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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jhi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in complex with N6-benzyladenine | ||||||
要素 | MtN13 protein | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / PR-10 FOLD / nodulin / nodulation / legume-bacteria symbiosis / nitrogen fixation / CYTOKININ BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nodulation / cytokinin-activated signaling pathway / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: The landscape of cytokinin binding by a plant nodulin. 著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: Febs J. / 年: 2013 タイトル: Structural and functional aspects of PR-10 proteins. 著者: Fernandes, H. / Michalska, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin. 著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #3: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009 タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein. 著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #4: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin. 著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #5: ジャーナル: Mol.Plant Microbe Interact. / 年: 1998 タイトル: Symbiosis-specific expression of two Medicago truncatula nodulin genes, MtN1 and MtN13, encoding products homologous to plant defense proteins. 著者: Gamas, P. / de Billy, F. / Truchet, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jhi.cif.gz | 48.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jhi.ent.gz | 33.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jhi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/4jhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/4jhi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18659.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MtN13 / プラスミド: PET TOPO 151D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: P93330 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-EMU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.67 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.7 M SODIUM MALONATE, 200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, protein was incubated overnight with N6-benzylopurine prior to crystallization, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04172 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日 / 詳細: Sagitally focusing multilayer mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.04172 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→46.9 Å / Num. all: 10040 / Num. obs: 10018 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3rws 3rws 解像度: 2.6→46.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: R-free / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.13 Å2 / Biso mean: 39.4 Å2 / Biso min: 8.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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