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- PDB-4jhs: Crystal structure of a C-terminal two domain fragment of human be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhs
タイトルCrystal structure of a C-terminal two domain fragment of human beta-2-glycoprotein 1
要素Beta-2-glycoprotein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / GLYCOPROTEIN / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


triglyceride transport / lipoprotein lipase activator activity / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / blood coagulation, intrinsic pathway / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / regulation of fibrinolysis / chylomicron / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle ...triglyceride transport / lipoprotein lipase activator activity / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / blood coagulation, intrinsic pathway / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / regulation of fibrinolysis / chylomicron / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / negative regulation of endothelial cell migration / triglyceride metabolic process / plasminogen activation / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of angiogenesis / phospholipid binding / Platelet degranulation / heparin binding / : / lipid binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-glycoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Toro, R. / Gizzi, A. / Chan, M.K. / Garrett-Thomson, S.C. / Patel, H. / Lim, S. / Matikainen, B. / Celikgil, A. / Garforth, S. ...Bonanno, J.B. / Toro, R. / Gizzi, A. / Chan, M.K. / Garrett-Thomson, S.C. / Patel, H. / Lim, S. / Matikainen, B. / Celikgil, A. / Garforth, S. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Rand, J.H. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a C-terminal two domain fragment of human beta-2-glycoprotein 1
著者: Bonanno, J.B. / Toro, R. / Gizzi, A. / Chan, M.K. / Garrett-Thomson, S.C. / Patel, H. / Lim, S. / Matikainen, B. / Celikgil, A. / Garforth, S. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Rand, J.H. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-glycoprotein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0114
ポリマ－20,7221
非ポリマー2883
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.790, 157.790, 157.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-glycoprotein 1 / APC inhibitor / Activated protein C-binding protein / Anticardiolipin cofactor / Apolipoprotein H / ...APC inhibitor / Activated protein C-binding protein / Anticardiolipin cofactor / Apolipoprotein H / Apo-H / Beta-2-glycoprotein I / B2GPI / Beta(2)GPI


分子量: 20722.479 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal two domain fragment (UNP residues 203-345)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOH, B2G1 / プラスミド: pIEx / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4 / 参照: UniProt: P02749
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate, vapor diffusion, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 7030 / Num. obs: 7030 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.5 % / Biso Wilson estimate: 70.3 Å2 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3-3.1621.40.8191213409990.819100
3.16-3.3521.80.5141.5207689510.514100
3.35-3.5922.10.3442.3197318920.344100
3.59-3.8722.20.2333.3183428250.233100
3.87-4.2422.10.155171627770.15100
4.24-4.7421.60.1196.2151847020.119100
4.74-5.4821.10.126.1134566390.12100
5.48-6.7119.50.1146.1105285410.114100
6.71-9.4921.30.073992144330.073100
9.49-49.89818.80.0599.750882710.05999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C1Z

1c1z


解像度: 3→20 Å / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.1818 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8611 / SU R Cruickshank DPI: 0.444 / SU Rfree: 0.3104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 331 -Random
Rwork0.2066 ---
all0.2086 6987 --
obs-6984 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.96 Å2 / Biso mean: 53.8027 Å2 / Biso min: 25.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1097 0 15 0 1112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.724
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.261
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 24 -
Rwork0.285 --
obs-492 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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