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- PDB-4jk0: Crystal structure of T89Q-mutant of RNA silencing suppressor p19 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jk0
タイトルCrystal structure of T89Q-mutant of RNA silencing suppressor p19 with 2nt-5'-overhanging double-helical RNA 21mer pUUUG(CUG)5CU
要素
  • 5'-R(P*UP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*U)-3'
  • RNA silencing suppressor p19
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA silencing suppression / trinucleotide repeats / protein-RNA complex / dimer / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA silencing suppressor P19 / Tombusvirus p19 core protein / Tombusvirus P19 superfamily / Tombusvirus P19 core protein / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA silencing suppressor p19
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Katorcha, E. / Tamjar, J. / Popov, A.N. / Malinina, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Procrustean bed of RNA silencing suppression
著者: Katorcha, E. / Tamjar, J. / Popov, A.N. / Malinina, L.
履歴
登録2013年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: RNA silencing suppressor p19
B: 5'-R(P*UP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3454
ポリマ－21,1532
非ポリマー1922
水3,369187
1
D: RNA silencing suppressor p19
B: 5'-R(P*UP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*U)-3'
ヘテロ分子

D: RNA silencing suppressor p19
B: 5'-R(P*UP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6908
ポリマ－42,3064
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.391, 90.391, 148.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-272-

HOH

21D-308-

HOH

31B-719-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A P19 HOMODIMER BOUND TO DOUBLE-STRANDED RNA.

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要素

#1: タンパク質 RNA silencing suppressor p19 / 19 kDa symptom severity modulator


分子量: 14540.231 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-149 / 変異: T111Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
遺伝子: ORF4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P69517
#2: RNA鎖 5'-R(P*UP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*U)-3'


分子量: 6612.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: siRNA pUUUG(CUG)5CU
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 10511 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.382.70.6310211.231198.5
2.38-2.482.70.49110381.176198.8
2.48-2.592.70.3810401.126199
2.59-2.732.70.3210431.147199
2.73-2.92.70.23310551.112199.3
2.9-3.122.70.15810571.118199.2
3.12-3.432.70.09810461.061199.4
3.43-3.932.70.07910580.977199.2
3.93-4.952.70.08610771.183199.3
4.95-302.70.06410761.109194.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9F

1r9f


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.1892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8256 / SU B: 13.512 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.2907 / SU Rfree: 0.2316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2455 505 4.8 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1867 10506 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 273.72 Å2 / Biso mean: 43.1562 Å2 / Biso min: 17.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20.9 Å20 Å2
2--0.9 Å2-0 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 439 10 187 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0171497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.7132120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9932609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6522250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66815166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.811510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0422.822477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0412.822477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.164.205593
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 43 -
Rwork0.226 696 -
all-739 -
obs--98.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4755-0.13760.24710.5550.0731.1002-0.0123-0.0132-0.0114-0.0097-0.0197-0.02340.0041-0.01970.0320.01120.00040.01030.0127-0.00310.012423.442929.4168-10.8632
20.1590.0336-0.1460.43580.21450.29810.0327-0.05060.02990.0063-0.0250.0649-0.07140.0879-0.00770.0708-0.04680.00430.092-0.00820.01426.558245.1048-0.1984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D3 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2B501 - 521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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