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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jfw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminosugar inhibitor (2S,3S,4R,5S)-2-[N-(propylferrocene)]aminoethyl-5-methylpyrrolidine-3,4-diol | ||||||
![]() | alpha-L-fucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-L-fucosidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, D.W. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: alpha-L-fucosidase inhibition by pyrrolidine-ferrocene hybrids: rationalization of ligand-binding properties by structural studies. 著者: Hottin, A. / Wright, D.W. / Steenackers, A. / Delannoy, P. / Dubar, F. / Biot, C. / Davies, G.J. / Behr, J.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 357.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 288 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 84.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52080.930 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 35-484 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-H58 / ( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-IMD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 % |
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結晶化 | 温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.12M ammonium sulfate, 14% PEG 6K, 0.1M pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.72→97.272 Å / Num. all: 118860 / Num. obs: 118860 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WVV 解像度: 2.1→97.272 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2387 / WRfactor Rwork: 0.2006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7346 / SU B: 8.097 / SU ML: 0.193 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / SU Rfree: 0.1853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY LIGAND AGLYCON HAS HIGH THERMAL FACTORS, PRESENCE OF IRON CONFIRMED BY ANOMALOUS DIFFERENCE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 187.26 Å2 / Biso mean: 54.2889 Å2 / Biso min: 28.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→97.272 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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