PDB-4jax: Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form X

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jax

タイトル

Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form X

要素

Hexokinase

キーワード

TRANSFERASE / ribonuclease H-fold / hexokinase / ATP binding / sugar binding / Mig1 binding / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Kuettner, E.B. / Strater, N. / Kettner, K. / Otto, A. / Lilie, H. / Golbik, R.P. / Kriegel, T.M.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: In vivo phosphorylation and in vitro autophosphorylation-inactivation of Kluyveromyces lactis hexokinase KlHxk1.
著者: Kettner, K. / Kuettner, E.B. / Otto, A. / Lilie, H. / Golbik, R.P. / Strater, N. / Kriegel, T.M.

履歴

登録	2013年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3o1wS 3o08 3o1b 3o4w 3o5b 3o6w 3o80 3o8m 4jb1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o08-d 1igx-1 6dfv-d 3hst-d 5elm-d 3smt-2 3176 3179 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Hexokinase

B: Hexokinase

C: Hexokinase

D: Hexokinase

E: Hexokinase

F: Hexokinase

ヘテロ分子

325 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Hexokinase

D: Hexokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Hexokinase

C: Hexokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Hexokinase

F: Hexokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Hexokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 1 ポリマー
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5

B: Hexokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 1 ポリマー
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6

C: Hexokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 1 ポリマー
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7

D: Hexokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
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8

E: Hexokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
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9

F: Hexokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.810, 178.300, 216.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

chains A+D form a dimer / chains B+C form a dimer / chains E+F form a dimer

#1: タンパク質	Hexokinase 分子量: 53752.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: CBS2359/152 / 遺伝子: KLLA0D11352g, RAG5 / プラスミド: pTSRAG5 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6 rag5 / 参照: UniProt: P33284, hexokinase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1 microliter protein (7.8 mg/ml KlHxk1 in buffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, pH 7.4)) + 1 microliter reservoir (2.2 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris pH 8.5), micro seeding, VAPOR ...詳細: 1 microliter protein (7.8 mg/ml KlHxk1 in buffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, pH 7.4)) + 1 microliter reservoir (2.2 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris pH 8.5), micro seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.7 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1 microliter protein (7.8 mg/ml KlHxk1 in buffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, pH 7.4)) + 1 microliter reservoir (2.2 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris pH 8.5), micro seeding, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月19日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→29.85 Å / Num. all: 191251 / Num. obs: 190903 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 47.2 Å² / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.25
反射シェル	解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / Num. unique all: 14012 / R_sym value: 0.502 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: chain A of PDB entry 3O1W

3o1w

解像度: 2.26→29.602 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.873 / SU ML: 0.154 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT, temperature factors of atoms are full B values (residual+TLS part)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2398	1912	1 %	RANDOM
R_work	0.2003	-	-	-
obs	0.2007	190815	99.83 %	-
all	-	191035	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.58 Å² / B_iso mean: 49.6244 Å² / B_iso min: 18.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.57 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.602 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21972	0	133	354	22459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	22531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.984	30519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.828	5	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.155	25.261	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.97	15	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.853	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	16792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it		3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it		4
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it		6
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it		9

