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- PDB-4jhk: Crystal structure of Danio rerio SLIP1 in complex with SLBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhk
タイトルCrystal structure of Danio rerio SLIP1 in complex with SLBP
要素
  • MIF4G domain-containing protein B
  • Sb:cb157 protein
キーワードTRANSLATION / MRNA EXPORT / MRNA TRANSPORT / RNA BINDING / HISTONE MRNA PROCESSING / 3'-UTR / 3'-PROCESSING / SLBP / U7 snRNP / stem loop RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


histone mRNA stem-loop binding complex / photoreceptor cell differentiation / histone pre-mRNA stem-loop binding / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / translation activator activity / cap-dependent translational initiation / histone pre-mRNA 3'end processing complex / neural retina development / brain morphogenesis / regulation of translational initiation ...histone mRNA stem-loop binding complex / photoreceptor cell differentiation / histone pre-mRNA stem-loop binding / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / translation activator activity / cap-dependent translational initiation / histone pre-mRNA 3'end processing complex / neural retina development / brain morphogenesis / regulation of translational initiation / retinal ganglion cell axon guidance / mRNA transport / neuron differentiation / mRNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MIF4G domain-containing protein B / Sb:cb157 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.507 Å
データ登録者von Moeller, H. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural and biochemical studies of SLIP1-SLBP identify DBP5 and eIF3g as SLIP1-binding proteins.
著者: von Moeller, H. / Lerner, R. / Ricciardi, A. / Basquin, C. / Marzluff, W.F. / Conti, E.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Structure summary
改定 1.22013年9月18日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIF4G domain-containing protein B
C: Sb:cb157 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5834
ポリマ－28,3902
非ポリマー1922
水1,09961
1
A: MIF4G domain-containing protein B
C: Sb:cb157 protein
ヘテロ分子

A: MIF4G domain-containing protein B
C: Sb:cb157 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1658
ポリマ－56,7814
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area4770 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.650, 70.650, 242.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 MIF4G domain-containing protein B


分子量: 25794.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: MIF4G domain-containing protein B, mif4gdb, zgc:110826
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q5EAQ1
#2: タンパク質・ペプチド Sb:cb157 protein


分子量: 2595.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: sb:cb157, si:dkey-102m7.2, slbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7SXI8
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M K/Na-tartrate, 0.085 M Na-citrate pH 5.6, 1.7 M ammonium sulfate and 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.07 Å / Num. all: 13200 / Num. obs: 13244 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.507→43.069 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 540 4.78 %random
Rwork0.1924 ---
obs0.1948 11303 86.1 %-
all-13244 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.507→43.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 10 61 1979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1112674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.587761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5074-2.75970.3552560.25481323X-RAY DIFFRACTION44
2.7597-3.15890.30241370.23593058X-RAY DIFFRACTION100
3.1589-3.97950.22941700.18253085X-RAY DIFFRACTION100
3.9795-43.07570.20551770.15933297X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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