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- PDB-4je3: An Iml3-Chl4 heterodimer links the core centromere to factors req... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4je3
タイトルAn Iml3-Chl4 heterodimer links the core centromere to factors required for accurate chromosome segregation
要素
  • Central kinetochore subunit CHL4
  • Central kinetochore subunit IML3
キーワードCELL CYCLE / kinetochore / beta sheet / chromosome segregation / Iml3-Chl4 dimer / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly ...maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / structural molecule activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #720 / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit CHL4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.282 Å
データ登録者Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: An iml3-chl4 heterodimer links the core centromere to factors required for accurate chromosome segregation.
著者: Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Central kinetochore subunit IML3
B: Central kinetochore subunit CHL4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0902
ポリマ－39,0902
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.483, 143.916, 146.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Central kinetochore subunit IML3 / Increased minichromosome loss protein 3 / Minichromosome maintenance protein 19


分子量: 28048.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38265
#2: タンパク質 Central kinetochore subunit CHL4 / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / Minichromosome ...Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / Minichromosome maintenance protein 17


分子量: 11041.485 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 361-458 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38907
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.35 M lithium citrate, pH 9, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日
放射モノクロメーター: Si(220) side bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.282→50 Å / Num. obs: 19061 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.282-2.376.20.45317130.673191.4
2.37-2.477.20.39118860.715198.8
2.47-2.587.20.31318990.792199.3
2.58-2.727.30.23118730.9641100
2.72-2.897.30.1619021.079199.6
2.89-3.117.30.11719041.068199.7
3.11-3.427.30.08519091.076199.8
3.42-3.927.20.06519440.949199.8
3.92-4.936.90.05719631.0141100
4.93-506.60.04520681.0021100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.282→36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2106 1866 10 PERCENT IN EACH SHELL
Rwork0.1827 --
obs0.1855 18652 -
原子変位パラメータBiso max: 143.24 Å2 / Biso mean: 47.7329 Å2 / Biso min: 18.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.282→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2565 0 0 136 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.13
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.282-2.34380.27491300.2405X-RAY DIFFRACTION91
2.3438-2.41280.26831380.2131X-RAY DIFFRACTION93
2.4128-2.49060.25991390.2156X-RAY DIFFRACTION96
2.4906-2.57960.24051390.2101X-RAY DIFFRACTION96
2.5796-2.68290.261390.2039X-RAY DIFFRACTION97
2.6829-2.80490.24661430.2102X-RAY DIFFRACTION98
2.8049-2.95270.2261490.1968X-RAY DIFFRACTION99
2.9527-3.13760.23471440.2102X-RAY DIFFRACTION99
3.1376-3.37970.20751410.1964X-RAY DIFFRACTION99
3.3797-3.71950.20191430.1654X-RAY DIFFRACTION100
3.7195-4.2570.17681470.1576X-RAY DIFFRACTION100
4.257-5.36050.16991530.1467X-RAY DIFFRACTION100
5.3605-35.98350.21481610.1967X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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