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- PDB-4jgs: Crystal structure of the xmrv tm retroviral fusion core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgs
タイトルCrystal structure of the xmrv tm retroviral fusion core
要素MLV-related proviral Env polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / six helix bundle / viral-host membrane fusion / XMRV TM / viral surface
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
F-MuLV receptor-binding / ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative envelope glycoprotein / MLV-related proviral Env polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cook, J.D. / Aydin, H. / Lee, J.E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of Beta- and gammaretrovirus fusion proteins reveal a role for electrostatic stapling in viral entry.
著者: Aydin, H. / Cook, J.D. / Lee, J.E.
履歴
登録2013年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MLV-related proviral Env polyprotein
B: MLV-related proviral Env polyprotein
C: MLV-related proviral Env polyprotein
D: MLV-related proviral Env polyprotein
E: MLV-related proviral Env polyprotein
F: MLV-related proviral Env polyprotein
G: MLV-related proviral Env polyprotein
H: MLV-related proviral Env polyprotein
I: MLV-related proviral Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,79612
ポリマ－102,6909
非ポリマー1063
水5,423301
1
A: MLV-related proviral Env polyprotein
E: MLV-related proviral Env polyprotein
G: MLV-related proviral Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2654
ポリマ－34,2303
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12990 Å2
手法PISA
2
B: MLV-related proviral Env polyprotein
F: MLV-related proviral Env polyprotein
I: MLV-related proviral Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2654
ポリマ－34,2303
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
3
C: MLV-related proviral Env polyprotein
D: MLV-related proviral Env polyprotein
H: MLV-related proviral Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2654
ポリマ－34,2303
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area12910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.973, 148.420, 58.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
MLV-related proviral Env polyprotein / Transmembrane protein / TM


分子量: 11409.979 Da / 分子数: 9 / 断片: fusion core, UNP residues 469-564 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pJexpress414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10404, UniProt: D0UFA8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M NaCl and 4% (v/v) 2,2,2-trifluoroethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月10日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.58 Å / Num. all: 44752 / Num. obs: 44752 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 9 / Scaling rejects: 15554
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.285.730.5542.12696643981.1499.6
2.28-2.376.660.4652.83097144041.09100
2.37-2.486.690.3923.33125544231.04100
2.48-2.616.70.32243132544281100
2.61-2.776.760.2714.63160344500.95100
2.77-2.996.790.2065.73150544140.9100
2.99-3.296.820.13783196544670.8100
3.29-3.766.80.07913.43197344830.69100
3.76-4.746.790.05419.13217145560.62100
4.74-47.586.30.04124.83134447290.6499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.8.9Dデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MOF

1mof


解像度: 2.2→47.58 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.266 1764 random
Rwork0.214 --
all0.214 44752 -
obs0.214 44752 -
原子変位パラメータBiso max: 91.71 Å2 / Biso mean: 31.4206 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5748 0 3 301 6052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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