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- PDB-4jb3: Crystal structure of BT_0970, a had family phosphatase from bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jb3
タイトルCrystal structure of BT_0970, a had family phosphatase from bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482, TARGET EFI-501083, with bound sodium and glycerol, closed lid, ordered loop
要素Haloacid dehalogenase-like hydrolase
キーワードHYDROLASE / HAD / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil phosphatase / 5-amino-6-(5-phosphoribitylamino)uracil phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / riboflavin biosynthetic process / dephosphorylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold ...Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ribitol-5-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Kumar, P.R. / Ghosh, A. / Al Obaidi, N.F. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Kumar, P.R. / Ghosh, A. / Al Obaidi, N.F. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of bt_0970, a had family phosphatase from bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482, TARGET EFI-501083, with bound sodium and glycerol, closed lid, ordered loop
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Kumar, P.R. / Ghosh, A. / Al Obaidi, N.F. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Kumar, P.R. / Ghosh, A. / Al Obaidi, N.F. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2443
ポリマ－26,1291
非ポリマー1152
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.580, 91.190, 46.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase-like hydrolase


分子量: 26129.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_0970 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A947
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM DTT); Reservoir (2.4 M Sodium Malonate pH 7.0); Cryoprotection (Reservoir, 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.517 Å / Num. all: 30037 / Num. obs: 30037 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3217 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 69.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I6X

2i6x


解像度: 1.5→42.517 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.9048 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1717 1519 5.06 %RANDOM
Rwork0.146 ---
all0.1473 30033 --
obs0.1473 30033 94.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.51 Å2 / Biso mean: 18.0384 Å2 / Biso min: 5.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 7 211 1976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0652495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.984676
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.54840.23611040.17431792189665
1.5484-1.60380.20321150.15812172228779
1.6038-1.6680.1821420.15692580272295
1.668-1.74390.16721510.146527222873100
1.7439-1.83590.16521410.145527522893100
1.8359-1.95090.17651480.144427352883100
1.9509-2.10150.171460.141227582904100
2.1015-2.3130.16831450.136327282873100
2.313-2.64760.1811450.152737288299
2.6476-3.33550.16891440.151327602904100
3.3355-42.53430.15941380.14142778291699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2319-0.2696-0.52075.10251.23212.95510.04880.0765-0.0742-0.0853-0.10780.0851-0.0035-0.0960.05060.0421-0.0035-0.01460.05740.00260.037911.087198.66668.3002
22.23120.3989-0.79597.6046-1.26865.36820.04880.1780.0414-0.6406-0.0239-0.04970.23780.1878-0.0010.17270.0144-0.03150.0922-0.03890.10713.913375.46092.5587
31.8161-2.165-0.70995.4471.00791.44760.07970.37670.0679-0.2391-0.10610.5348-0.0128-0.26140.00190.1708-0.0274-0.03690.194-0.01590.19915.076377.47755.489
41.8374-0.3890.68814.2846-0.15152.21350.0532-0.0767-0.0963-0.08990.04870.31410.2206-0.1848-0.06370.0947-0.014-0.00060.07570.0140.08978.404374.785617.7166
52.80240.43240.65684.055-0.61122.853-0.0202-0.0839-0.0346-0.0951-0.1346-0.3820.30340.12080.09610.11940.00730.00760.0789-0.02750.085718.095474.596612.242
62.02690.7059-0.70821.2548-0.68641.97480.002-0.0995-0.10690.0468-0.0494-0.19420.0980.1067-00.0584-0.0046-0.01410.10830.01930.091820.2339100.08616.3723
70.6403-0.50850.08171.5944-0.60510.8210.0256-0.04780.05530.0387-0.0601-0.1042-0.07040.00490.03960.08390.00350.00080.0687-0.0080.090513.964693.953815.0587
85.1734-0.0423-1.5271.05361.37865.8855-0.0547-0.09140.09580.0018-0.0898-0.19560.03210.6550.10130.06160.0176-0.00450.16830.0570.112126.240293.292712.8797
90.34470.49730.0240.7779-0.22530.37040.0019-0.09320.04360.0829-0.0769-0.0609-0.07030.06260.06950.10220.0013-0.02050.0917-0.00480.094914.064595.624718.933
100.55650.83530.83593.55781.70521.3081-0.1866-0.16490.02620.25370.14410.4501-0.1387-0.30160.06450.12710.07210.04370.16730.00660.061.35595.631719.7459
112.18650.09150.10273.05421.8212.9040.0448-0.027-0.01020.2591-0.02110.08550.0967-0.1386-0.01870.05490.0061-0.00190.06150.01090.0360.9019101.199610.9239
121.62670.6186-0.78570.8709-0.70881.51720.0620.02850.09620.009-0.04660.0501-0.147-0.0984-0.02030.06430.0203-0.00790.08880.00730.0698.0704104.17222.4564
131.3461-0.7855-2.00883.13820.9923.2360.581-0.14340.67880.72270.1182-0.4334-0.43820.5027-0.65670.8129-0.00110.04020.4783-0.02320.836117.8673114.15882.8354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 28 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 43 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 44 through 67 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 68 through 83 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 84 through 100 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 101 through 118 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 119 through 129 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 130 through 143 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 144 through 160 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 161 through 182 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 183 through 206 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid -11 through 0 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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