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- PDB-4jk2: X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jk2
タイトルX-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with guanosine pentaphosphate (pppGpp)
要素(Escherichia coli RNA polymerase ...) x 5
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0O2 / : / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.201 Å
データ登録者Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Differential regulation by ppGpp versus pppGpp in Escherichia coli.
著者: Mechold, U. / Potrykus, K. / Murphy, H. / Murakami, K.S. / Cashel, M.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
B: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
C: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit
D: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit
E: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit
X: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit
F: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
G: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
H: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit
I: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit
J: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit
Y: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)920,75817
ポリマ－919,81412
非ポリマー9455
水00
1
A: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
B: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
C: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit
D: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit
E: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit
X: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,7219
ポリマ－459,9076
非ポリマー8143
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
G: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit
H: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit
I: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit
J: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit
Y: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,0388
ポリマ－459,9076
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.323, 205.411, 309.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Escherichia coli RNA polymerase ... , 5種, 12分子 ABFGCHDIEJXY

#1: タンパク質
Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Escherichia coli RNA polymerase beta subunit / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950
プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Escherichia coli RNA polymerase omega subunit / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MDS42 / 遺伝子: rpoZ, ECMDS42_3083 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: H0QDQ9, UniProt: P0A800*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit / Sigma-70


分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pGEMD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-0O2 / guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) / pppGpp


分子量: 683.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N5O20P5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射モノクロメーター: Rh coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→30 Å / Num. obs: 69537 / % possible obs: 80.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IGC

4igc
PDB 未公開エントリ


解像度: 4.201→29.942 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3219 3502 5.04 %
Rwork0.2443 --
obs0.2483 69477 80.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.201→29.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56075 0 44 0 56119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48676832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.53622024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0198746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00210069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.201-4.25880.33061320.29562467X-RAY DIFFRACTION77
4.2588-4.31950.40391410.31432656X-RAY DIFFRACTION82
4.3195-4.38380.34721390.32152673X-RAY DIFFRACTION83
4.3838-4.45210.38151470.32032707X-RAY DIFFRACTION83
4.4521-4.52480.37791430.29822730X-RAY DIFFRACTION83
4.5248-4.60260.35211450.29592725X-RAY DIFFRACTION84
4.6026-4.6860.36161370.28842729X-RAY DIFFRACTION84
4.686-4.77570.32721470.27672724X-RAY DIFFRACTION83
4.7757-4.87280.34171400.27152704X-RAY DIFFRACTION84
4.8728-4.97830.33581450.27542721X-RAY DIFFRACTION84
4.9783-5.09360.34891410.26932712X-RAY DIFFRACTION83
5.0936-5.22030.37761410.26822685X-RAY DIFFRACTION82
5.2203-5.36070.37821400.26432699X-RAY DIFFRACTION83
5.3607-5.51750.33141460.25692675X-RAY DIFFRACTION82
5.5175-5.69440.34251480.24772654X-RAY DIFFRACTION81
5.6944-5.89640.31511410.24982654X-RAY DIFFRACTION81
5.8964-6.13060.41331340.25872640X-RAY DIFFRACTION81
6.1306-6.4070.32721400.26392640X-RAY DIFFRACTION80
6.407-6.74110.44611470.24892594X-RAY DIFFRACTION79
6.7411-7.15810.32331340.24352614X-RAY DIFFRACTION79
7.1581-7.70210.3031410.22072576X-RAY DIFFRACTION78
7.7021-8.46120.31291380.19482557X-RAY DIFFRACTION77
8.4612-9.64960.25341430.182532X-RAY DIFFRACTION76
9.6496-12.0250.25191220.19172481X-RAY DIFFRACTION73
12.025-29.94290.29541300.2622426X-RAY DIFFRACTION70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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