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万見
- PDB-4jbe: 1.95 Angstrom Crystal Structure of Gamma-glutamyl phosphate Reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbe
タイトル1.95 Angstrom Crystal Structure of Gamma-glutamyl phosphate Reductase from Saccharomonospora viridis.
要素Gamma-glutamyl phosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / gamma-glutamyl phosphate reductase / NAD(P)
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / proline biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase ...Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Gamma-glutamyl phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.95 Angstrom Crystal Structure of Gamma-glutamyl phosphate Reductase from Saccharomonospora viridis.
著者: Minasov, G. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyl phosphate reductase
B: Gamma-glutamyl phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,45929
ポリマ－96,0242
非ポリマー1,43527
水11,097616
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.510, 55.118, 64.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

CA

詳細Chains A and B represent Biological Assembly.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gamma-glutamyl phosphate reductase


分子量: 48012.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
株: DSM 43017 / 遺伝子: proA, Svir_28610 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C7MW73

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非ポリマー , 6種, 643分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein: 8.3mg/mL, 0.5M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: PACT (B11), 0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 67453 / Num. obs: 67453 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O20

1o20


解像度: 1.95→29.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.31 / SU ML: 0.069
Isotropic thermal model: Thermal Factors Isotropically Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20836 3417 5.1 %RANDOM
Rwork0.16797 ---
all0.17004 64036 --
obs0.17004 64036 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å2-0.99 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----2.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6163 0 58 616 6837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9888898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86310699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9375866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.18722.958284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.243151039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0071577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9561.54232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3121.51710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63126808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96532278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6734.52090
LS精密化 シェル解像度: 1.954→2.004 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 234 -
Rwork0.234 4600 -
obs-4600 97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1920.21190.21550.83960.36981.5763-0.02990.0095-0.0078-0.07780.0071-0.0614-0.1248-0.08920.02280.10160.02540.00210.0330.00650.047349.886816.085728.1892
21.1925-0.09160.0471.099-0.32920.8427-0.00020.0466-0.0061-0.04470.0084-0.02050.03490.0043-0.00820.08270.00470.00340.0043-0.01160.063360.91013.908858.7891
32.195-0.38-1.06440.45250.50161.90140.0863-0.0293-0.1531-0.029-0.00210.01420.0241-0.1928-0.08430.08120.0105-0.02170.0907-0.00280.050344.36639.876444.1575
43.429-0.6465-1.05332.1109-0.02941.6837-0.02090.156-0.2579-0.06210.04830.31370.2375-0.3363-0.02730.0962-0.0156-0.03720.2856-0.01860.108220.232515.574739.6763
50.98060.0586-0.35281.2981-0.4951.75490.0742-0.1270.13370.15780.04420.0177-0.2022-0.1243-0.11840.09970.0547-0.00070.1854-0.04470.072530.557728.837866.3184
62.6134-0.60490.99321.29910.0692.2017-0.04210.14470.24830.0053-0.0275-0.0148-0.1665-0.1290.06960.02890.0509-0.01050.2869-0.00430.080115.320535.010235.8175
72.0303-1.0988-0.01151.03340.9041.89950.0319-0.1210.0708-0.0257-0.0057-0.02740.0278-0.2113-0.02620.12320.0332-0.01920.2448-0.0040.08927.031621.737450.2737
82.4402-1.4713-0.20384.06860.26012.1899-0.0010.014-0.28380.07740.00280.20880.1732-0.2939-0.00180.0991-0.0471-0.01680.049-0.00540.107441.24510.869654.3882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 96
2X-RAY DIFFRACTION1A118 - 232
3X-RAY DIFFRACTION2A233 - 372
4X-RAY DIFFRACTION3A373 - 401
5X-RAY DIFFRACTION4A97 - 117
6X-RAY DIFFRACTION4A402 - 413
7X-RAY DIFFRACTION5B2 - 96
8X-RAY DIFFRACTION5B118 - 232
9X-RAY DIFFRACTION6B233 - 372
10X-RAY DIFFRACTION7B373 - 401
11X-RAY DIFFRACTION8B97 - 117
12X-RAY DIFFRACTION8B402 - 413

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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