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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jjn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / BAH domain / silencing / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of protein-containing complex localization to telomere / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / telomere tethering at nuclear periphery ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of protein-containing complex localization to telomere / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / telomere tethering at nuclear periphery / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / HDACs deacetylate histones / chromatin silencing complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / SUMOylation of chromatin organization proteins / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / DNA replication origin binding / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / heterochromatin / CENP-A containing nucleosome / heterochromatin formation / heterochromatin organization / nucleosome binding / nucleosomal DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / protein heterodimerization activity / DNA repair / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, F. / Li, G. / Mohammed, A. / Lu, C. / Currie, M. / Johnson, A. / Moazed, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Heterochromatin protein Sir3 induces contacts between the amino terminus of histone H4 and nucleosomal DNA. 著者: Wang, F. / Li, G. / Altaf, M. / Lu, C. / Currie, M.A. / Johnson, A. / Moazed, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 776.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 628.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 518.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 533.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 10分子 AEBFCGDHKL
#1: タンパク質 | 分子量: 15259.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: HHT1, HHT2, Histone H3, N2749, SIN2, YBR010W, YBR0201, YNL031C 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11264.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: HHF1, HHF2, Histone H4, N2752, YBR009C, YBR0122, YNL030W 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13881.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: H2A2, Histone H2A.2, HTA2, YBL003C, YBL0103 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14133.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: H2B2, Histone H2B.2, HTB2, YBL002W, YBL0104 / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 43655.582 Da / 分子数: 2 / Mutation: D205N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CMT1, L9753.10, MAR2, SIR3, STE8, YLR442C / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#6: DNA鎖 | 分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 45610.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.09→139.09 Å / Num. all: 61627 / Num. obs: 60025 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.09→85.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.8658 Å / Origin y: -20.1545 Å / Origin z: 24.5817 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |