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- PDB-4jga: X-ray crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jga
タイトルX-ray crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 from Rickettsia rickettsii
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity => GO:0004315 / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 from Rickettsia rickettsii
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5236
ポリマ－93,3602
非ポリマー1634
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area26300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.170, 62.740, 95.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 428 / Label seq-ID: 15 - 436

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細AUTHORS STATE THE THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2


分子量: 46680.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
株: Sheila Smith / 遺伝子: A1G_06510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A8GTN0, UniProt: A0A0H3AY56*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: JCSG+ A10: 200 mM potassium formate, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 47095 / Num. obs: 46577 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.917 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.150.2985.86165313194192
2.15-2.210.2757.41214883317199.1
2.21-2.280.2657.89214753241199.1
2.28-2.350.258.38214293178199.3
2.35-2.420.2348.92209573075199.5
2.42-2.510.219.89205462984199.6
2.51-2.60.18511.21200072892199.3
2.6-2.710.16112.76192302763199.8
2.71-2.830.14613.951857326431100
2.83-2.970.12716.09180792553199.6
2.97-3.130.11217.96173082421199.7
3.13-3.320.08423.77165692322199.9
3.32-3.550.06730152932155199.8
3.55-3.830.05138.131418220351100
3.83-4.20.0446.51129391850199.8
4.2-4.70.03652.56115811682199.6
4.7-5.420.04442.82105071497199.9
5.42-6.640.05534.9488711266199.7
6.64-9.390.03453.2668261002199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KZU

3kzu


解像度: 2.1→19.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 6.982 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 2355 5.1 %RANDOM
Rwork0.1479 ---
obs0.1494 46576 99.01 %-
all-47095 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.2 Å2 / Biso mean: 15.695 Å2 / Biso min: 2.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.14 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6205 0 7 601 6813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9668614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98314002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9025852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02624.723235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.598151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2951525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3670.6063384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3670.6063383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6460.9064229
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25770 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 158 -
Rwork0.188 3031 -
all-3189 -
obs--92.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15170.30130.29372.2461-0.18520.43590.0848-0.2569-0.1420.2952-0.0435-0.0770.01010.0871-0.04130.06440.0138-0.01670.15280.0160.0376-4.2593-13.5301-7.9045
22.1391.4984-1.12311.3048-0.98632.98980.2141-0.37810.08820.359-0.09760.0601-0.18050.2071-0.11660.20320.09550.00220.2027-0.02870.0388-12.29790.6166-2.6303
30.77480.3808-0.2861.121-0.17460.58370.0012-0.1152-0.08240.06240.0185-0.01650.04760.068-0.01970.03190.0054-0.01470.0490.01150.0198-18.0691-8.3818-12.4346
40.8645-0.05440.16370.6730.12461.05530.0114-0.0154-0.1252-0.04830.0066-0.17150.07830.2236-0.0180.03150.0210.00440.08080.00440.07380.036-13.5599-23.4182
55.63170.1551.28040.72390.28931.4789-0.04580.1275-0.0899-0.07230.1043-0.209-0.07440.2739-0.05860.06430.00040.00430.101-0.02660.06651.8281-8.2638-24.4681
61.65790.4995-1.29790.9807-0.68822.4914-0.02480.0012-0.1006-0.01420.01290.16770.1273-0.24070.01190.0292-0.0023-0.00520.05730.00180.0583-41.741-5.1298-26.2784
74.8144-0.66992.68942.8350.45997.10180.12570.1137-0.644-0.1505-0.18390.37750.5175-0.26340.05830.1056-0.044-0.0180.0625-0.01360.1809-35.9823-20.5454-30.2463
80.802-0.0573-0.29540.6448-0.0071.01210.005-0.0502-0.070.00230.00510.06290.0293-0.0242-0.01010.0146-0.0044-0.01350.00570.00840.0235-29.0852-7.9153-25.9575
91.21580.28950.05450.80590.08131.06660.0158-0.0440.19430.03140.00770.1441-0.1921-0.1617-0.02350.06240.02980.01630.02690.0040.0658-35.634411.7785-24.058
101.6539-0.33320.51231.5172-0.58274.0792-0.0304-0.01650.0261-0.0070.11760.1898-0.2945-0.4077-0.08720.06170.01130.02680.05120.0060.0753-32.610611.1046-30.4853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3A112 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4A233 - 399
5X-RAY DIFFRACTION5A400 - 427
6X-RAY DIFFRACTION6B7 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7B60 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8B87 - 266
9X-RAY DIFFRACTION9B267 - 399
10X-RAY DIFFRACTION10B400 - 428

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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