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- PDB-4jk4: Crystal Structure of Bovine Serum Albumin in complex with 3,5-dii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jk4
タイトルCrystal Structure of Bovine Serum Albumin in complex with 3,5-diiodosalicylic acid
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bovine Serum Albumin / Helical protein possessing three domains / Transport / Fatty acids / hormones / metabolites and drugs / Plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.653 Å
データ登録者Zielinski, K. / Bujacz, A. / Sekula, B. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic studies of the complexes of bovine and equine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid.
著者: Sekula, B. / Zielinski, K. / Bujacz, A.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,75124
ポリマ－133,1242
非ポリマー4,62722
水2,612145
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,01513
ポリマ－66,5621
非ポリマー2,45312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,73611
ポリマ－66,5621
非ポリマー2,17410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.410, 44.800, 146.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serum albumin / BSA


分子量: 66561.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02769

-
非ポリマー , 6種, 167分子

#2: 化合物
ChemComp-DIU / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / 2-HYDROXY-3,5-DIIODOBENZOIC ACID / 3,5-ジヨ-ドサリチル酸


分子量: 389.914 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4I2O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% MMEPEG 5000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 37411 / Num. obs: 36876 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.47
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 3852 / Rsym value: 0.826 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F5S

4f5s


解像度: 2.653→36.528 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1840 5 %random
Rwork0.1876 ---
all0.1906 37411 --
obs0.1906 36804 98.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.653→36.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9290 0 185 145 9620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.029711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.95113046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3753697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1081425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6534-2.72510.34671400.29172644X-RAY DIFFRACTION99
2.7251-2.80530.34361430.29362706X-RAY DIFFRACTION99
2.8053-2.89580.35381380.26012657X-RAY DIFFRACTION99
2.8958-2.99930.34041430.24242713X-RAY DIFFRACTION100
2.9993-3.11930.34591410.23172661X-RAY DIFFRACTION100
3.1193-3.26120.34881420.22142725X-RAY DIFFRACTION100
3.2612-3.4330.27711450.21192743X-RAY DIFFRACTION100
3.433-3.64790.28221390.192649X-RAY DIFFRACTION100
3.6479-3.92920.22511420.17022699X-RAY DIFFRACTION99
3.9292-4.32410.21711410.16112670X-RAY DIFFRACTION98
4.3241-4.94850.20341430.15182716X-RAY DIFFRACTION98
4.9485-6.22950.21331420.18322700X-RAY DIFFRACTION98
6.2295-36.5310.19341410.16422681X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66740.58480.52581.3976-0.24181.52840.0126-0.09030.0695-0.3275-0.0730.3476-0.1354-0.21780.04410.31150.0254-0.03050.14480.00190.184174.797827.06293.9993
21.9071.1954-0.45142.382-0.54661.05080.1885-0.3190.26070.3427-0.09391.0704-0.1865-0.5895-0.04430.3233-0.18340.02970.37040.04850.269871.683818.240322.8987
30.81790.4215-0.41060.9755-0.76921.39020.5084-0.0485-0.79210.2201-0.60040.40720.185-0.3499-0.01550.2878-0.33360.2036-0.01070.3254-0.056780.853712.885725.113
41.4584-0.38330.29980.49710.00780.50790.0424-0.16350.2044-0.3809-0.0054-0.2087-0.21680.0683-0.03790.2498-0.02960.0580.2134-0.02770.147299.309323.610411.6825
52.3346-0.22030.34291.11410.0651.3980.1476-0.2647-0.4748-0.08820.008-0.05810.37710.0141-0.13650.3725-0.0469-0.04660.19490.06440.228496.50829.013311.6464
62.04261.4838-0.62171.8423-0.0851.31810.0244-0.1339-0.1628-0.57780.1396-0.3020.15430.3547-0.01210.21220.02580.01890.3739-0.04020.3373119.401524.183714.7325
72.63691.3598-0.84472.3018-0.71861.43860.1617-0.22820.21030.58840.2949-0.2959-0.37010.2764-0.14850.137-0.03920.04020.339-0.1460.3672116.260932.485120.7527
83.95790.8131-3.19830.3674-0.82072.62270.1091-0.6822-0.08720.66180.1126-0.5369-0.12530.5243-0.13080.2759-0.0318-0.10020.5989-0.07280.3823110.672928.274635.4725
91.75120.349-0.24653.0326-1.03112.2212-0.4426-0.4852-0.27210.05420.2135-0.29450.26190.25660.0169-0.28530.47091.31240.3242-0.5505-1.542391.049535.212742.0357
101.5155-0.2205-0.20391.51620.16571.2964-0.1484-0.0045-0.41870.18260.09410.19230.15650.21290.05010.25210.01690.07470.33050.00220.228892.933128.491532.4605
111.7611-0.4384-0.23660.6154-0.37790.42630.1328-0.03580.36850.16520.286-0.4727-0.67770.4879-0.18820.2815-0.02090.05090.2532-0.06030.327298.00942.284232.0508
122.2754-0.0853-0.211.87690.29531.7621-0.7427-0.5950.2555-0.11760.26910.20250.3054-0.46440.04660.2931-0.06290.26290.35410.08060.133378.150237.64546.354
132.351-0.77-0.49691.32280.01541.8852-0.1786-0.3959-0.43030.16860.24960.1553-0.02260.0743-0.09640.57180.30690.08180.68490.08350.39877.260335.933657.3669
140.48730.75620.42612.0967-0.17431.6792-0.02430.0262-0.0413-0.58170.0731-0.15140.24240.2624-0.0460.3817-0.0304-0.05720.1497-0.04450.22938.729518.801317.1143
151.45440.7161-0.46422.9894-0.80351.39120.11440.185-0.1760.4957-0.0418-0.7868-0.27770.67650.02090.2208-0.1262-0.02850.39340.02980.332251.821327.834731.0645
161.75410.73330.5431.55240.12031.3736-0.2232-0.32070.24260.2618-0.2348-0.0883-0.60580.50060.0820.3375-0.2149-0.08580.2447-0.01210.312145.65833.240137.9852
171.2116-0.1361-0.54420.7349-0.03871.08210.0084-0.2885-0.3518-0.1531-0.05410.2453-0.0897-0.1671-0.04970.2380.0486-0.06280.2408-0.00070.246822.916722.37737.6577
181.851-0.0341-0.52821.59290.40012.1542-0.0844-0.20710.36920.33590.19660.0246-0.6935-0.0567-0.10980.47770.0468-0.02220.1956-0.00090.272525.285837.041135.8284
192.31490.6402-0.37082.2159-0.37761.95250.3468-0.2951-0.26670.30640.12010.82870.0766-0.6429-0.08930.37590.0120.08120.57510.08410.67477.612422.0851.0212
201.4942-0.7187-0.92580.7585-0.2531.76490.3402-0.3933-0.55290.01720.37980.36760.8053-0.3133-0.19220.3611-0.1821-0.06230.7420.34040.8713.15614.142354.6904
213.44020.55080.29310.2080.02640.1018-0.223-0.15010.10580.72680.29470.10580.0614-0.1915-0.13921.05110.12350.17540.84380.03590.425726.078917.932463.7764
221.7148-0.604-0.04922.7211.32862.6203-0.1113-0.42540.4074-0.1113-0.038-0.32920.0758-0.0239-0.00190.35940.2023-0.1190.35350.01290.529447.110910.96357.8974
232.51440.23590.2972.60630.08312.0727-0.2153-0.11460.46460.24290.1797-0.0465-0.14940.05370.02910.14150.0215-0.08510.31420.0250.296739.820317.587751.1924
240.37930.0968-0.27490.11280.02070.3063-0.1942-0.5763-0.53890.5958-0.46820.36380.5248-0.40490.11960.52790.0768-0.0930.37640.35090.859235.71713.834753.6554
252.08840.332-0.46411.85480.0341.0443-0.0326-0.16580.2411-0.1403-0.0350.10030.06530.33880.01510.19910.0269-0.06330.46040.05820.606760.14748.630253.301
262.5373-0.5231-0.24792.2820.43031.9842-0.1566-0.11980.28310.41430.2138-0.1276-0.25630.16640.00580.32650.1244-0.03770.5262-0.09460.295767.72329.949461.1256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:106)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 107:147)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 148:198)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 199:250)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 251:295)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resseq 296:336)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resseq 337:366)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resseq 367:398)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resseq 399:417)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resseq 418:468)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 469:497)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resseq 498:537)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resseq 538:583)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resseq 2:106)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resseq 107:147)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resseq 148:198)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resseq 199:250)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resseq 251:295)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resseq 296:336)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resseq 337:366)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resseq 367:398)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resseq 399:417)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resseq 418:468)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resseq 469:497)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resseq 498:537)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resseq 538:583)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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