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万見
- PDB-4j88: Dark-state structure of sfGFP containing the unnatural amino acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j88
タイトルDark-state structure of sfGFP containing the unnatural amino acid p-azido-phenylalanine at residue 66
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / Chromophore by cyclisation / p-Azido-L-Phenylalanine / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Reddington, S.C. / Jones, D.D. / Rizkallah, P.J. / Tippmann, E.M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Different Photochemical Events of a Genetically Encoded Phenyl Azide Define and Modulate GFP Fluorescence.
著者: Reddington, S.C. / Rizkallah, P.J. / Watson, P.D. / Pearson, R. / Tippmann, E.M. / Jones, D.D.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,51338
ポリマ－55,7932
非ポリマー2,72136
水5,657314
1
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,82627
ポリマ－27,8961
非ポリマー1,93026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,68711
ポリマ－27,8961
非ポリマー79110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.430, 97.560, 102.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 27896.350 Da / 分子数: 2
変異: S30R, Y39N, Q80R, F99S, N105T, F145Y, M153T, V163A, A171V, A206V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MUTATION, DELETION OR INSERTION OF RESIDUES S65, Y66, G67 WERE INTRODUCED TO FORM CHROMOPHORE CQ1 66

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 10 mg/mL protein and 100 mM Tris-HCl, pH 8.3, 2.8 M (NH4)2SO4 (200+200 nanoL drop against 60 microL reservoir), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月4日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→102.9 Å / Num. all: 32505 / Num. obs: 32505 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.08-2.138.10.8180.91905123600.818100
2.13-2.1980.6891.11855123060.68999.9
2.19-2.268.10.5971.21811922430.597100
2.26-2.3380.5141.41749421750.514100
2.33-2.48.10.4441.51709621230.444100
2.4-2.4980.362.11649420510.36100
2.49-2.5880.3212.31581319740.321100
2.58-2.697.90.2732.71506118990.273100
2.69-2.87.90.2282.51457318470.228100
2.8-2.947.90.18841394117700.188100
2.94-3.17.80.1365.51297216580.136100
3.1-3.297.80.1017.41248515980.101100
3.29-3.527.80.089.11161814960.0899.9
3.52-3.87.60.06111.61064613980.061100
3.8-4.167.90.0513.81017412900.05100
4.16-4.657.90.04215.6946011910.042100
4.65-5.377.90.04315.3826310520.043100
5.37-6.587.70.05312.871079200.053100
6.58-9.37.50.04513.853827150.045100
9.3-102.96.60.03516.429094390.03599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p


解像度: 2.08→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.462 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 1644 5.1 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
all0.1654 32505 --
obs0.1684 32445 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 29.452 Å2 / Biso min: 10.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 165 314 4077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193877
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.023651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.9935215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7793.0028408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8625465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71824.944178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8715628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0661516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0330.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02854
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 124 -
Rwork0.216 2230 -
all-2354 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80990.1662-0.29131.78370.39751.5107-0.1601-0.0564-0.06480.13720.0876-0.07510.26720.20940.07250.05930.04080.01290.03080.00970.0107-20.80828.0826-0.6954
21.5565-0.36740.48561.6067-0.91392.2137-0.0511-0.0746-0.0460.19740.0027-0.099-0.03530.11560.04840.05350.0367-0.02820.0573-0.01320.0207-20.055720.533727.2354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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