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- PDB-4jcv: Crystal structure of the RecOR complex in an open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jcv
タイトルCrystal structure of the RecOR complex in an open conformation
要素
  • DNA repair protein RecO
  • Recombination protein RecR
キーワードRECOMBINATION / HOMOLOGOUS RECOMBINATION / RECFOR PATHWAY / DNA BINDING / ZINC-FINGER / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / RECR / RECO / RECOR
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / double-strand break repair / DNA recombination / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Recombination protein O, zinc-binding domain / Recombination protein O, C-terminal domain / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Recombination protein O, C-terminal / Recombination protein O, RecO / DNA replication/recombination mediator RecO, N-terminal / Recombination protein O C terminal / Recombination protein O N terminal / RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix ...Recombination protein O, zinc-binding domain / Recombination protein O, C-terminal domain / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Recombination protein O, C-terminal / Recombination protein O, RecO / DNA replication/recombination mediator RecO, N-terminal / Recombination protein O C terminal / Recombination protein O N terminal / RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR protein signature. / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / ARFGAP/RecO-like zinc finger / de novo design (two linked rop proteins) / TOPRIM / Toprim domain / Other non-globular / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleic acid-binding proteins / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RecO / Recombination protein RecR
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Radzimanowski, J. / McSweeney, S. / Timmins, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: An 'open' structure of the RecOR complex supports ssDNA binding within the core of the complex.
著者: Radzimanowski, J. / Dehez, F. / Round, A. / Bidon-Chanal, A. / McSweeney, S. / Timmins, J.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination protein RecR
B: Recombination protein RecR
C: Recombination protein RecR
D: Recombination protein RecR
E: DNA repair protein RecO
F: DNA repair protein RecO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,79212
ポリマ－162,4006
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21580 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area54590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.130, 93.110, 92.350
Angle α, β, γ (deg.)103.60, 110.42, 106.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Recombination protein RecR


分子量: 26143.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: recR, DR_0198 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9ZNA2
#2: タンパク質 DNA repair protein RecO / Recombination protein O


分子量: 28912.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: recO, DR_0819 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9RW50
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 10% dioxane, 1.6M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→83.07 Å / Num. obs: 24029 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 %
反射 シェル解像度: 3.34→3.52 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 24029 / Rsym value: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VDD, 1W3S

1vdd

1w3s


解像度: 3.34→83.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 73.357 / SU ML: 0.552 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.611 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2781 1212 5 %RANDOM
Rwork0.24016 ---
obs0.24203 22815 94.21 %-
all-24029 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 113.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å22.68 Å23.19 Å2
2--3.58 Å24.7 Å2
3---3.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→83.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9156 0 6 0 9162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.99212713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1651196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03822.872383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.707151513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3141587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0227080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.34→3.427 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 92 -
Rwork0.316 1709 -
obs--96.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.161-2.4630.42073.7345-0.26871.2457-0.0004-0.5687-0.1837-0.31160.21540.19880.1335-0.0495-0.2150.2024-0.10440.01840.19720.05940.173-46.322133.397222.1079
24.4038-0.83591.65361.419-0.83072.308-0.08880.05650.5255-0.2218-0.0498-0.21860.05680.13980.13860.2397-0.07060.10520.10960.04650.2232-77.02653.712110.2891
33.7197-2.0551-0.19595.62460.74262.03240.55830.8261-0.6427-0.8935-0.2820.12360.8144-0.3202-0.27630.83070.0354-0.03750.78570.16490.4636-77.163936.6008-21.352
43.27060.45372.05141.25120.29775.00180.23150.7422-0.5213-0.79690.06110.00590.23720.0625-0.29250.8998-0.0132-0.11990.2826-0.03660.9598-51.44049.0352-4.2263
54.19520.9018-0.14083.532-1.84796.549-0.0585-0.6750.09280.77050.098-0.3537-0.22280.6746-0.03950.37710.12420.04910.88280.03870.3042-54.514458.1699-24.7346
64.04670.7133-0.62589.6283-1.02972.171-0.3372-0.62111.06970.56840.12210.5391-0.7047-0.55890.21520.45510.125-0.18550.4906-0.28190.9437-71.7872-0.985417.4729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 226
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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