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- PDB-4j9v: Crystal Structure of the TrkA Gating ring bound to ATP-gamma-S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j9v
タイトルCrystal Structure of the TrkA Gating ring bound to ATP-gamma-S
要素Potassium uptake protein TrkA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RCK domain / nucleotide binding / potassium transport / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion transmembrane transporter activity / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium uptake protein TrkA / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. ...Potassium uptake protein TrkA / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Trk system potassium uptake protein TrkA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.051 Å
データ登録者Huang, H. / Levin, E.J. / Jin, X. / Cao, Y. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Gating of the TrkH ion channel by its associated RCK protein TrkA.
著者: Cao, Y. / Pan, Y. / Huang, H. / Jin, X. / Levin, E.J. / Kloss, B. / Zhou, M.
履歴
登録2013年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium uptake protein TrkA
B: Potassium uptake protein TrkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6249
ポリマ－100,3862
非ポリマー2,2387
水19811
1
A: Potassium uptake protein TrkA
B: Potassium uptake protein TrkA
ヘテロ分子

A: Potassium uptake protein TrkA
B: Potassium uptake protein TrkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,24818
ポリマ－200,7724
非ポリマー4,47514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area14150 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area74200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.324, 109.324, 337.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Potassium uptake protein TrkA


分子量: 50193.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP3045 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87KD2
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 30% PEG 400, 100 mM Glycine, 200 mM MgSO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 23765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 0.847 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.05-3.112.10.88911420.7021100
3.1-3.16120.78111470.7341100
3.16-3.22120.6411720.7611100
3.22-3.29120.52811410.6761100
3.29-3.36120.42611430.8111100
3.36-3.43120.34311710.7021100
3.43-3.5211.90.28611710.7021100
3.52-3.62120.24811540.871100
3.62-3.7211.90.24311570.7781100
3.72-3.8411.90.18911720.9341100
3.84-3.9811.70.16911720.5531100
3.98-4.1411.90.11711730.9891100
4.14-4.3311.80.09811871.0431100
4.33-4.5611.60.08511941.031100
4.56-4.8411.80.07711721.0471100
4.84-5.2111.50.08112121.0011100
5.21-5.7411.40.08412110.981199.9
5.74-6.5711.20.08112221.0461100
6.57-8.2710.70.05312600.843199.9
8.27-5010.10.03613920.7291100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.051→49.17 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7752 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1200 5.07 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2144 23674 99.92 %-
all-23677 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 338.58 Å2 / Biso mean: 85.7532 Å2 / Biso min: 22.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.051→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6990 0 131 11 7132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0219830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1552697
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0513-3.17350.32411210.27742415253699
3.1735-3.31790.33421320.26424452577100
3.3179-3.49280.32551400.236324072547100
3.4928-3.71150.28841410.225824482589100
3.7115-3.9980.31191240.213124612585100
3.998-4.40010.26921300.181425032633100
4.4001-5.03620.25591510.173324812632100
5.0362-6.3430.24921390.226925532692100
6.343-49.17630.24211220.208427612883100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6235-3.0814-0.2982.68941.71280.7459-0.4777-0.6335-0.44860.7550.29810.02220.17170.22380.22780.72750.13890.01550.65750.21570.374-40.4599-27.9082-4.136
21.24790.29760.72173.8353-1.49686.07090.09880.2456-0.1988-0.2823-0.3048-1.96470.7491.76710.10840.51440.1647-0.01441.10880.04591.1915-11.9747-42.4778-13.1842
35.4764-0.61510.41621.15490.08052.8048-0.65110.31430.7951-0.11370.13010.0499-0.75260.12060.39890.8441-0.0272-0.18850.28650.11520.5714-58.3258-6.3592-15.5469
41.5452-0.16551.70847.8198-4.03956.4227-0.24560.1730.2277-0.3399-0.17151.0532-0.1659-1.11630.56430.56960.1299-0.02230.7852-0.27470.9288-90.56281.6252-16.7555
57.51270.6977-1.075.53680.5974.0775-0.11410.5738-0.72670.0032-0.35110.38620.9024-0.4470.3520.91050.03390.04260.5278-0.16070.4881-80.8588-20.5258-11.5939
610.07841.41310.55329.57470.04983.59650.24840.1412-0.2179-1.9353-0.162-0.6461-0.26520.4317-0.0321.01250.062-0.06850.43860.09330.6439-72.802314.5716-20.9804
74.06650.14921.28974.4385-0.23516.9177-0.14670.58090.3884-0.74210.0925-0.4514-0.7680.2413-0.0710.51660.0120.0870.73210.08780.513-27.4543-29.9305-26.868
82.47230.67141.04782.8498-0.72657.96670.1355-0.284-0.12220.8917-0.0441-0.7212-0.07160.698-0.07380.79170.1094-0.32940.60010.09480.7176-21.3759-42.21167.4151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 152 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 241)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 152 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 153 through 241 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 242 through 364 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 365 through 455 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 242 through 364 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 365 through 455 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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