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万見
- PDB-4jbm: Structure of murine DNA binding protein bound with ds DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbm
タイトルStructure of murine DNA binding protein bound with ds DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
  • Interferon-inducible protein AIM2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / OB FOLD / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / The AIM2 inflammasome / pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / The AIM2 inflammasome / pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / cellular response to interferon-beta / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / brain development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon-inducible protein AIM2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.218 Å
データ登録者Ru, H. / Ni, X. / Crowley, C. / Zhao, L. / Ding, W. / Hung, L.-W. / Shaw, N. / Cheng, G. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for termination of AIM2-mediated signaling by p202
著者: Ru, H. / Ni, X. / Zhao, L. / Crowley, C. / Ding, W. / Hung, L.-W. / Shaw, N. / Cheng, G. / Liu, Z.-J.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible protein AIM2
B: Interferon-inducible protein AIM2
T: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
R: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1264
ポリマ－51,1264
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Interferon-inducible protein AIM2
T: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
R: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2283
ポリマ－29,2283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
2
B: Interferon-inducible protein AIM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8971
ポリマ－21,8971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.020, 39.120, 137.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Interferon-inducible protein AIM2 / Interferon-inducible protein 210 / Ifi-210 / Interferon-inducible protein p210


分子量: 21897.428 Da / 分子数: 2 / 断片: HIN domain, UNP residues 158-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aim2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91VJ1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3665.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M sodium malonate, 12%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.218→50 Å / Num. all: 28054 / Num. obs: 27608 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 46.26 Å2
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RN2

3rn2


解像度: 2.218→40.973 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7251 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2827 1996 7.23 %RANDOM
Rwork0.2335 ---
all0.236 28054 --
obs0.2371 27608 98.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 203.91 Å2 / Biso mean: 83.6867 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.218→40.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 486 0 135 3625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3674948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3671392
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2179-2.27330.38351270.3391652177990
2.2733-2.33480.36861460.31681806195299
2.3348-2.40350.35681310.29621825195699
2.4035-2.4810.37461470.3091818196599
2.481-2.56970.36351380.30421839197799
2.5697-2.67260.3911440.27321831197599
2.6726-2.79420.33241380.28791851198999
2.7942-2.94150.28921480.268418191967100
2.9415-3.12570.2941500.267818371987100
3.1257-3.36690.2671330.23161827196098
3.3669-3.70550.27421510.22921842199399
3.7055-4.24130.25491440.212418702014100
4.2413-5.34170.2471480.188818972045100
5.3417-40.98040.25241510.21898204997
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 157.4146 Å / Origin y: 10.3382 Å / Origin z: 549.5447 Å
111213212223313233
T0.3069 Å20.0532 Å20.0135 Å2-0.2686 Å20.0199 Å2--0.261 Å2
L0.936 °2-0.1075 °20.2679 °2-0.5187 °2-0.0096 °2--0.48 °2
S0.0013 Å °-0.1366 Å °-0.0273 Å °-0.328 Å °-0.0272 Å °-0.0619 Å °-0.0285 Å °-0.0063 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 193
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 187
3X-RAY DIFFRACTION1allT2 - 13
4X-RAY DIFFRACTION1allR2 - 13
5X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 241
6X-RAY DIFFRACTION1allB201 - 225
7X-RAY DIFFRACTION1allT101 - 137
8X-RAY DIFFRACTION1allR101 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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