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万見
- PDB-2gsv: X-Ray Crystal Structure of Protein YvfG from Bacillus subtilis. N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsv
タイトルX-Ray Crystal Structure of Protein YvfG from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR478.
要素Hypothetical protein yvfG
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-helical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Helix Hairpins - #40 / Uncharacterised domain YvfG / YvfG domain superfamily / YvfG protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Uncharacterized protein YvfG
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Forouhar, F. / Su, M. / Jayaraman, S. / Wang, D. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Su, M. / Jayaraman, S. / Wang, D. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein YvfG from Bacillus subtilis, Northeast Structural Genomics Target SR478
著者: Forouhar, F. / Su, M. / Jayaraman, S. / Wang, D. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yvfG
B: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5854
ポリマ－19,3932
非ポリマー1922
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7980 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein yvfG
B: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein yvfG
B: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1708
ポリマ－38,7864
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area4820 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
3
A: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein yvfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1708
ポリマ－38,7864
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_667-x+1,y+1,-z+21
Buried area4520 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.048, 31.645, 53.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.63, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

SO4

21A-101-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yvfG


分子量: 9696.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yvfG / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P71066
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mM Tris, 16% PEG3350, 180mM ammonium sulfate, 5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→26.87 Å / Num. all: 26175 / Num. obs: 25914 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.98
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2645 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→26.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 770888.39 / Data cutoff low absF: 0
Isotropic thermal model: OVERALL NCS RESTRAINTS. RMS SIGMA/WEIGHT
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1931 9.4 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.23 26175 --
obs0.229 20496 77.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.5435 Å2 / ksol: 0.349329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å2-21.96 Å2
2---15.85 Å20 Å2
3---16.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 10 75 1203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 209 8.9 %
Rwork0.414 2138 -
obs-1931 53.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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