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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jdn | ||||||
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Title | Secreted Chlamydial Protein PGP3, C-terminal Domain | ||||||
![]() | Virulence plasmid protein pGP3-D | ||||||
![]() | CELL INVASION / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Jelly Rolls - #1340 / Jelly Rolls / ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Chen, D. / Holloway, S.P. / Zhong, G. / Hart, P.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the Chlamydia trachomatis immunodominant antigen Pgp3. Authors: Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Chen, D. / Schuermann, J.P. / Holloway, S.P. / Hou, S. / Gong, S. / Zhong, G. / Hart, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 94 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 76.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15965.795 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: C-terminal domain (unp residues 113-264) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-K / | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.82 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 1.2 M Na/K phosphate , pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 60439 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 15.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2999 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 98.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→37.598 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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