PDB-4jcw: Crystal structure of Clavibacter michiganensis expansin in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jcw

タイトル

Crystal structure of Clavibacter michiganensis expansin in complex with cellopentaose

要素

cellulose binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate binding module / cell wall loosening / Cell wall / Cellulose binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / polysaccharide binding / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of wild type and D78N mutant Clavibacter michiganensis expansin, in apo form and in complex with oligosaccharides
著者: Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.J.

履歴

登録	2013年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Structure summary
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jcw.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jcw.ent.gz	145.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4jcw_validation.pdf.gz	722.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jcw_full_validation.pdf.gz	725.1 KB	表示
XML形式データ	4jcw_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	4jcw_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3d30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lz4-2 3gs9-d 5kzb-2 5era-d 5er7-d 5kz9-2 6psk-1 3u32-d 3gkl-d 5urv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cellulose binding protein

B: cellulose binding protein

ヘテロ分子

44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.936, 43.212, 64.300
Angle α, β, γ (deg.)	88.75, 81.29, 82.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

cellulose binding protein

分子量: 21792.594 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 546-746 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (バクテリア)
株: NCPPB 382 / 遺伝子: celA, pCM1_0020 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5CLK3, cellulase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ... / beta-cellopentaose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.05M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium citrate, 15% PEG8000 , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日

放射

モノクロメーター: Varimax confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→75 Å / Num. all: 34991 / Num. obs: 33239 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.074

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.78	0.141	1	79.5
1.78-1.81	0.125	1	79.8
1.81-1.85	0.113	1	82
1.85-1.89	0.115	1	85.7
1.89-1.93	0.099	1	86.8
1.93-1.97	0.089	1	89.5
1.97-2.02	0.082	1	91.3
2.02-2.07	0.093	1	93.5
2.07-2.14	0.093	1	96.1
2.14-2.2	0.099	1	97.3
2.2-2.28	0.122	1	95.6
2.28-2.38	0.12	1	96.7
2.38-2.48	0.09	1	98
2.48-2.61	0.114	1	96.8
2.61-2.78	0.082	1	98.8
2.78-2.99	0.083	1	99.2
2.99-3.29	0.077	1	95.2
3.29-3.77	0.059	1	86.3
3.77-4.75	0.049	1	84.5
4.75-175	0.055	1	92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3D30

3d30

解像度: 1.75→22.928 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2251	1890	5.69 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1757	33223	86.3 %	-
all	-	34991	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→22.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3064	0	56	416	3536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	4521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.891	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	576