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.318 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	148	-
R_work	0.264	13772	-
all	-	13920	-
obs	-	13772	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2867	0.3257	1.1453	4.6378	4.5805	5.988	0.0231	0.1475	-0.2281	-0.0284	-0.061	0.3303	0.1503	-0.1087	0.0379	0.1066	-0.005	0.0346	0.0224	-0.0102	0.2544	-52.1659	6.2941	-40.5379
2	3.2586	-1.4852	0.166	1.7499	0.422	1.7358	-0.1018	-0.0246	0.0452	0.068	0.1139	-0.0603	-0.0323	0.1247	-0.0121	0.1497	0.0345	-0.0028	0.1245	-0.1266	0.1484	-23.3676	19.814	-20.9905
3	0.8146	-0.2001	-0.025	1.8226	0.9681	1.4734	-0.0408	-0.0467	-0.1235	0.1287	0.0742	0.0617	0.2101	0.0387	-0.0334	0.1137	0.0125	0.0096	0.0316	-0.0524	0.1652	-40.7397	7.3136	-39.1029
4	2.7004	0.3609	1.4428	2.1056	0.9777	2.6736	-0.2274	0.1842	0.3259	-0.1392	0.0908	0.0309	-0.1984	0.2813	0.1366	0.1036	-0.0137	0.014	0.048	-0.0229	0.1868	-39.9521	24.6047	-36.3166
5	2.1231	-0.2263	0.4649	3.6337	-4.0509	6.4478	-0.1014	-0.2242	-0.371	-0.0978	-0.1551	-0.2541	0.1926	0.7356	0.2565	0.2346	0.0566	0.0364	0.2347	0.0023	0.2033	0.0459	22.6778	16.1813
6	3.2809	-1.356	-0.7172	3.7021	1.9644	3.3273	-0.1079	-0.0147	-0.0674	0.2148	-0.2572	0.4978	-0.2925	-0.3633	0.3651	0.4757	0.0673	-0.0253	0.1231	-0.1033	0.1555	-25.1808	46.2001	0.6061
7	0.7942	-0.0483	-0.1388	1.3387	-1.1324	2.7354	-0.0621	0.0793	-0.0981	-0.1689	0.0964	0.0487	0.0478	0.079	-0.0343	0.2472	-0.0096	-0.0169	0.038	-0.0248	0.1221	-10.3462	27.3288	15.5891
8	3.2072	-1.738	1.4198	2.9183	-1.8954	3.6603	-0.2402	-0.1003	0.3137	0.26	-0.0023	-0.2443	-0.7649	0.3408	0.2425	0.4194	-0.108	-0.0353	0.0835	-0.0435	0.1148	-5.4678	43.7734	12.334
9	25.3585	-6.0696	-13.149	1.4649	3.1575	6.8275	0.2778	-0.3149	0.5679	-0.1617	0.0493	-0.1362	-0.2351	0.1995	-0.3271	0.6346	-0.0409	-0.0938	0.8335	0.1583	0.798	-35.2787	59.8501	17.5583
10	2.0231	-0.2445	0.4289	2.5042	-0.3967	0.7843	0.0164	-0.2484	0.0568	0.2583	-0.0338	-0.0688	-0.0405	-0.0509	0.0174	0.1845	-0.0017	0.0397	0.075	-0.0107	0.0178	-18.6083	51.4736	48.0934
11	3.4151	1.0268	-0.394	6.6223	0.2567	3.847	0.2029	-0.4791	-0.4263	0.6405	-0.2137	-0.0631	-0.072	-0.1022	0.0107	0.3336	0.0166	-0.0781	0.1453	0.1177	0.1411	-11.6616	33.3989	59.7467
12	3.69	-1.2182	1.6242	2.1779	-0.4774	1.9612	0.1718	-0.1347	-0.2384	0.0687	-0.0669	0.2946	0.2068	-0.2648	-0.1049	0.1678	-0.0344	0.0451	0.0472	-0.0132	0.0893	-24.8586	53.8467	42.6075
13	2.1556	0.2498	1.1684	1.7567	0.2143	1.7086	-0.1353	0.0084	0.4407	-0.1688	-0.0751	-0.0904	-0.4053	-0.1079	0.2104	0.3749	0.0769	-0.0065	0.0901	0.0105	0.2493	-14.6368	23.2549	-63.876
14	2.3544	0.3116	-1.5122	5.0905	-0.5384	5.6817	-0.1193	0.1601	-0.1162	-0.4522	-0.1451	0.0358	-0.2039	-0.5437	0.2645	0.3978	0.0269	-0.1057	0.1634	-0.0585	0.1552	-28.4527	9.6857	-78.9255
15	2.1258	0.3848	0.3931	2.1826	0.3426	2.1421	-0.1152	0.273	0.0923	-0.5249	-0.011	-0.1123	-0.1795	-0.1938	0.1262	0.4521	0.087	-0.0437	0.1567	0.0329	0.1653	-21.6219	20.5059	-77.7858
16	1.6569	-0.8589	1.5164	1.5756	-1.0384	2.6353	-0.0753	0.0361	0.2623	-0.1987	-0.0465	-0.1374	-0.271	0.0137	0.1217	0.2569	0.0321	-0.0118	0.0462	-0.0276	0.2063	-8.9734	19.7546	-57.1524
17	1.5703	0.1601	0.0541	3.182	0.7963	1.8733	0.0654	0.0685	-0.2807	-0.3539	-0.2271	0.456	0.4158	-0.2347	0.1617	0.3209	-0.0659	-0.0178	0.1607	0.0218	0.2333	-28.2959	65.5429	-83.8705
18	3.1945	0.0517	0.1421	4.3147	-1.0289	2.9936	-0.0004	-0.3756	-0.1795	0.1743	-0.164	0.0197	0.2769	-0.1931	0.1644	0.1335	-0.0664	0.0458	0.1475	0.0203	0.0926	-20.1351	82.117	-67.0279
19	1.7191	-0.8673	-0.7442	4.3978	1.35	2.9379	-0.0048	-0.1756	-0.1808	-0.0567	-0.1863	0.0249	0.6674	0.0126	0.1911	0.3771	-0.1007	0.0247	0.1308	0.0761	0.2016	-24.9014	58.9527	-81.6243
20	1.2434	-0.6891	-0.6017	4.0129	1.5529	3.5021	0.2273	0.1775	-0.0454	-0.8193	-0.313	-0.0282	0.3107	-0.1205	0.0857	0.4692	-0.0077	-0.0096	0.1461	0.0675	0.1934	-23.9911	63.1854	-92.8144
21	3.3153	0.7187	2.3397	2.3872	1.98	4.4113	-0.009	0.2251	0.2526	-0.2979	0.1868	0.2782	-0.1701	-0.3601	-0.1778	0.2819	-0.0807	-0.0096	0.2414	0.1937	0.3042	-15.2379	102.2927	-111.5387
22	5.189	-1.7678	0.2377	5.3724	-2.063	5.6558	0.0659	0.4327	-0.8869	-0.6286	-0.1401	0.7293	1.0316	0.3195	0.0742	0.7888	-0.1614	0.0009	0.6001	-0.1534	0.4822	-21.0811	67.6434	-124.0952
23	12.1049	-5.4652	-7.5225	2.4734	3.3893	4.6853	0.5276	0.3898	0.8294	-0.2224	-0.1613	-0.3879	-0.2531	-0.1221	-0.3663	1.1944	-0.2498	-0.1188	1.6907	0.445	0.6643	-9.1122	80.2581	-131.4421
24	1.6276	0.2825	0.5787	1.3753	0.3642	2.704	0.0304	0.3443	-0.0445	-0.4108	0.0103	0.2254	0.2285	-0.3286	-0.0407	0.3641	-0.088	-0.0239	0.2381	0.0779	0.2087	-15.8544	89.9054	-112.4379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	210 - 421
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	422 - 484
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	13 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	66 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	210 - 409
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	410 - 484
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	20 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	119 - 208
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	209 - 485
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	13 - 115
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	116 - 173
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	174 - 255
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	256 - 485
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	16 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	115 - 207
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	208 - 329
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	330 - 485
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	15 - 71
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	72 - 157
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	158 - 189
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	190 - 485

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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