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万見
- PDB-4jhx: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhx
タイトルCrystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Vibrio vulnificus in complex with carbamoylphosphate and arginine
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / carbamoylphosphate / L-ornithine
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Grabowski, M. / Chordia, M.D. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis
著者: Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Minor, W.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,63111
ポリマ－118,9263
非ポリマー7058
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area34530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.029, 79.387, 147.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 334 / Label seq-ID: 27 - 358

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 39641.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: argF, VV1_1466 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DCF5, ornithine carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 579分子

#2: 化合物 ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸


分子量: 141.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG ...詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350, 0.2M Ammonium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日 / 詳細: BE-LENSES
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 77488 / Num. obs: 77411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Χ2: 2.152 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.85-1.885.80.8632.137990.8630.93699.8
1.88-1.926.40.75638280.98499.9
1.92-1.956.50.62338271.044100
1.95-1.996.60.54538341.119100
1.99-2.046.60.4538271.22299.9
2.04-2.086.70.37938351.316100
2.08-2.146.70.31238061.48599.9
2.14-2.196.70.27438601.62999.9
2.19-2.266.80.23638141.80899.9
2.26-2.336.80.21538751.931100
2.33-2.416.80.18738382.097100
2.41-2.516.80.16738402.261100
2.51-2.636.80.14738872.418100
2.63-2.766.70.12438622.604100
2.76-2.946.70.10338852.83499.9
2.94-3.166.50.08738803.25499.8
3.16-3.486.20.07238953.60899.6
3.48-3.9960.06239203.74999.5
3.99-5.026.10.05339493.57499.5
5.02-5060.04841503.27999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H31

4h31


解像度: 1.85→36.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1838 / WRfactor Rwork: 0.1477 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8892 / SU B: 5.379 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1324 / SU Rfree: 0.1204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1897 3848 5 %RANDOM
Rwork0.1541 ---
all0.1559 76761 --
obs0.1559 76638 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.64 Å2 / Biso mean: 32.7125 Å2 / Biso min: 16.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7595 0 39 571 8205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.027476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.9510592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42317156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6645996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68125.111360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01151346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2721534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021816
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A192200.13
12B192200.13
21A192740.13
22C192740.13
31B194870.11
32C194870.11
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 290 -
Rwork0.201 5319 -
all-5609 -
obs-5319 99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3434-0.12490.02760.4273-0.11290.43-0.0129-0.03890.02130.0546-0.0056-0.0185-0.053-0.00250.01850.0924-0.0135-0.0010.0902-0.01590.0095-6.42917.096-20.003
20.319-0.39090.09790.5482-0.21420.17320.00680.00450.0058-0.0085-0.00520.00950.00430.0156-0.00160.0848-0.00280.00190.0981-0.00660.0358-10.94315.972-29.535
30.1984-0.0446-0.07640.62340.07170.1448-0.02820.0066-0.0180.00890.0019-0.03770.01180.03310.02620.07430.00390.00710.0943-0.00630.02232.273-1.602-29.924
40.7986-0.1091-0.35340.1883-0.01010.3318-0.08-0.1437-0.05570.00230.0548-0.00270.02150.03230.02510.10130.01970.01390.1170.01220.0053-20.8010.42-2.501
51.23260.35280.1361.39480.33190.3064-0.0826-0.2544-0.3092-0.06940.04560.120.11050.07720.03710.18670.04160.04950.11190.09470.1211-37.673-14.4786.121
60.9746-0.05260.2490.6361-0.17550.2004-0.0223-0.05260.0056-0.03080.05510.20330.08170.0585-0.03280.13770.01830.01240.12130.02650.0698-44.16-2.619-0.606
70.44820.00730.08380.4229-0.27220.2759-0.0227-0.04580.02590.04340.040.0413-0.0089-0.0295-0.01730.08940.01910.01050.0906-0.01440.0166-35.97823.073-14.57
80.79990.1679-0.20350.5730.04670.9149-0.01570.0935-0.0025-0.02490.05460.096-0.0259-0.1746-0.03880.0480.0248-0.02850.08950.01040.0621-46.66632.471-34.249
90.3244-0.0514-0.01460.2719-0.00310.1297-0.00260.04140.0031-0.03170.02470.0368-0.03620.0125-0.02210.08810.007-0.01410.0762-00.0404-32.23329.023-36.489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2A86 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3A150 - 334
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5B150 - 248
6X-RAY DIFFRACTION6B249 - 334
7X-RAY DIFFRACTION7C3 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8C150 - 253
9X-RAY DIFFRACTION9C254 - 334

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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