activity / central nervous system development / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / electron transport chain / Hedgehog 'on' state / G protein-coupled receptor activity / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / multicellular organism growth / protein import into nucleus / osteoblast differentiation / endocytic vesicle membrane / late endosome / gene expression / in utero embryonic development / periplasmic space / electron transfer activity / protein stabilization / cilium / positive regulation of cell migration / iron ion binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / heme binding / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Cytochrome c/b562 / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1KS / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Soluble cytochrome b562 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wang, C. / Wu, H. / Katritch, V. / Han, G.W. / Huang, X. / Liu, W. / Siu, F.Y. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of the human smoothened receptor bound to an antitumour agent.
著者: Wang, C. / Wu, H. / Katritch, V. / Han, G.W. / Huang, X.P. / Liu, W. / Siu, F.Y. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32013年11月27日Group: Structure summary
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562, Smoothened homolog
B: Soluble cytochrome b562, Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,45416
ポリマ－106,2422
非ポリマー4,21214
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area40840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.444, 98.177, 84.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562, Smoothened homolog / Cytochrome b-562 / SMO / Protein Gx


分子量: 53121.004 Da / 分子数: 2 / 断片: BRIL / 変異: M7W, H101I, R107L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, SMO_HUMAN, SMO, SMOH / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q99835

-
非ポリマー , 7種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-1KS / 4-fluoro-N-methyl-N-{1-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-5-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl}-2-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 512.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24F4N6O
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.8, 70 mM ammonium fluoride, 32% (v/v) PEG400, 4% 8% (v/v) P400, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 43797 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 63.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
AutoSol位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: Experimental Phasing by using Ta6Br12 soak

解像度: 2.45→42.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9432 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9285 / SU R Cruickshank DPI: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 2202 5.03 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2013 43776 99.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7708 Å20 Å21.3965 Å2
2---11.0598 Å20 Å2
3---1.289 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.402 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→42.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7032 0 237 110 7379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097461HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9710113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3371SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1084HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7461HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion950SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9119SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 152 4.96 %
Rwork0.2352 2914 -
all0.2383 3066 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2165-0.163-1.05032.61231.7992.7053-0.1593-0.2825-0.06090.1340.06460.03960.47760.26470.09470.00510.0209-0.07910.27080.0868-0.3585-11.23264.71843.8814
23.1075-0.38250.99880.6355-0.23831.0152-0.1032-0.49850.2460.15040.03320.11340.0315-0.25740.07-0.17780.00040.02360.0165-0.0964-0.1145-38.391119.814516.6583
31.23780.18320.04535.5830.79222.5364-0.02760.21310.1647-0.0621-0.0032-0.1619-0.02260.05230.0308-0.2185-0.02640.0330.08220.1289-0.10226.313432.6956-17.7637
42.69640.8357-0.31051.4472-0.02120.8969-0.17770.6152-0.1398-0.1490.12850.18060.0527-0.23770.0493-0.2549-0.03990.00430.0543-0.0581-0.1619-28.21078.0613-10.8824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-1 - A|106 }A-1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|190 - A|550 }A190 - 550
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|0 - B|106 }B0 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|190 - B|552 }B190 - 552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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