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7464-1.7936	0.3227	115	0.2219	1814	X-RAY DIFFRACTION	64
1.7936-1.8463	0.2641	108	0.1893	1963	X-RAY DIFFRACTION	71
1.8463-1.9059	0.2427	119	0.1841	2033	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9059-1.974	0.2144	146	0.1807	2327	X-RAY DIFFRACTION	83
1.974-2.053	0.2496	150	0.1857	2496	X-RAY DIFFRACTION	90
2.053-2.1463	0.2512	160	0.1838	2624	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1463-2.2594	0.2557	158	0.1837	2642	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2594-2.4008	0.2538	159	0.1947	2612	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4008-2.5859	0.2447	158	0.1892	2581	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5859-2.8457	0.2281	160	0.1767	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8457-3.2565	0.2289	162	0.1732	2666	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2565-4.0991	0.2083	146	0.1477	2410	X-RAY DIFFRACTION	87
4.0991-22.9297	0.1701	149	0.1499	2488	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0635	-7.9412	7.8697	2.0507	2.0152	2.0247	-0.6737	0.9433	1.249	0.3734	-0.0619	-1.4019	-1.301	1.3089	0.9896	0.3362	-0.1109	-0.0259	0.357	0.0728	0.4212	-1.2406	30.1993	-7.3757
2	9.2449	-1.8778	-2.7188	4.7569	-3.9641	5.4578	-0.0425	0.6667	-0.3985	-0.4809	-0.0008	0.9997	-0.0796	-0.578	0.0085	0.1606	0.0502	-0.032	0.2259	-0.006	0.1985	-16.4579	24.3234	-19.0173
3	9.4764	-1.2744	-6.8311	6.9413	0.9539	6.3741	-0.1205	-0.3139	-0.4617	0.2974	-0.1577	0.3861	0.3668	-0.0056	0.2765	0.1681	-0.0066	0.0035	0.1638	-0.0265	0.1303	-13.1379	12.5414	-21.5728
4	2.131	7.553	-9.2168	8.6108	-6.9744	2.1865	-0.0114	0.4634	-0.0495	0.1367	0.1739	0.1254	-0.214	-0.218	-0.2922	0.2014	-0.0615	-0.0056	0.2874	-0.0056	0.128	-9.21	21.6262	-16.5978
5	8.8274	-3.4672	-6.5518	3.0601	2.8945	7.5448	-0.179	-0.1156	0.0613	0.1764	0.0931	0.0567	0.0539	-0.0346	0.1091	0.1797	0.016	-0.0406	0.1133	0.0057	0.096	-6.5024	20.3761	-10.719
6	7.8451	3.9917	-2.5285	4.4716	-0.0447	2.8766	0.1092	0.1945	0.4091	-0.1664	0.0675	0.0651	-0.2244	-0.0904	-0.1826	0.1956	0.0287	-0.012	0.1353	0.0148	0.1267	-8.6414	26.1117	-17.6211
7	5.2881	-0.4452	0.6583	2.048	-7.9977	7.649	-0.1313	-0.1744	0.6902	0.6222	0.6763	0.4598	-0.6912	-0.9332	-0.4316	0.3075	0.0988	0.0303	0.2589	0.0059	0.2741	-18.7208	31.3203	-10.4138
8	0.0251	0.2294	0.1817	4.6187	2.8309	3.7145	0.0079	-0.0432	0.0055	0.3318	-0.0168	0.0288	0.1328	0.0035	0.0193	0.0708	-0.0173	0.0097	0.1556	-0.0002	0.1103	-4.9513	13.4513	-11.529
9	3.9897	0.8433	0.603	5.5574	5.1334	2.0744	0.165	0.5577	0.0209	-0.404	-0.2558	-0.0886	0.2058	-0.4843	0.1442	0.2516	0.0803	-0.0158	0.2202	0.0262	0.1413	-2.3864	2.4447	-28.8061
10	2.3491	-7.8449	-7.6876	2.3622	8.4884	9.3187	-0.3149	-0.2704	-0.3564	0.2525	0.0919	-0.0333	0.3138	0.4314	-0.2469	0.2707	0.0081	0.0585	0.2613	-0.0625	0.3464	6.5109	4.8505	-18.7588
11	7.6931	1.9861	6.9985	2.0124	-9.5378	8.3421	0.7267	0.7794	-0.67	-1.036	-0.7656	-1.3201	0.9546	0.492	-0.0783	0.3205	0.0712	0.0646	0.219	-0.0409	0.4277	12.1883	-2.8322	-24.5474
12	6.0003	-2.7708	-1.1164	8.3736	1.4385	5.5464	0.1199	0.2637	-0.414	-0.2217	-0.267	-0.0788	0.5943	0.0409	0.152	0.2012	0.0133	0.0055	0.1875	0.0074	0.1091	2.3971	4.4446	-29.0735
13	8.6367	7.3615	6.134	2.1952	8.8665	7.3022	0.2036	-0.1715	-0.4507	0.2265	0.0966	-0.3106	0.2459	0.0015	-0.3624	0.325	0.0644	-0.0575	0.1446	0.0156	0.1613	5.2244	1.6262	-14.9485
14	6.0895	-5.137	-1.1426	4.8906	3.0027	7.7227	-0.2269	-0.1213	-0.7124	0.1557	0.0602	0.2011	0.5506	-0.1607	0.2901	0.267	-0.0491	0.0381	0.1195	0.0102	0.2256	-7.1623	-3.7151	-25.2749
15	6.3684	4.3513	2.467	7.7812	8.6611	2.0429	-0.3182	0.0435	0.108	-0.1669	0.175	0.3169	0.0498	0.0877	0.2421	0.2835	0.0046	-0.0142	0.1628	0.0591	0.1364	-3.3638	1.0035	-7.3289
16	8.9572	4.3244	-6.4207	2.4604	-7.2716	9.5239	0.4477	0.2456	0.1488	0.2634	0.0253	0.4667	-0.3334	0.2042	-0.0319	0.3042	0.0227	-0.0176	0.1206	-0.0604	0.1451	3.1984	3.4253	-53.6151
17	9.3929	0.8696	-0.0471	5.734	-1.8122	7.3633	-0.3078	-0.0514	-0.6218	-0.267	0.128	0.1087	0.5987	-0.5658	0.1274	0.1714	-0.0204	0.0347	0.1521	-0.0263	0.1494	-10.3298	5.4794	-39.6731
18	9.6278	-5.8907	-7.6996	9.305	6.8443	9.1344	-0.2873	0.5066	-0.7361	0.1202	-0.1715	0.7808	0.6653	-0.7025	0.4018	0.2118	-0.0578	-0.0245	0.2022	0.0047	0.2225	-11.2792	0.9288	-47.5465
