[日本語] English
万見
- PDB-4je5: Crystal structure of the aromatic aminotransferase Aro8, a putati... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4je5
タイトルCrystal structure of the aromatic aminotransferase Aro8, a putative alpha-aminoadipate aminotransferase in Saccharomyces cerevisiae
要素(Aromatic/aminoadipate aminotransferase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / aromatic aminotransferase / alpha-aminoadipate aminotransferase / multifunctional enzyme / PLP-dependent / pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Lysine catabolism / aromatic-amino-acid transaminase activity / Tryptophan catabolism / aromatic-amino-acid transaminase / L-phenylalanine-2-oxoglutarate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / aromatic amino acid metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / tyrosine biosynthetic process ...Lysine catabolism / aromatic-amino-acid transaminase activity / Tryptophan catabolism / aromatic-amino-acid transaminase / L-phenylalanine-2-oxoglutarate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / aromatic amino acid metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / tyrosine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / L-phenylalanine biosynthetic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 分子置換 / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Bulfer, S.L. / Brunzelle, J.S. / Trievel, R.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Aro8, a putative alpha-aminoadipate aminotransferase.
著者: Bulfer, S.L. / Brunzelle, J.S. / Trievel, R.C.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
B: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
C: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
D: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,43112
ポリマ－226,4964
非ポリマー1,9358
水18,2491013
1
A: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
B: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3447
ポリマ－113,1342
非ポリマー1,2105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area36550 Å2
手法PISA
2
C: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
D: Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0875
ポリマ－113,3622
非ポリマー7253
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area36190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)227.442, 159.831, 70.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Aromatic/aminoadipate aminotransferase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1 / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase ...2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase / AadAT / Aromatic amino acid aminotransferase 1 / Aromatic amino acid aminotransferase I / Aromatic amino acid-requiring protein 8


分子量: 56566.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARO8, YGL202W / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: P53090, 2-aminoadipate transaminase, aromatic-amino-acid transaminase
#2: タンパク質 Aromatic/aminoadipate aminotransferase 1 / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase ...2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase / AadAT / Aromatic amino acid aminotransferase 1 / Aromatic amino acid aminotransferase I / Aromatic amino acid-requiring protein 8


分子量: 56795.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARO8, YGL202W / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: P53090, 2-aminoadipate transaminase, aromatic-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 4種, 1021分子

#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1013 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HEPES, Sodium Citrate, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.909→40 Å / Num. all: 181016 / Num. obs: 181016 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.909-1.982.70.461146151.176178.4
1.98-2.063.80.359171821.15192.5
2.06-2.154.20.269184051.129198.4
2.15-2.264.40.207186601.052199.9
2.26-2.414.60.143186430.8931100
2.41-2.594.70.106186951.0371100
2.59-2.854.70.082187361.0861100
2.85-3.274.70.053186891.0721100
3.27-4.114.50.044186711.081199.5
4.11-404.50.032187200.951198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.909→34.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 7.495 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 9078 5 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
all0.18382 180889 --
obs0.1838 180889 96.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.24 Å2 / Biso mean: 28.6448 Å2 / Biso min: 5.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15337 0 122 1013 16472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02216356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.97422459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80352118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14624.551712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.725152498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6241566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7221.510195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.296216537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03336161
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1644.55862
LS精密化 シェル解像度: 1.909→1.959 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 528 -
Rwork0.408 9642 -
all-10170 -
obs--73.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42460.04230.10310.3763-0.06180.5428-0.0475-0.00410.017-0.0458-0.00250.0045-0.0530.04170.050.0478-0.032-0.00290.0334-0.00970.02573.4452-22.14467.7916
20.81940.2734-0.10890.519-0.16750.91870.0202-0.2036-0.09780.0502-0.0858-0.0645-0.02960.11650.06560.025-0.02280.00470.07490.02390.023377.189-33.325340.0318
30.75290.0229-0.23750.4338-0.02540.486-0.0152-0.1008-0.06970.0655-0.03030.03860.00980.03580.04550.02980.01850.00710.0370.00580.012967.027421.393936.2727
41.0499-0.44170.00560.55410.04550.42350.01870.0590.1683-0.0152-0.0202-0.1005-0.0320.03920.00140.03890.00910.00280.01490.01390.03488.000132.082511.0888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 499
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 498
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 499
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 497

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る