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- PDB-4jc0: Crystal structure of Thermotoga maritima holo RimO in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jc0
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima holo RimO in complex with pentasulfide, Northeast Structural Genomics Consortium Target VR77
要素Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / three-domained enzyme / alpha-beta N-terminal domain / Semi-TIM barrel Radical-SAM domain / beta barrel C-terminal TRAM domain / ribosomal protein S12
機能・相同性
機能・相同性情報


[ribosomal protein uS12] (aspartate89-C3)-methylthiotransferase / aspartic acid methylthiotransferase activity / protein methylthiotransferase activity / tRNA modification / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription Regulator spoIIAA - #200 / Transcription Regulator spoIIAA - #210 / Methylthiotransferase, N-terminal domain / Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO / TRAM domain / Methylthiotransferase / Methylthiotransferase, N-terminal / Methylthiotransferase, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0004 / Methylthiotransferase N-terminal domain profile. ...Transcription Regulator spoIIAA - #200 / Transcription Regulator spoIIAA - #210 / Methylthiotransferase, N-terminal domain / Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO / TRAM domain / Methylthiotransferase / Methylthiotransferase, N-terminal / Methylthiotransferase, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0004 / Methylthiotransferase N-terminal domain profile. / Methylthiotransferase, conserved site / Methylthiotransferase radical SAM domain signature. / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / TRAM domain / TRAM domain profile. / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Transcription Regulator spoIIAA / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR PENTA-SULFIDE CONNECTED CLUSTERS / Ribosomal protein uS12 methylthiotransferase RimO
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Forouhar, F. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Two Fe-S clusters catalyze sulfur insertion by radical-SAM methylthiotransferases.
著者: Forouhar, F. / Arragain, S. / Atta, M. / Gambarelli, S. / Mouesca, J.M. / Hussain, M. / Xiao, R. / Kieffer-Jaquinod, S. / Seetharaman, J. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Mulliez, E. / ...著者: Forouhar, F. / Arragain, S. / Atta, M. / Gambarelli, S. / Mouesca, J.M. / Hussain, M. / Xiao, R. / Kieffer-Jaquinod, S. / Seetharaman, J. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Mulliez, E. / Hunt, J.F. / Fontecave, M.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO
B: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4484
ポリマ－100,7212
非ポリマー1,7272
水00
1
A: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2242
ポリマ－50,3601
非ポリマー8641
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2242
ポリマ－50,3601
非ポリマー8641
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.721, 86.948, 172.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO / S12 MTTase / S12 methylthiotransferase / Ribosome maturation factor RimO


分子量: 50360.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / 遺伝子: rimO, TM1862, TM_1862 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9X2H6, 転移酵素
#2: 化合物 ChemComp-FS5 / IRON/SULFUR PENTA-SULFIDE CONNECTED CLUSTERS / PENTASULFIDE-LINKED IRON CUBANES


分子量: 863.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S13

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 10
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 20 mg/ml, 5 DTT, 10 equivalents FeCl3 and Na2S. Reservoir solution: 100 mM CAPS pH 10.0, 40% PEG 4000, 100 mM Sodium ...詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 20 mg/ml, 5 DTT, 10 equivalents FeCl3 and Na2S. Reservoir solution: 100 mM CAPS pH 10.0, 40% PEG 4000, 100 mM Sodium thiosulfate, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→41.45 Å / Num. all: 63690 / Num. obs: 14135 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 85.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 13.71
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QGQ

2qgq


解像度: 3.3→41.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 91392.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1210 10.3 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.245 11747 83.1 %-
all-14135 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.3039 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 101.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.78 Å20 Å20 Å2
2---32.01 Å20 Å2
3---48.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→41.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6808 0 42 0 6850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 175 10.7 %
Rwork0.375 1455 -
obs--70.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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