PDB-4j8d: Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j8d

タイトル

Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form II

要素

Hsc70-interacting protein

キーワード

CHAPERONE / tetratricopeptide repeat / solenoid / Co-chaperone / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein refolding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / dATP binding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Hsp70 protein binding / response to bacterium / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / protein dimerization activity / protein domain specific binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Li, Z. / Bracher, A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and function of Hip, an attenuator of the Hsp70 chaperone cycle.
著者: Li, Z. / Hartl, F.U. / Bracher, A.

履歴

登録	2013年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j8d.cif.gz	128.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j8d.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j8d_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j8d_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	4j8d_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	4j8d_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j8cC 4j8eC 4j8fSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wfd-2 5otv-2 3vqm-6 6au2-d 3vqm-4 4lhl-d 6gre-2 6bhe-d 6qo1-2 7c5d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Hsc70-interacting protein

B: Hsc70-interacting protein

C: Hsc70-interacting protein

D: Hsc70-interacting protein

79 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hsc70-interacting protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hsc70-interacting protein

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3

C: Hsc70-interacting protein

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4

D: Hsc70-interacting protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.290, 126.998, 57.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

#1: タンパク質	Hsc70-interacting protein / Hip / Protein FAM10A1 / Protein ST13 homolog 分子量: 19761.188 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 78-247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fam10a1, Hip, St13 / プラスミド: pProEx-HtB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) cod+ RIL / 参照: UniProt: P50503

#1: タンパク質

Hsc70-interacting protein / Hip / Protein FAM10A1 / Protein ST13 homolog

分子量: 19761.188 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 78-247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fam10a1, Hip, St13 / プラスミド: pProEx-HtB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) cod+ RIL / 参照: UniProt: P50503

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.15 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9189 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9189 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.594
1	1	L, -K, H	2	0.406

反射

解像度: 2.8→63.499 Å / Num. all: 19247 / Num. obs: 19247 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.95	3.1	0.427	1.8	0.427	1	96
2.95-3.13	3.2	0.281	2.8	0.281	1	99.5
3.13-3.34	3.2	0.202	3.8	0.202	1	99.3
3.34-3.61	3.2	0.136	5.6	0.136	1	99.4
3.61-3.96	3.1	0.091	8.2	0.091	1	99.6
3.96-4.42	3.1	0.07	9.9	0.07	1	99
4.42-5.11	3.1	0.067	10.4	0.067	1	99.5
5.11-6.25	3.1	0.091	7.9	0.091	1	98.6
6.25-8.85	3.1	0.051	11.9	0.051	1	97.8
8.85-43.036	3.1	0.044	11.4	0.044	1	97.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.9 Å	43.04 Å
Translation	2.9 Å	43.04 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4J8F

4j8f

解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.643 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.299	933	4.9 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
obs	0.249	18235	98.4 %	-
all	-	18533	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-34.18 Å²	0 Å²	-5.75 Å²
2-	-	65.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-31.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4884	0	0	0	4884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.039	1.963	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.863	5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.373	25.082	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.199	15	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.541	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.278	1.5	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.528	2	5048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.688	3	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.237	4.5	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1192 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.36	0.5
2	B	medium positional	0.36	0.5
3	C	medium positional	0.4	0.5
4	D	medium positional	0.44	0.5
1	A	medium thermal	0.21	2
2	B	medium thermal	0.21	2
3	C	medium thermal	0.22	2
4	D	medium thermal	0.21	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	58	-
R_work	0.311	1226	-
obs	-	-	90.49 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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