PDB-4j8y: E3_5 DARPin D77S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j8y

タイトル

E3_5 DARPin D77S mutant

要素

DARPin_E3_5_D77S

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Protein Design / DARPins / ankyrin repeat / unselected DARPin

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seeger, M.A. / Gruetter, M.G.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Design, construction, and characterization of a second-generation DARPin library with reduced hydrophobicity.
著者: Seeger, M.A. / Zbinden, R. / Flutsch, A. / Gutte, P.G. / Engeler, S. / Roschitzki-Voser, H. / Grutter, M.G.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j8y.cif.gz	74.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j8y.ent.gz	56.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j7wC 4jb8C 1mj0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lw2-d 2xee-3 5kng-1 5kng-2 4ydw-1 2xee-4 2xee-1 4hll-d 4j7w-2 2xee-2 2xeh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DARPin_E3_5_D77S

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.880, 53.630, 78.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DARPin_E3_5_D77S 分子量: 18067.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Na-Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月18日
放射	モノクロメーター: X06DA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 16814 / Num. obs: 16705 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→44.261 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2067	836	5 %	randomly chosen by phenix
R_work	0.1716	-	-	-
obs	0.1734	16704	99.35 %	-
all	-	16814	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1173	0	0	167	1340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	1653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.464	440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.8067	0.2397	137	0.2092	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8067-1.9462	0.2236	138	0.1855	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9462-2.142	0.2243	138	0.1689	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.142-2.4519	0.2167	138	0.167	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4519-3.0891	0.2155	139	0.1826	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0891-44.261	0.1823	146	0.1585	2764	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0159	-0.0305	0.0042	0.0581	-0.0095	0.0029	-0.0037	-0.0036	0.0053	0.0742	0.026	0.0622	-0.0109	-0.1375	0.0175	0.2703	-0.0632	0.2015	0.2064	-0.0071	-0.0065	-24.0846	-12.7926	22.2266
2	0.0037	0.0104	0.0028	0.0292	0.0086	0.0047	-0.052	0.0133	-0.0321	0.0047	-0.0157	-0.0292	0.0668	0.0224	-0.0539	0.56	-0.129	0.1454	0.2382	0.1063	0.1494	-19.197	-20.6825	22.8635
3	0.1379	-0.0337	0.039	0.1786	0.0905	0.2555	0.0464	-0.1195	0.0426	0.1527	0.0309	0.1338	0.0574	-0.0517	0.0825	0.113	-0.0448	0.0468	0.1472	0.0198	0.0757	-21.3022	-11.3065	15.1848
4	0.0137	0.0299	-0.0449	0.0709	-0.12	0.2295	-0.0344	-0.0649	-0.075	-0.0144	-0.0591	-0.0708	0.076	0.0787	-0.0787	0.2391	-0.0083	0.0066	0.0638	0.1032	0.0295	-13.8629	-19.7477	14.6733
5	0.3485	0.0995	-0.2624	0.1995	-0.0973	0.2003	0.1178	-0.0218	0.1462	0.0979	-0.0015	0.0845	-0.0116	-0.0849	0.0839	0.0487	-0.0157	-0.0031	0.0882	0.0001	0.0768	-15.5666	-6.9817	8.1392
6	0.0035	0.0061	0.0027	0.0116	-0.0101	0.044	-0.0389	-0.186	-0.1386	-0.0409	-0.1198	-0.1261	-0.0038	0.1608	-0.0171	0.073	0.0042	0.0022	0.1087	0.0309	0.0954	-6.6242	-13.3954	8.3686
7	0.0002	0.006	-0.0033	0.0674	-0.0886	0.1198	-0.0134	0.1787	0.0972	0.0122	0.0639	0.0606	0.0147	-0.1547	0.0045	0.086	0.0207	0.0096	0.1122	0.0332	0.1305	-15.243	-4.1312	0.6451
8	0.0262	0.0468	-0.0246	0.084	-0.0476	0.0274	0.0434	-0.0253	0.1283	-0.076	0.0829	-0.0616	-0.0594	-0.0016	0.011	0.062	0.0044	0.0101	0.0924	-0.0278	0.1144	-7.6898	1.9602	6.2688
9	0.0098	-0.0083	0.0422	0.0752	-0.0393	0.1815	0.0264	-0.1098	0.0037	-0.0458	-0.0153	-0.0919	0.0229	0.1055	0.0218	-0.029	0.032	0.009	0.1062	-0.0195	0.1628	-0.2541	-4.51	4.762
10	0.0094	-0.0129	0.0075	0.0283	0.0131	0.0211	0.0424	0.039	0.1894	-0.0079	0.0517	0.0923	-0.1722	-0.0672	0.1095	0.1738	0.0614	0.0363	0.0789	0.039	0.164	-8.9963	2.1918	-3.2206
11	0.0266	-0.002	-0.0047	0.0014	0.0044	0.0914	0.0538	-0.0016	0.0981	0.0813	-0.01	-0.2064	-0.212	0.0846	0.0065	0.1527	-0.0303	0.023	0.1129	0.0074	0.2984	-1.5108	8.8378	3.5405
12	0.0007	0.0004	-0.0014	0	-0.0008	0.0013	0.011	0.045	0.0091	-0.0535	0.0465	-0.0288	-0.008	0.0234	0.0001	0.2495	-0.0266	0.1168	0.42	-0	0.4763	3.1434	4.2568	-3.8896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 13:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 26:34)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 35:60)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 61:69)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 70:93)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 94:101)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 102:114)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 115:125)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 126:133)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 134:147)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 148:163)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 164:169)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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