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- PDB-4jiy: RNA three-way junction stabilized by a supramolecular di-iron(II)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jiy
タイトルRNA three-way junction stabilized by a supramolecular di-iron(II) cylinder drug
要素5'-(CGUACG)-3'
キーワードRNA / THREE-WAY JUNCTION / DRUG-RNA COMPLEX / RNA STRUCTURE RECOGNITION / CYLINDER / SUPRAMOLECULE
機能・相同性: / Chem-NPM / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Sigel, R.K.O. / Schnabl, J.A. / Freisinger, E. / Spingler, B. / Hannon, M.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Binding of a designed anti-cancer drug to the central cavity of an RNA three-way junction.
著者: Phongtongpasuk, S. / Paulus, S. / Schnabl, J. / Sigel, R.K. / Spingler, B. / Hannon, M.J. / Freisinger, E.
履歴
登録2013年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-(CGUACG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8677
ポリマ－1,8911
非ポリマー9766
水70339
1
A: 5'-(CGUACG)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-(CGUACG)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-(CGUACG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,60221
ポリマ－5,6743
非ポリマー2,92918
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area4090 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area3040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.745, 45.745, 45.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

FE2

21A-103-

FE2

31A-105-

FE2

41A-106-

FE2

51A-207-

HOH

詳細BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. REMARK: THE RNA THREE-WAY JUNCTION IS GENERATED FROM THE ASYMMETRIC UNIT BY THE OPERATIONS. THE TERMINAL 1/3 CYLINDER LIGANDS ARE PART OF THE INFINITE CRYSTAL LATTICE. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TRIMERIC SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TRIMERIC SOFTWARE USED: PISA TOTAL BURIED SURFACE AREA: 970 ANGSTROM**2 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 3870 ANGSTROM**2 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -5.0 KCAL/MOL APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT1 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT2 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT1 3 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT3 3 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 2 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: NONAMERIC APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 68.61750 BIOMT2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 91.49000 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 1.000000 22.87250 BIOMT1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 91.49000 BIOMT2 3 0.000000 1.000000 0.000000 -22.87250 BIOMT3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 68.61750 BIOMT1 4 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT2 4 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 4 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT1 5 0.000000 0.000000 1.000000 22.87250 BIOMT2 5 -1.000000 0.000000 0.000000 68.61750 BIOMT3 5 0.000000 -1.000000 0.000000 91.49000 BIOMT1 6 0.000000 0.000000 -1.000000 68.61750 BIOMT2 6 -1.000000 0.000000 0.000000 91.49000 BIOMT3 6 0.000000 1.000000 0.000000 -22.87250 BIOMT1 7 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 7 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT3 7 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT1 8 0.000000 -1.000000 0.000000 91.49000 BIOMT2 8 0.000000 0.000000 1.000000 22.87250 BIOMT3 8 -1.000000 0.000000 0.000000 68.61750 BIOMT1 9 0.000000 1.000000 0.000000 -22.87250 BIOMT2 9 0.000000 0.000000 -1.000000 68.61750 BIOMT3 9 -1.000000 0.000000 0.000000 91.49000

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要素

#1: RNA鎖 5'-(CGUACG)-3'


分子量: 1891.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NPM / N-[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLENE]-N-[4-(4-{[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLENE]AMINO}BENZYL)PHENYL]AMINE / 1,1-BIS(N-(4-PHENYL)-2-PYRIDYLCARBOXALDIMINE)METHANE / 4,4′-メチレンビス[N-(2-ピリジルメチレン)アニリン]


分子量: 376.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20N4
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
14.2270.84THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
293.151蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.520% PEG 400, 0.18M MAGNESIUM ACETATE, 0.05M TRIS CHLORIDE, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293.15K. 15% PEG 400, 0.165M MAGNESIUM ACETATE, 0.05M TRIS CHLORIDE, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293.15K
293.152蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.515% PEG 400, 0.165M MAGNESIUM ACETATE, 0.05M TRIS CHLORIDE, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA10.99990.9999
シンクロトロンSLS X06DA20.9999
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年12月10日MIRROR, BARTELS MONOCHROMATOR, DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS, TOROIDAL MIRROR
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年9月12日MIRROR, BARTELS MONOCHROMATOR, DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS, TOROIDAL MIRROR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1BARTELS MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2BARTELS MONOCHROMATORMADMx-ray1
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→45.745 Å / Num. all: 4826 / Num. obs: 4030 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0204 / Net I/σ(I): 27.06
反射 シェル解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 0.99 % / Rmerge(I) obs: 0.3847 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 703 / Rsym value: 0.3847 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
RemDAqデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→26.41 Å / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: KLOSTERMAN & SINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2709 242 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all-4814 --
obs-4030 83.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→26.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 125 62 39 226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.004
X-RAY DIFFRACTIONSIMU0.164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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