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- PDB-4jki: Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with Z... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jki
タイトルCrystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with ZD9331, Formylphosphate, and ADP
要素Formate--tetrahydrofolate ligase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / Ligase / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / formyl phosphate / Chem-ZD9 / Formate--tetrahydrofolate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of N10-formyltetrahydrofolate synthetase derived from complexes with intermediates and inhibitors.
著者: Celeste, L.R. / Chai, G. / Bielak, M. / Minor, W. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年3月20日ID: 3SIN
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22020年9月9日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_site
Item: _struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate--tetrahydrofolate ligase
B: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,2039
ポリマ－120,0242
非ポリマー1,1797
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area36840 Å2
手法PISA
2
A: Formate--tetrahydrofolate ligase
B: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子

A: Formate--tetrahydrofolate ligase
B: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,40518
ポリマ－240,0484
非ポリマー2,35714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area16510 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area71580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.373, 162.373, 258.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 558 / Label seq-ID: 5 - 558

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Formate--tetrahydrofolate ligase / Formyltetrahydrofolate synthetase / FHS / FTHFS


分子量: 60011.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
株: ATCC 39073 / 遺伝子: fhs, moorella, Moth_0109 / プラスミド: pAlter-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Y1 / 参照: UniProt: Q2RM91, formate-tetrahydrofolate ligase

-
非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-ZD9 / 2,7-dimethyl-6-[(prop-1-yn-1-ylamino)methyl]quinazolin-4(3H)-one


分子量: 241.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N3O
#3: 化合物 ChemComp-XPO / formyl phosphate / りん酸ホルミル


分子量: 126.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3O5P
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 75 mM Potassium Maleate Buffer pH 7.0-8.5, 1 mM dithiothreitol, 40% Ammonium Sulfate, 20% PEG 1000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.58-2.670.571131.6
2.67-2.780.494187.4
2.78-2.910.389197.3
2.91-3.060.247198.5
3.06-3.250.163199.4
3.25-3.50.109199.8
3.5-3.850.063199.9
3.85-4.410.037199.8
4.41-5.560.024199.6
5.56-500.017197.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SIN

3sin
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→32.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 26.813 / SU ML: 0.267 / SU R Cruickshank DPI: 1.5515 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.486 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24922 1820 5 %RANDOM
Rwork0.18637 ---
obs0.18952 34498 89.28 %-
all-61740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.42 Å21.42 Å20 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----4.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8207 0 72 98 8377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.98511454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83318626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25451110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83224.654318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.981151344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5021540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32854 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.595→2.663 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 74 -
Rwork0.387 1335 -
obs--47.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38060.3176-0.35080.4881-0.33170.3611-0.10230.16290.00860.03490.1240.02280.0232-0.078-0.02180.2226-0.1-0.00550.3095-0.06180.4445-0.667934.069156.7591
20.26680.22790.12380.39120.12550.2284-0.03280.0464-0.01620.11840.0649-0.0196-0.00970.0092-0.03220.2549-0.00290.00920.2343-0.06980.48657.38231.686878.8169
30.3772-0.2277-0.37620.17150.22060.4247-0.0832-0.0273-0.11060.05790.05760.0170.0498-0.03920.02560.2387-0.0923-0.01420.2842-0.02650.587612.258328.453755.3158
40.49290.30080.04010.3885-0.31130.636-0.3310.1798-0.0784-0.24110.2979-0.15920.0559-0.25560.03310.3375-0.30590.00510.4916-0.14390.3274-0.688430.599925.8099
52.26880.00660.6061.62750.4891.5854-0.8080.3405-0.1052-0.59550.8723-0.5844-0.06260.0859-0.06420.5962-0.5410.27730.6499-0.34060.239510.916330.353611.9994
60.91660.5578-0.24730.43590.11420.8409-0.27190.54410.2325-0.16160.33040.11050.0938-0.2555-0.05860.1964-0.1736-0.06420.49820.01060.33381.81444.125733.6706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2A300 - 517
3X-RAY DIFFRACTION3A518 - 559
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 417
5X-RAY DIFFRACTION5B418 - 522
6X-RAY DIFFRACTION6B523 - 559

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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