PDB-4jen: Structure of Clostridium botulinum CMP N-glycosidase, BcmB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jen

タイトル

Structure of Clostridium botulinum CMP N-glycosidase, BcmB

要素

CMP N-GLYCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / CMP N-glycosidase / bacimethrin biosynthesis

機能・相同性

Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Clostridium botulinum A (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Reversal of the substrate specificity of CMP N-glycosidase to dCMP.
著者: Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2013年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jen.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jen.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jen_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jen_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	4jen_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	4jen_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jelSC 4jemC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n2x-2 3n0r-d 3o50-1 5ad1-d 6fsm-d 3wzj-d 1jqd-2 4r1b-d 4l7a-1 4byj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP N-GLYCOSIDASE

B: CMP N-GLYCOSIDASE

C: CMP N-GLYCOSIDASE

ヘテロ分子

61.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CMP N-GLYCOSIDASE

B: CMP N-GLYCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CMP N-GLYCOSIDASE

ヘテロ分子

C: CMP N-GLYCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.948, 104.006, 40.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )
2	1	chain B and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )
3	1	chain C and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	ASP	ASP	chain 'A' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	A	A	25 - 45	48 - 68
1	2	SER	SER	ALA	ALA	chain 'A' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	A	A	59 - 108	82 - 131
1	3	TYR	TYR	LEU	LEU	chain 'A' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	A	A	114 - 144	137 - 167
2	1	GLN	GLN	ASP	ASP	chain 'B' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	B	B	25 - 45	48 - 68
2	2	SER	SER	ALA	ALA	chain 'B' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	B	B	59 - 108	82 - 131
2	3	TYR	TYR	LEU	LEU	chain 'B' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	B	B	114 - 144	137 - 167
3	1	GLN	GLN	ASP	ASP	chain 'C' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	C	C	25 - 45	48 - 68
3	2	SER	SER	ALA	ALA	chain 'C' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	C	C	59 - 108	82 - 131
3	3	TYR	TYR	LEU	LEU	chain 'C' and (resseq 25:45 or resseq 59:108 or resseq 114:144 )	C	C	114 - 144	137 - 167

#1: タンパク質	CMP N-GLYCOSIDASE 分子量: 20418.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum A (ボツリヌス菌) 株: ATCC 19397 / 遺伝子: CLB_0809 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7FS24
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 18% PEG MME 2000, 0.1 M phosphate-citrate, 0.01 M spermine, 0.2 M ammonium sulfate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日

放射

モノクロメーター: cryocooled Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. all: 14604 / Num. obs: 14604 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 1.606 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3-3.05	3.5	0.333	738	1.138	1	99.7
3.05-3.11	3.8	0.336	740	1.151	1	100
3.11-3.17	3.8	0.272	700	1.105	1	100
3.17-3.23	3.8	0.26	713	1.258	1	100
3.23-3.3	3.8	0.208	751	1.173	1	99.9
3.3-3.38	3.8	0.199	734	1.282	1	100
3.38-3.46	3.7	0.175	710	1.389	1	99.9
3.46-3.56	3.7	0.144	724	1.424	1	100
3.56-3.66	3.8	0.13	743	1.483	1	99.9
3.66-3.78	3.7	0.121	697	1.666	1	99.9
3.78-3.91	3.7	0.12	739	1.757	1	100
3.91-4.07	3.7	0.095	746	1.802	1	100
4.07-4.26	3.7	0.088	715	2.237	1	99.9
4.26-4.48	3.7	0.076	749	2.356	1	99.7
4.48-4.76	3.7	0.075	704	2.351	1	100
4.76-5.13	3.7	0.072	750	2.395	1	99.9
5.13-5.64	3.7	0.076	722	1.999	1	100
5.64-6.46	3.6	0.071	738	1.399	1	99.7
6.46-8.13	3.7	0.057	744	1.304	1	99.7
8.13-50	3.6	0.069	747	1.498	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JEL

4jel

解像度: 3→34.542 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.803 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2504	737	5.05 %	random
R_work	0.2343	-	-	-
obs	0.2352	14580	99.17 %	-
all	-	14580	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.94 Å² / B_iso mean: 65.1795 Å² / B_iso min: 32.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→34.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2693	0	15	10	2718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.542	3738
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.928	944

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	782	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	2	B	782	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	3	C	748	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9939-3.2249	0.296	148	0.2613	2678	2826	97
3.2249-3.5492	0.2881	153	0.2388	2780	2933	100
3.5492-4.0621	0.2612	158	0.2283	2764	2922	100
4.0621-5.1151	0.2198	148	0.208	2792	2940	100
5.1151-34.5445	0.2348	130	0.2514	2829	2959	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)