[日本語] English
万見
- PDB-4jbu: 1.65A structure of the T3SS tip protein LcrV (G28-D322, C273S) fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbu
タイトル1.65A structure of the T3SS tip protein LcrV (G28-D322, C273S) from Yersinia pestis
要素Virulence-associated V antigen
キーワードPROTEIN BINDING / LcrV / T3SS / tip protein / Yersinia pestis
機能・相同性Low calcium response V antigen / Virulence-associated V antigen superfamily / V antigen (LcrV) protein / extracellular region / Virulence-associated V antigen
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lovell, S. / Chaudhury, S. / Battaile, K.P. / Plano, G. / De Guzman, R.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of the Yersinia pestis tip protein LcrV refined to 1.65A resolution
著者: Chaudhury, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Plano, G.V. / De Guzman, R.N.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Virulence-associated V antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1542
ポリマ－33,9591
非ポリマー1941
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.553, 51.442, 65.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Virulence-associated V antigen / Low calcium response locus protein V


分子量: 33959.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-322 / 変異: C273S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / プラスミド: pGEV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) DNAY / 参照: UniProt: P0C7U7
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bicine, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→51.44 Å / Num. all: 31392 / Num. obs: 31392 / % possible obs: 99.32 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.29 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 17.9825
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.65-1.743.270.52.214857454699.84
1.74-1.843.320.313.614535438299.93
1.84-1.973.440.186.214037408099.86
1.97-2.133.350.1110.212619376499.7
2.13-2.333.240.0715.711411352699.74
2.33-2.613.430.0422.310828315399.58
2.61-3.013.170.0329.78773277198.74
3.01-3.693.090.0243.87254234798.23
3.69-5.223.270.02595919181097.78
5.22-51.443.130.0156.83174101395.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.33 Å
Translation2.5 Å34.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIXdev_961精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R6F

1r6f


解像度: 1.65→34.33 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2202 1582 5.04 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1795 31372 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.626 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.22 Å2 / Biso mean: 28.5916 Å2 / Biso min: 11.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0556 Å20 Å23.648 Å2
2--2.7629 Å2-0 Å2
3----3.8186 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 10 149 2345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1963051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.477870
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.65-1.70330.33841420.2733267728192677100
1.7033-1.76420.28931370.243272328602723100
1.7642-1.83480.27581600.2168267628362676100
1.8348-1.91830.24671560.2058271328692713100
1.9183-2.01940.2481270.1776273328602733100
2.0194-2.14590.20641510.1708271128622711100
2.1459-2.31160.2171500.1561270428542704100
2.3116-2.54410.1931400.163826992839269999
2.5441-2.91210.22281320.173327332865273399
2.9121-3.66830.22021530.17726932846269398
3.6683-34.33750.20311340.169727282862272897

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る