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- PDB-4jdo: Secreted chlamydial protein pgp3, coiled-coil deletion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jdo
タイトルSecreted chlamydial protein pgp3, coiled-coil deletion
要素Virulence plasmid protein pGP3-D
キーワードCELL INVASION / virulence factor / secreted protein / chlamydia / inflammatory response / tnf
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #20 / Chlamydia virulence plasmid protein pGP3 / pGP3 C-terminal domain / Pgp3 C-terminal domain / Jelly Rolls - #1340 / Other non-globular / Special / Jelly Rolls ...: / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #20 / Chlamydia virulence plasmid protein pGP3 / pGP3 C-terminal domain / Pgp3 C-terminal domain / Jelly Rolls - #1340 / Other non-globular / Special / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Virulence plasmid protein pGP3-D
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Chen, D. / Holloway, S.P. / Zhong, G. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Chlamydia trachomatis immunodominant antigen Pgp3.
著者: Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Chen, D. / Schuermann, J.P. / Holloway, S.P. / Hou, S. / Gong, S. / Zhong, G. / Hart, P.J.
履歴
登録2013年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32017年5月31日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence plasmid protein pGP3-D
B: Virulence plasmid protein pGP3-D
C: Virulence plasmid protein pGP3-D
D: Virulence plasmid protein pGP3-D
E: Virulence plasmid protein pGP3-D
F: Virulence plasmid protein pGP3-D
G: Virulence plasmid protein pGP3-D
H: Virulence plasmid protein pGP3-D
I: Virulence plasmid protein pGP3-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,82812
ポリマ－208,7599
非ポリマー693
水12,863714
1
A: Virulence plasmid protein pGP3-D
B: Virulence plasmid protein pGP3-D
C: Virulence plasmid protein pGP3-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6094
ポリマ－69,5863
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15080 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
2
D: Virulence plasmid protein pGP3-D
E: Virulence plasmid protein pGP3-D
F: Virulence plasmid protein pGP3-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6094
ポリマ－69,5863
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14890 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
3
G: Virulence plasmid protein pGP3-D
H: Virulence plasmid protein pGP3-D
I: Virulence plasmid protein pGP3-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6094
ポリマ－69,5863
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.240, 146.240, 160.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Virulence plasmid protein pGP3-D


分子量: 23195.436 Da / 分子数: 9 / 断片: N-terminal and C-terminal domain fusion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: ERS082928_02094 / プラスミド: pAG8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9CJA7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M tri-sodium citrate , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97928
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 86176 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.573 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JDN

4jdn


解像度: 2.3→29.46 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 4312 5.01 %
Rwork0.184 --
obs0.187 81677 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14307 0 3 714 15024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26819757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5185199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3021-2.32820.35012860.25675247X-RAY DIFFRACTION98
2.3282-2.35560.31872900.24385425X-RAY DIFFRACTION100
2.3556-2.38430.31273250.24495361X-RAY DIFFRACTION100
2.3843-2.41450.31372710.2425395X-RAY DIFFRACTION100
2.4145-2.44630.32742860.23865441X-RAY DIFFRACTION100
2.4463-2.47970.27123020.2265432X-RAY DIFFRACTION100
2.4797-2.51520.26982450.21445345X-RAY DIFFRACTION100
2.5152-2.55270.31092840.21335408X-RAY DIFFRACTION100
2.5527-2.59250.31082260.21685446X-RAY DIFFRACTION100
2.5925-2.6350.25262760.21475438X-RAY DIFFRACTION100
2.635-2.68040.30762740.21595388X-RAY DIFFRACTION100
2.6804-2.72910.27172860.20775383X-RAY DIFFRACTION100
2.7291-2.78160.27713180.19425427X-RAY DIFFRACTION100
2.7816-2.83830.26852820.20865310X-RAY DIFFRACTION100
2.8383-2.90.3162660.22185464X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.96740.26463230.19935340X-RAY DIFFRACTION100
2.9674-3.04150.26073010.18755399X-RAY DIFFRACTION100
3.0415-3.12370.2473080.18495390X-RAY DIFFRACTION100
3.1237-3.21550.26292760.18885350X-RAY DIFFRACTION100
3.2155-3.31910.23472930.18625442X-RAY DIFFRACTION100
3.3191-3.43760.25252560.18735396X-RAY DIFFRACTION100
3.4376-3.5750.22092830.18015466X-RAY DIFFRACTION100
3.575-3.73740.21213000.16235359X-RAY DIFFRACTION100
3.7374-3.9340.19823060.16585398X-RAY DIFFRACTION100
3.934-4.17980.20232570.1575434X-RAY DIFFRACTION100
4.1798-4.50150.16052380.13185389X-RAY DIFFRACTION100
4.5015-4.95260.18442920.13755386X-RAY DIFFRACTION100
4.9526-5.66480.21272920.15725424X-RAY DIFFRACTION100
5.6648-7.12040.24282990.17525372X-RAY DIFFRACTION100
7.1204-29.46710.20372860.16755161X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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