PDB-4jim: Native Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jim

タイトル

Native Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase

要素

Formate--tetrahydrofolate ligase

キーワード

LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of N10-formyltetrahydrofolate synthetase derived from complexes with intermediates and inhibitors.
著者: Celeste, L.R. / Chai, G. / Bielak, M. / Minor, W. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.

履歴

登録	2013年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年3月20日	ID: 3PZX
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_site Item: _struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jim.cif.gz	422.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jim.ent.gz	347.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jim_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jim_full_validation.pdf.gz	491 KB	表示
XML形式データ	4jim_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	4jim_validation.cif.gz	66.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/4jim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/4jim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jjkC 4jjzC 4jkiC 3pzx PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jjk-d 4iol-d 4jki-d 1fpm-2 1eg7-2 4lv7-d 4h0y-d 1rqh-1 5a4j-2 3scl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formate--tetrahydrofolate ligase

B: Formate--tetrahydrofolate ligase

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Formate--tetrahydrofolate ligase

B: Formate--tetrahydrofolate ligase

ヘテロ分子

A: Formate--tetrahydrofolate ligase

B: Formate--tetrahydrofolate ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Formate--tetrahydrofolate ligase

B: Formate--tetrahydrofolate ligase

ヘテロ分子

A: Formate--tetrahydrofolate ligase

B: Formate--tetrahydrofolate ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.192, 161.192, 256.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-816- HOH
2	1	A-901- HOH
3	1	A-957- HOH
4	1	B-718- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 558 / Label seq-ID: 5 - 558

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Formate--tetrahydrofolate ligase / Formyltetrahydrofolate synthetase / FHS / FTHFS 分子量: 60011.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア) 株: ATCC 39073 / 遺伝子: fhs, moorella, Moth_0109 / プラスミド: pAlter-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Y1 / 参照: UniProt: Q2RM91, formate-tetrahydrofolate ligase
#2: 化合物	ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 164.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50-75 mM Potassium Maleate Buffer pH 7.0-8.0, 1 mM dithiothreitol, 38-46% Ammonium Sulfate, 1-3.5% PEG 1000 or PEG 1450, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 74555 / Num. obs: 74518 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	5.7	0.761	1	100
2.14-2.18	5.7	0.662	1	100
2.18-2.22	5.7	0.573	1	100
2.22-2.26	5.7	0.529	1	100
2.26-2.31	5.7	0.467	1	100
2.31-2.37	5.6	0.439	1	100
2.37-2.42	5.7	0.353	1	100
2.42-2.49	5.7	0.302	1	100
2.49-2.56	5.7	0.273	1	100
2.56-2.65	5.7	0.235	1	100
2.65-2.74	5.7	0.183	1	100
2.74-2.85	5.7	0.152	1	100
2.85-2.98	5.7	0.119	1	100
2.98-3.14	5.7	0.093	1	100
3.14-3.33	5.7	0.075	1	100
3.33-3.59	5.7	0.065	1	100
3.59-3.95	5.7	0.052	1	100
3.95-4.52	5.7	0.041	1	100
4.52-5.7	5.6	0.036	1	100
5.7-50	5.4	0.032	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PZX

3pzx
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.1→40.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 11.172 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.1722 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2739	3753	5 %	RANDOM
R_work	0.23405	-	-	-
obs	0.23609	70764	99.89 %	-
all	-	74585	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.792 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0.27 Å²	-0 Å²
2-	-	0.27 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8229	0	73	552	8854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.983	11460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.876	3	18831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.276	5	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.313	24.375	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.056	15	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.878	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32860 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	273	-
R_work	0.34	5150	-
obs	-	-	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2857	-0.1047	0.2856	0.2609	-0.2107	0.3383	-0.0826	-0.1296	0.0033	0.0222	0.0805	-0.0209	-0.0553	-0.122	0.0021	0.4803	0.1009	0.002	0.5246	-0.0009	0.519	-0.8709	58.8964	-13.7473
2	0.2109	0.0094	0.0571	0.3106	0.0231	0.0661	-0.0658	-0.0142	0.0102	-0.0547	0.0595	-0.0206	0.0032	-0.0123	0.0064	0.4847	0.0073	-0.0091	0.4617	-0.0116	0.5593	7.4075	61.3963	-35.5398
3	0.2136	-0.0197	0.3556	0.4547	0.2583	0.876	-0.0596	0.0495	0.0278	-0.0352	0.049	-0.0682	-0.136	-0.0898	0.0107	0.4732	0.078	0.0062	0.4688	0.0305	0.5906	11.905	64.479	-12.0872
4	0.2785	-0.1864	0.3539	0.1956	-0.2148	0.9822	-0.2434	-0.216	0.0513	0.1215	0.1858	-0.1941	-0.2718	-0.546	0.0575	0.5118	0.2673	-0.0265	0.7169	-0.0563	0.4542	-0.7301	62.2615	16.9119
5	5.1449	-0.8928	-1.5856	1.7036	-0.2808	1.72	-1.0853	-0.7161	-0.2154	1.1888	0.701	-1.0831	-0.5849	-0.4288	0.3844	1.14	0.7672	-0.6814	0.7913	-0.4564	0.8223	10.7524	61.9971	31.1718
6	0.2448	-0.1814	0.3099	0.1721	-0.1535	0.6281	-0.1171	-0.3227	-0.0701	0.1961	0.2845	-0.0241	-0.0159	-0.4853	-0.1675	0.4606	0.1244	0.0078	0.6988	0.0655	0.465	1.4741	48.5949	9.3463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	300 - 517
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	518 - 559
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	5 - 417
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	418 - 522
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	523 - 559

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関連情報:EMDBヘッダ

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