19	2.4294	-0.0236	0.6645	4.8033	2.7895	5.352	0.0685	0.1014	-0.1669	-0.1507	-0.0832	0.0158	0.1263	0.0786	0.0122	0.1237	0.0263	0.0115	0.1194	0.0135	0.0904	-2.0674	8.1412	-53.3903
20	6.2718	5.6248	7.8632	9.3538	7.8091	2.0764	0.1514	-0.2551	-0.012	-0.3496	-0.1952	-0.1185	-0.2442	-0.3739	0.1814	0.1533	0.0032	0.0371	0.165	0.0067	0.0857	-5.4169	7.2479	-49.7152
21	8.2271	6.943	2.2147	6.6928	0.8256	2.5083	0.3195	-0.1084	0.0005	0.2422	-0.219	0.0258	0.2361	0.0776	-0.0835	0.2001	0.0547	0.0214	0.1368	-0.0249	0.1463	3.1187	3.3254	-49.1382
22	2.0194	-2.3703	2.6537	2.3357	0.6778	4.4401	0.3635	0.1262	-1.2003	-0.2802	-0.1967	0.1656	0.7996	0.2768	-0.1144	0.4134	0.0754	-0.0541	0.1674	-0.0291	0.3573	2.0882	-7.8098	-54.0024
23	5.7475	-3.4618	-1.8081	2.7108	0.705	2.153	0.1819	0.2949	-0.0041	-0.2269	-0.1416	0.0096	0.0731	-0.008	0.0174	0.1804	0.0042	-0.0252	0.1278	-0.0265	0.0828	-7.7448	10.0534	-57.5653
24	1.826	0.385	-0.382	1.6381	0.0443	7.5626	-0.0225	-0.2369	0.0891	0.2165	0.0839	0.0366	-0.4174	-0.4332	-0.0793	0.1533	0.0614	-0.0127	0.1391	-0.0068	0.1241	-14.6402	18.7022	-38.8748
25	2.0867	2.0329	-8.9126	2.0578	8.7043	2.0789	0.4934	0.0794	0.9727	-0.6087	-0.0715	-0.3888	-0.8568	-0.2488	-0.2829	0.4461	0.1758	-0.0204	0.3375	0.0494	0.2102	-14.6593	28.8624	-44.7295
26	2.0522	-9.386	3.9946	2.0267	-2.8773	5.661	-0.9351	-0.3702	0.9785	0.8987	0.5996	-0.5559	-0.8097	-0.436	0.1405	0.3253	0.0485	-0.0081	0.1803	0.037	0.4599	-16.5051	34.3265	-41.741
27	8.2379	-2.0579	-6.9605	7.2808	5.472	9.1789	0.2096	0.0727	0.4537	0.2006	-0.1352	-0.1365	-0.641	-0.4628	-0.1213	0.2265	0.0438	-0.0346	0.1609	0.0039	0.1013	-10.2022	23.2574	-37.1196
28	2.0537	-0.0326	-4.1037	6.9724	4.0197	2.0269	-0.1931	-1.1372	0.9239	0.9838	0.1279	0.2628	-0.0099	-0.1525	0.0718	0.3255	0.1281	0.0091	0.5209	-0.0481	0.2959	-22.9534	27.8007	-39.4267
29	7.8884	-1.3341	-5.6502	3.6825	-0.0758	8.0771	0.1267	0.2203	0.4093	-0.0757	0.0805	0.0639	-0.354	-0.5645	-0.1699	0.1386	0.0008	-0.0381	0.1334	-0.0011	0.1151	-17.7158	23.9141	-50.0703
30	3.3147	-0.0565	-0.8682	1.301	-1.3009	2.0852	0.022	-0.0736	-0.0959	-0.0442	0.0886	0.0822	0.1141	-0.3305	-0.1036	0.1634	-0.004	-0.0118	0.1483	0.0086	0.1709	-21.9448	16.1092	-49.1073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:6)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:14)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 15:31)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 32:40)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 41:64)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 65:83)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 84:94)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 95:115)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 116:130)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 131:141)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 142:148)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 149:166)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 167:182)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 183:192)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 193:202)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 1:12)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 13:25)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 26:34)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 35:61)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 62:68)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 69:83)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 84:94)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 95:111)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 112:133)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 134:142)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 143:148)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 149:163)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 164:170)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 171:185)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 186:202)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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