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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ja4 | ||||||
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タイトル | Inward open conformation of the xylose transporter XylE from E. coli | ||||||
![]() | D-xylose-proton symporter | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / MFS general substrate transporter / Xylose transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-xylose:proton symporter activity / D-xylose transmembrane transport / glucose transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Quistgaard, E.M. / Low, C. / Moberg, P. / Tresaugues, L. / Nordlund, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for substrate transport in the GLUT-homology family of monosaccharide transporters. 著者: Quistgaard, E.M. / Low, C. / Moberg, P. / Tresaugues, L. / Nordlund, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 259 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52925.793 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 2-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CD / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40% PEG 400, 500 mM NaCl, 2 mM CdCl2, 100 mM MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月6日 |
放射 | モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.937 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.2→41.2 Å / Num. all: 24784 / Num. obs: 17942 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 4.2→4.31 Å / % possible all: 24.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.2→41.184 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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