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万見
- PDB-4j8a: Irradiated-state structure of sfGFP containing the unnatural amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j8a
タイトルIrradiated-state structure of sfGFP containing the unnatural amino acid p-azido-phenylalanine at residue 145
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / chromophore by cyclisation / p-azido-L-phenylalanine / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Reddington, S.C. / Jones, D.D. / Rizkallah, P.J. / Tippmann, E.M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Different Photochemical Events of a Genetically Encoded Phenyl Azide Define and Modulate GFP Fluorescence.
著者: Reddington, S.C. / Rizkallah, P.J. / Watson, P.D. / Pearson, R. / Tippmann, E.M. / Jones, D.D.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,44738
ポリマ－27,8861
非ポリマー2,56137
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.500, 58.700, 91.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 27886.352 Da / 分子数: 1
変異: S30R, Y39N, Q80R, F99S, N105T, F145(HOX), M153T, V163A, A171V, A206V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MUTATION, DELETION, OR INSERTION OF RESIDUES F64, S65, Y66, G67 WERE INTRODUCED TO FORM CHROMOPHORE ...MUTATION, DELETION, OR INSERTION OF RESIDUES F64, S65, Y66, G67 WERE INTRODUCED TO FORM CHROMOPHORE CRO 66. RESIDUES SER 65, TYR 66, GLY 67 FORM A CHROMOPHORE CRO 66

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 10 mg/mL protein and 100 mM Tris-HCl, pH 8.3, 2 M (NH4)2SO4, 200+200 nanoL drop against 60 microL reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月19日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→46.5 Å / Num. all: 67853 / Num. obs: 67853 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p


解像度: 1.26→14.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 1.357 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1646 3429 5.1 %RANDOM
Rwork0.1287 ---
all0.1305 67742 --
obs0.1305 67742 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 23.5069 Å2 / Biso min: 10.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→14.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1808 0 158 260 2226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5862.0042966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67234869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5935269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00225.149101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86315351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.902159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.85132074
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.78552016
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.293 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 243 -
Rwork0.251 4657 -
all-4900 -
obs--98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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